先看背井離鄉的陝西回民，陝西原有約七八十萬回民，在被清軍鎮壓之後，隻剩下一兩成。所以，左宗棠決定把這些陝回民遷徙到一個新的地方。他對安頓回民的新地點提出了幾條要求：要有水有草、土地肥沃、河流和平原相間；還要是無主的荒地，回族同胞可以聚族而居；每戶回民還要分得土地、房屋、窯洞、種子、耕牛和農具等。
遷徙的回民大部分被安置在平涼、會寧、靜寧、安定、秦安等地，都是水草比較繁茂的地方。可以說，左宗棠為了回民的善後，耗費了許多心血，也花費了大量本來就十分拮據的西征軍費。但這些開明的措施引起了甘肅、陝西一些上層人士的反對，當地官吏也找出種種借口多方阻撓，但左宗棠硬是頂住壓力，完成了遷徙工作。
再看幸存的甘肅回民，左宗棠一般都允許各地區的“土回”留在原籍，而隻是用武力強令各地的“客回”和金積堡、肅州兩地的回民遷徙，其中金積堡當地一萬三千多“土回”被遷往生存條件較差的固原州城附近；金積堡外來貿易的三千多名“客回”被遷到平涼大岔溝；肅州城剩餘的兩千多回民被安插在榆中一帶，把銀川城內回民全部安插在靈武吳忠堡一帶等等。
在安插工作中，阻力自然是有的。如有人散播清軍要殺盡回民的謠言。左宗棠對這種挑撥軍民關係的惡劣行徑進行了嚴厲的打擊。
其次，組織人力屯墾。
經過多年的戰亂，陝甘地區許多府廳州縣的百姓逃往外地，使得大片土地荒蕪，農業生產受到了極大的破壞。為了恢複農業，就地解決糧食問題，左宗棠全力組織人力開墾被拋荒的土地。在每次攻取一個城池後，他便就地安排饑民和“降眾”歸耕。另外，他還召集流亡的流民、難民，讓他們再度返鄉從事農活。更可貴的一點是，他還組織軍隊屯墾，不僅有利於恢複當地的農業生產，還就地解決了軍糧問題。另外，左宗棠以身作則，多次捐出自己的“養廉”銀，解決緊迫問題，在空閑時間，他還帶同營官兵一起督耕勞作。這樣一來，使回漢百姓更快地轉向和平勞動，促進了西北農業生產的恢複和發展。
再次，增改縣治，設立保甲。
為了穩定陝甘地區的封建秩序，左宗棠采取了增改縣治，編審戶口，實行聯甲製度。他奏準在新遷區和回族居住區增改縣治，縮小轄境，以加強對這一地區的統治。同時，在回族居住區又編審戶口，實行保甲。做法是： 到達安置地點的回民必須馬上登記戶口，每戶發一良民門牌，強令各家懸掛門前，地方官隨時檢查。並編審保甲，由地方官擇人充任“十家長”、“百家長”，這使回族上層對回民的控製力量削弱，加強了地方官對回民的直接統治。
另外，改革籌運方法。陝甘大部分地區水運不通，山路崎嶇，十分荒僻，加上人畜稀少，經過戰亂，勞力更加缺乏，交通運輸非常困難，但卻需要長年不斷運送數量巨大的糧秣、餉糧和別的各種軍需。左宗棠認為這一方法有違民意，不可取。於是，他下令對陝甘的徭役辦法進行改革。
以前，各州縣為支應如糧差、兵差、流差等各種差務，都強令民間供應車馬民夫，名為按畝出費，照糧出車，實際上都是隨意苛征強派，鬧得百姓怨憤不小。左宗棠下令取消流差，隻規定專運糧、餉、軍火、軍裝四種差務，並變革了按畝出費的舊規，變通征用車馬的方法，派營務處統一經營。這樣一來，使艱難困苦中的百姓減少了一些損失和盤剝。
總的來說，左宗棠的這些善後措施穩定了封建統治秩序，緩和了社會危機。他吃苦耐勞、踏實苦幹、愛惜民力、關心民眾疾苦、注意恢複發展生產的民本主義思想得到了充分的體現。