大乘佛教發展到瑜伽行派時更為重視禪定，此派禪定的內容較先前的佛教禪思想有很大變化，更為豐富，更為複雜。瑜伽行派的理論實際上是止觀並重，把本派的禪定方麵的學說與其關於諸法本質的理論密切結合在一起。此派的主要著作《瑜伽師地論》有五部分（本地分、攝決擇分、攝釋分、攝異門分、攝事分），其中的本地分論述了瑜伽禪觀的境界，即所謂十七地，包括五識相應地、意地、有尋有伺地、無尋唯伺地、無尋無伺地、三摩呬多地、非三摩呬多地、有心地、無心地、聞所成地、思所成地、修所成地、聲聞地、獨覺地、菩薩地、有餘依地、無餘依地。其餘幾部分對十七地中涉及的一些問題進行了進一步探討，通過這種探討展示了瑜伽行派對諸法的基本看法。因此，瑜伽行派的禪觀是一種思辨性很強的理論體係，它與此派的其他學說是融為一體的。
密教對禪定的重視體現在其關於瑜伽的理論上，密教吸收了瑜伽行派等大乘佛教的不少思想，認為瑜伽就是通過傳統的調息、製感、攝心等手法使自己與最高實在（或事物的實相，或佛性，或本尊佛等）相應。《大日經》等密教經典中提到有相瑜伽（有相法）和無相瑜伽（無相法），前者將有形相者作為禪定或專注對象，後者將無形相者（事物的本質或心真實等）作為禪定或專注對象。密教認為無相瑜伽是深奧的，高級的，而有相瑜伽是為劣慧之人所說的。
禪宗在中國
中國禪與印度禪有很大的不同，這一點是所有研究禪宗的人都同意的。簡而言之，中國禪是從印度禪做了很大的釋放，是禪不再限於“禪定”的範圍，而與中國人的生活、思想、言行做了極緊密的結合，從而開發了無限的天空。
——《禪宗之外的禪師》
佛教的禪思想傳入中國後，一開始並沒有立即形成一個獨立的佛教宗派。禪宗形成後，中國的禪思想則主要表現為禪宗的發展。
禪宗的形成按照該宗自己的一些法係傳承的說法，有許多祖師。禪宗的分派主要是在慧能時期，但在道信時期，就已形成了一個支派。根據劉禹錫的《融大師新塔記》（《全唐文》卷六○六）和宗密的《禪門師資承襲圖》等的記述，道信的一個弟子法融創立牛頭宗。此宗後來影響極小，在唐末時湮沒無聞。弘忍的弟子眾多，其中最著名的是慧能和神秀。這兩人分別成為禪宗裏的兩個派別——南宗和北宗的代表人物。禪宗在後來有較大發展的主要是南宗。而南宗後來又先後形成三個係統，即：荷澤神會係統、南嶽懷讓係統、青原行思係統。在晚唐五代時期，禪宗從南嶽係統和青原係統分化出五個支派，稱為禪宗的“五家”，即：溈仰宗、臨濟宗、曹洞宗、雲門宗、法眼宗。禪宗的“五家”到宋代時溈仰宗衰亡，其餘各家都有發展。其中的臨濟宗則分出兩個支派：一是黃龍宗（派），另一是楊岐宗（派）。這兩宗與原來的“五家”被稱為禪宗的“五家七宗”。若從東土初祖菩提達摩算起，禪宗在南北朝時期就形成了。但實際上，禪思想在中國曆史上真正形成一個有較大影響的宗派是在唐朝之後（特別是在慧能之後）。在此之前，禪思想還是沒有形成較大的宗派規模。
禪思想傳入中國最初主要是通過翻譯一些論述這方麵理論的佛典實現的。較早翻譯成漢文的這方麵的主要佛典，有安世高譯的《安般守意經》、大小《十二門經》，支婁迦讖譯的《般舟三昧經》、《首楞嚴三昧經》等。這些經典屬於小乘方麵，主要敘述的是印度禪思想中的製感、調息以及控製心作用等內容的成分，具體有“四禪”、“四無色定”、“四無量心”等。屬於大乘方麵的主要敘述的是對佛的冥想，以及通過對大乘佛教根本觀念體悟而達到禪的境界等內容，具體有“佛現前定”、“一切事竟定”等。總的來說，引入的思想主要是印度佛教中的一些禪的基本內容。