到達台灣後，古物最初貯存在台灣中部工業中心台中市的糖廠倉庫裏。但這些倉庫也不是儲放國寶的理想地方，於是在50年代初，這批珍藏又遷移到附近一個名叫北溝的小山村。在北溝存放了差不多15年，直到1965年11月在台北市郊的孫中山先生紀念堂及故宮博物院新址建成並宣布開幕。
現今台北故宮博物院已成為亞洲著名展覽館之一。中國藝術文物藏品共有60餘萬件，其中書畫5749件，善本書150688冊，其中有曆代重要刻本、佛經、藏文喇嘛經和滿蒙文史籍等。
北京·台北：兩大博物院國寶對比
以前有一種說法：“台北有文物沒有故宮，北京有故宮沒有文物”。那麼，實際情況是否如此？又為何會出現這樣的說法？
權威學者和專家認為，北京故宮不僅藏品遠遠多於台北故宮，而且總體上精品也多於台北故宮。這種比較基於三大前提：
一是，故宮博物院成立之前，溥儀將1200餘件書畫精品、古籍善本和大量珍寶盜運出宮。新中國成立後，其中相當部分重新回到了北京的故宮博物院，如《清明上河圖》、《韓熙載夜宴圖》、《五牛圖》、《伯遠帖》、《中秋帖》等。
二是，1933年故宮南遷文物共13491箱（一說19557箱），部分文物南遷後，北平故宮本院所留文物相當多，也有不少珍品，淪陷期間還在繼續清點未曾登記的文物，並征集了一批珍貴文物。南京政府曾下令馬衡院長選擇留北平文物菁華裝箱，分批空運南京，馬院長雖將珍品編目造冊報南京，但以各種理由推延裝箱，後來一箱也未運走。南遷文物後來運台2972箱，占南遷箱件數的22％，當然多是精品。其實留下的78％精品也相當多。國民黨向台灣運文物，因戰爭形勢突變隻運了三次，第三次擬搬運1700箱，由於運輸艦艙位餘地有限，加之僅有24小時裝船時間，結果隻運出972箱，另728箱也留在了內地。
三是，兩岸故宮文物藏品構成上稍有不同。運台故宮文物約60萬件，其中清宮檔案文獻38萬件冊，善本書籍近16萬冊，器物書畫5萬餘件；加上抵台後征集的文物，總計65萬餘件。北京故宮原有明清檔案800萬件，善本特藏50多萬冊（件、塊），器物書畫100萬件，總計達960萬件。1980年明清檔案劃出，成立中國第一曆史檔案館；又將包括部分宋元版書在內的14萬冊宮廷藏書撥交國家圖書館及一些省市和大學圖書館。現北京故宮有藏品150餘萬件，其中1949年後征集24萬多件，80％以上仍為清宮舊藏。
從幾大項文物來比較北京故宮博物院與台灣故宮博物院的館藏國寶，更可以看出兩大故宮博物院館藏國寶的高下之分了。
一、書畫收藏。台北故宮藏有書畫總計9120件，據介紹其中一半為優等和次等，元以前繪畫574件（不包括南薰殿宋以前帝後像），元以前書法155件。北京故宮有書畫15萬件左右，約占世界公立博物館所藏中國古代書畫的1／4，其中約1／3具有較高的學術價值和欣賞價值，有近420件元以前的繪畫，310件元以前的書法。元以前書畫總收藏量，數量上北京故宮低於台北故宮。但相對嚴格的鑒定工作，使得北京故宮早期（元以前）書畫中，很少有早期和晚期（明清）之爭。在繪畫的時代方麵，北京故宮的早期藏品反映了各個曆史時期的繪畫麵貌，特別是東晉顧愷之的兩件北宋摹本《列女圖》卷和《洛神賦圖》卷真實地反映了漢魏六朝時期的繪畫風格。就唐、五代、兩宋繪畫而言，台北故宮在數量上較北京故宮要多，但北京故宮元代繪畫眾多的收藏量和完善的品質堪稱世界之冠。就宋代繪畫而言，台北故宮的山水畫珍品多於北京故宮，但北京故宮的人物畫珍品則占有重要地位。北京故宮繪畫藏品種類較全麵，除卷軸畫外，還藏有版畫、年畫、清宮油畫、玻璃畫、屏風畫、貼落等，這些是台北故宮所缺乏和不足的。此外北京故宮還有10件唐宋壁畫、7件唐五代敦煌紙絹畫、1件元代大幅壁畫等。北京故宮庋藏的明清大幅宮廷書畫也是台北故宮所缺少的，因為這些在文物南遷時有一定運輸難度。由於台北故宮主要接收的是清宮舊藏曆代書畫，而18、19世紀的“揚州八怪”、“京江畫派”、清初的“金陵諸家”、“四僧”等許多流派的繪畫和書法為清宮所缺，如今已是國之重寶。北京故宮於上世紀60年代初已將上述幾個時期書畫收藏齊備。在書法方麵，台北故宮的收藏量和品質不如北京故宮。北京故宮有4萬多通明清尺牘，其中蘊含著巨大的文獻價值和藝術價值，遠勝台北故宮在這方麵的收藏。在碑帖方麵，北京故宮的碑帖善本占全國大多數。目前尚沒有見到文物南遷中有關碑帖的記錄。
二、陶瓷類文物。北京故宮有35萬件，一級品1100多件，二級品約5.6萬件，還有上世紀以來在全國110多個窯口所采集的3萬餘片陶瓷標本。台北故宮有25248件清宮舊藏瓷器，宋代五大名窯瓷器及明代官窯瓷器收藏均占優勢，著名的清代康雍乾三朝琺琅彩瓷器絕大多數都藏在台北故宮。但北京故宮的收藏數量是台北故宮無法比擬的，特別是在新石器時代彩陶、三國兩晉南北朝隋唐五代瓷器、清代嘉慶至宣統官窯瓷器、曆代民窯瓷器以及古陶瓷窯址標本、實物資料收藏方麵，北京故宮均占有明顯優勢。北京故宮在曆代官窯瓷器收藏方麵，無論數量還是質量，也都相當可觀，不容忽視。在古陶瓷收藏方麵，兩岸故宮各有千秋。