●真假“西華門”
近幾年，幾處一直被塵封的南京明故宮重要遺跡，經過整修之後，被辟為遺址公園。被長期誤稱為“西華門”的西安門是明故宮皇城的最西麵的一道城門，由於整個皇城偏在南京城東南，西安門是進出皇城最方便的城門，故其使用頻率較高。
西安門的規格很高，僅次於午門，門外有一座寬大的玄津橋（至今尚存），可見當年此門的重要。而修複之前，西安門長期被淹沒在雜亂的現代垃圾建築之中（一直作為某單位的倉庫），經過考古挖掘之後，人們發現西安門的須彌座和午門的須彌座一模一樣，都刻有典型明初風格的纏枝如意紋樣，最北麵的門券內還保留著明代的路麵。
西安門一邊的須彌座一直向南三十餘米，可以推測出西安門當年規模較大，並且不與城牆在一條線上，整個城門向外凸出，估計當年東安門也有此類設計。1999年，在西安門以東不遠的地方，某施工的單位無意中挖掘出一處遺址，僅存三座門券的須彌座和磚石路麵，此處離與西安門在東西一條中軸線上，所以被確定為西華門遺址，至此真正的西華門終於被發現了。
在這條東西中軸線上，還有一座保存較好、與西華門相對應的東華門，這是僅存的一座宮城城門。東華門有明顯的城牆拆斷痕跡，僅存三孔門券。東華門過去長期被某廠圈占，成了垃圾堆，鮮有人知。
隨著幾座遺址公園的建成，大家終於可以一睹這幾座昔日皇家城門的雄姿。西華門僅存的須彌座和東華門的須彌座一樣，都為素麵，沒有午門和西安門那樣的卷葉紋的雕飾，可以看出明故宮建設規劃確實是細致合理、等級森嚴，什麼等級的門配什麼等級的裝飾都有明確的規定，種種跡象表明，朱元璋要求簡樸建宮殿的命令得到了充分的貫徹執行。
見證血雨腥風，終成霸主廢都
洪武十三年（1380年）正月，南京城內並沒有喜慶氣氛，而是寒氣逼人，比天氣更寒冷恐怖的是一場殺戮鬥爭。朝廷中皇權與相權的鬥爭已經有了結果，丞相胡惟庸終因謀反被朱元璋誅殺，其黨羽及受牽連的人共有三萬多人被殺，朱元璋由此廢除了已有千年曆史的宰相製度。
在“胡惟庸案件”發生了十年後，朱元璋最終下了決心，以李善長有知情不報，左右觀望的過錯，賜死李善長。77歲高齡的李善長被迫在家裏自縊而死，李善長全家七十多口人全部被殺。至此，在朝中因與皇帝同鄉而占優勢的淮西集團徹底被粉碎了，昔日大明帝國的開國元勳已基本被清除幹淨了。而當年一起負責中都營建的湯和，就比較聰明，早早的要求隱退，離開京城這個是非之地，終得善終，他的墓現在還在離中都城不遠的地方。
朱元璋殺戮功臣已經成了他晚年生活的主要內容，“胡藍之獄”總共牽扯被殺的人達四萬五千多人，南京皇宮儼然成了一座陰森恐怖的死亡宮殿，很多官員上朝都提心吊膽，生怕自己被什麼案件牽扯而遭治罪。據說，每次上朝，官員們如果看到朱元璋把玉帶卡在肚子以下，就表明皇帝當天要殺人了，一個個都嚇得麵無人色，兩腿發軟；如果玉帶高掛在胸前，就表明皇帝今天情緒不錯，不會殺人。
“胡藍之獄”期間，有些官員上朝之前甚至和家人訣別，囑咐後事，如果僥幸平安歸來，全家人都要慶賀一番。
●南京故宮選址之謎
在晚年，朱元璋突然發現皇宮北麵地基下沉不少，整個皇宮的地勢變成了南高北低的狀況。這在封建年代，是一種很不吉利的風水，會不利於後代傳承，甚至會絕後。
朱元璋此時回想起當年選擇宮址的時候，搞了一係列裝神弄鬼的活動，並命劉基占卜適合之地。劉基花了六年時間在南京到處查看，可最終占卜的“新宮”，竟在一片低窪的湖水中，且偏於整個城垣的東部。而中國古代皇宮擇址的傳統都應該是方正規則，居於城中心，且更不應擇低窪之地了。因此，劉基為朱元璋所卜的“新宮”宮址，至今仍令人費解。
據說這裏是鍾山龍脈的“龍頭”，風水極佳。為了填湖造宮，工匠們在湖底鋪墊巨石和打樁，然後用石灰、三合土分層夯實。經過一係列艱巨的填湖工程，地基問題才算基本解決。最殘忍的是朱元璋為了圖得吉利，竟將當地一個名叫田德滿的老漢投入湖中，並封為“河神”，取其名字的諧音作為“填得滿”的吉兆。可是“填得滿”沒有帶來吉兆，反是報應。