正當謝裏夫和伊沙克·汗內鬥的時候，貝·布托殺回了巴基斯坦。伊沙克·汗一改往日對貝·布托的橫眉冷對，換了張笑臉迎接貝·布托的回國。顯然，伊沙克·汗是在拉攏貝·布托以及人民黨，希望能在與謝裏夫的鬥爭中獲勝。這次貝·布托抓住機會，要求伊沙克·汗能夠答應解散國民議會和省議會，並在3個月內舉行大選。此時的伊沙克·汗隻希望能盡快趕走謝裏夫，他答應了貝·布托的要求，就這樣，過了3年總理生活的謝裏夫匆匆下台。
謝裏夫上訴至最高法院指控總統行為違反了憲法，要求法院作出裁斷。折騰了幾個月，謝裏夫勝訴重新回到了總理位子上。然而，沒坐多久他便在10月的大選中敗下陣來。
1993年10月6日，巴基斯坦大選，人民黨再次以壓倒性優勢獲勝。兩個星期後，貝·布托風塵仆仆走馬上任，第二次出任巴基斯坦總理。
貝·布托和人民黨經過幾個月的休整和治理，總算是讓巴基斯坦朝著安定的方向前進。這次，貝·布托的地位相對而言較為牢固，因為新上任的總統法魯克·萊加裏是人民黨的骨幹，他對自己的政黨忠心耿耿。有了上次的經驗教訓，貝·布托跟軍隊盡量保持友好親密的往來，清除潛伏在身邊的危險因素。
盡管如此小心謹慎，可就在這時，貝·布托的家庭內部卻發生政治分裂。
貝·布托的大弟弟米爾·穆爾塔紮·布托當年因遭到哈克軍法管製的迫害而到處流亡，1993年，米爾結束了16年的流亡生涯回到祖國。然而，他回國後並沒有支持貝·布托的統治，轉身加入了反對姐姐的行列。米爾一直以來都覺得自己才是最有資格繼承父親事業的人，他是長子而且也有政治抱負，可父親看好的偏偏是身為女兒的貝·布托，這讓米爾備受打擊。因此，在貝·布托的整個政治生涯中，米爾從不曾給過姐姐一絲一毫的關懷，反而處處與她作對。
更讓貝·布托心寒的是，她的母親努斯特拉竟然因為被女兒從人民黨領袖上的位置調離而倒戈相向，母親和弟弟結成了統一戰線，將矛頭一致對準了貝·布托。此時，陪在貝·布托身邊的隻剩妹妹薩納姆了。政治再一次展現了它的無情性，血濃於水的親緣關係竟然都敵不過權力的誘惑。
1994年1月，在阿裏·布托誕辰紀念日上，貝·布托與母親和弟弟終於兵戎相見。母親和弟弟的支持者與警察發生衝突，造成1人死亡，7人受傷。流血事件加重了家庭糾紛，骨肉關係瞬間變成不共戴天的仇敵。