克什米爾問題就像是印巴之間總也無法痊愈的傷疤，動輒複發。即便貝·布托為印巴關係做出了很多努力，但克什米爾問題一天不解決，印巴關係就一天無法正常化。這次克什米爾再一次爆發流血事件，嚴重影響了印巴關係的緩和。從1990年1月起，傷亡就不斷出現，到了4月時，已經有400多人喪生。此次流血衝突的製造者是印度，很多巴基斯坦穆斯林對此耿耿於懷。原本就不是十分牢固的印巴關係，在克什米爾血戰後再次撕裂。巴方克什米爾領導人按捺不住憤怒要求開戰，流血事件升級為戰爭，死亡再次以一種憤怒的麵貌席卷克什米爾。
印巴關係的短暫春天戛然而止，貝·布托的外交政策受到了質疑。這種危機應該是貝·布托提前想到的，關於克什米爾的爭鬥史太過漫長，根本不是幾個協議、幾項約定就能解決的。貝·布托這次是下定決心要跟印度對著幹，堅決不在克什米爾問題上有所讓步。“鐵蝴蝶”的立場令印度十分氣惱，一場“拉鋸戰”就此展開。國際社會無法坐視不理，紛紛發表輿論要求兩國和談。不管怎麼樣，這次危機最終艱難度過，不過印巴之間的問題無法找到一個一勞永逸的解決方法。
當克什米爾問題暫時平息的時候，也就是貝·布托離開的時候。1990年8月，貝·布托因其丈夫阿西夫涉嫌貪汙而被撤掉總理職務。其實，阿西夫貪汙不過是貝·布托下台的原因之一，主要矛盾還是發生在貝·布托與總統以及軍隊之間。在貝·布托上台後，她所製定的政策就違背了總統以及軍隊的初始意願。而且，貝·布托當年競選時所做的承諾也沒有一一兌現，巴基斯坦的秩序依舊混亂不堪，這讓人民對新政府頗有微詞。
撤職並不能打消貝·布托重回政壇的決心，她在民間繼續和人民黨一起為了10月的大選奔波。不過，在10月的大選中獲勝的是貝·布托的老對手納瓦茲·謝裏夫，貝·布托再次遭遇失敗。。
謝裏夫政府在11月成立，而貝·布托也在11月接受了特別法庭的審訊，罪名是她涉嫌濫用職權、收受賄賂等。麵對謝裏夫新政府的指控，貝·布托一路上訴，她有豐富的政治經驗，懂得什麼時候該做什麼樣的決定。
謝裏夫處心積慮登上了執政舞台，上台後才發現自己麵臨著同樣的問題:總統權力過於全麵。這是哈克軍法統治所殘留的痼疾，他當總統的時候特地通過《第八憲法修正案》加大了總統特權，把總統一職推上了權力獨裁的巔峰。謝裏夫所當選的是總理，他的各項職能和權力都在總統權力的限製之下。當初伊沙克·汗總統就是依靠《第八憲法修正案》授予總統的解散議會和政府的特別權力，廢除了貝·布托的總理職務。為了防止類似的事情發生在自己身上，謝裏夫宣布廢止總統解散議會和政府的特別權力。
謝裏夫的決定惹惱了伊沙克·汗，政府與總統的矛盾持續升級。還有一件事讓身為伊斯蘭聯盟領導人之一的伊沙克·汗十分不滿，那就是巴基斯坦伊斯蘭聯盟主席病逝，謝裏夫沒有經過任何人的同意就擅作主張將自己提名為主席候選人，其急於攬權的姿態讓伊沙克·汗心生警惕。