人民黨搖身一變成為人民民主運動的領頭羊，也成為阿尤布總統的眼中釘。為了打壓人民黨，總統逮捕了阿裏·布托。貝·布托的母親努斯特拉表現出了一個堅強女性該有的雷厲風行，她囑咐貝·布托好好複習準備參加大學升學考試，而她則帶著其餘三個孩子前往拉合爾去解救自己的丈夫。
1968年，年僅15歲的貝·布托順利通過了基礎考試，取得了參加大學入學考試的資格。同年12月，她又參加了哈佛大學拉德克利夫學院的入學考試，並順利通過。
16歲的貝·布托初進哈佛的時候，她的同學幾乎都不知道巴基斯坦在哪裏，是個什麼樣的國家，隻有當她提及印度的時候，同學們才恍然大悟。貝·布托厭惡這種介紹祖國的方式，好像自己的國家是印度的附庸國一樣。從那個時候起，貝·布托就暗自下決心，一定要改變世人對巴基斯坦的看法。
美國不同於巴基斯坦，這裏對婦女一視同仁，女人們可以穿著各種服裝去任何想去的地方。在哈佛的校園裏，沒有一個女孩子像貝·布托那樣穿著保守的民族服裝，她們那種健康、活力與自信打動了貝·布托。身為一個政治要人的女兒，她需要有堅定的信仰來支撐自己的生命，不過要想讓生命過得有價值就必須改變。貝·布托開始改變自己，她脫下那寬鬆的長袍，換上了貼身的牛仔褲和運動衫，留長了頭發，像所有哈佛學生一樣出入各種學生聚會和搖滾音樂會。
貝·布托是個活躍的學生，在很多活動中都能見到她的身影。在美國民眾掀起反對越戰浪潮的時候，貝·布托也是反戰隊伍中的一分子，她正慢慢朝著一個政治家的樣子蛻變。她對政治的的興趣與日俱增，並在選擇專業的時候選擇了政治學科，這讓阿裏·布托十分高興，他有一種後繼有人的欣慰感。
在貝·布托學習政治的日子裏，巴基斯坦正在經曆著一場分裂危機。當時，東巴基斯坦，的孟加拉人正在要求獨立，而印度則趁著東西巴基斯坦內訌的時候揮兵北上，發動了史上著名的第三次印巴戰爭，時間是1971年11月。
這個時候的巴基斯坦總統已經不是阿尤布·汗了，他的總統生涯在1969年就結束了，繼任人為另一個軍事獨裁者葉海亞·汗。對於軍事獨裁，巴基斯坦人民早就忍無可忍了，他們認為這樣的政府正是把他們推進水深火熱的惡源之一。於是，巴基斯坦人將全部情感和希望放在了阿裏·布托的身上，希望他能拯救他們於水火之中。葉海亞·汗政府原本就不受歡迎，再加上第三次印巴戰爭的爆發，整個政府陷入了一片唾罵聲中。為了穩定民心，葉海亞·汗極不情願地重新啟用阿裏·布托，任命他為副總理兼外交部長，讓他來解決目前這種棘手的狀況。