國難當頭，匹夫有責
陝甘回民起義成為了曆史，善後工作也進入了尾聲。左宗棠終於可以喘口氣了，但留給他休息的時間是有限的，還有更緊迫的使命等著他去完成。這就是我國的新疆陷入了空前危機之中，急需一名能征善戰、文武雙全的人去把失去的領土爭奪回來。
我們知道，新疆自古以來就是中國的領土。早在西漢年間，中國的文獻中就把這裏稱作西域。漢武帝建元二年（公元前139年）和元狩四年（公元前119年），西漢政權曾兩次派張騫通西域。漢宣帝神爵三年（公元前59年），西漢政府又命鄭吉為西域都護，還設都護府代表中央政府行使權力。到了清朝，乾隆二十年（1755年）開始勘定西域，四年後將西域改名新疆。清政府還在伊犁（今伊寧市）設伊犁將軍，為新疆地區最高軍政長官。另設烏魯木齊都統，為該地區的軍政長官，地位僅次於伊犁將軍。
如今，我們耳邊依舊回蕩著左宗棠在第一次會試失敗後曾寫的《燕台雜感》，尤其第三首寫道：
西域環兵不計年，當時立國重開邊。
橐陀萬裏輸官稻，沙磧千秋此石田。
置省尚煩他日策，興屯寧費度支錢？
將軍莫更紓愁眼，生計中原亦可憐。
在詩中，左宗棠歌頌了乾隆年間平定新疆，加強新疆政治、軍事設施，鞏固西北邊陲的功績。同時，他又譴責了乾隆以後的邊疆大吏不善經營，無所作為的行為。
現實的確是這樣的，隨著清朝政府的統治越來越腐敗，新疆的反清勢力也越來越活躍起來。
同治三年（1864年），太平天國運動失敗後，新疆便爆發了以回族、維吾爾族為主的大規模反清運動。起義隊伍迅速控製了新疆全境，但起義軍內部卻由於爭權奪勢而分化為五個封建割據勢力。它們是以喀什噶爾（今喀什市）為中心的金相印、司迪克政權；以烏魯木齊為中心的妥得璘（妥明）政權；以庫車為中心的黃和卓政權；以和闐為中心的瑪福迪、哈比布拉汗政權；以伊犁為中心的邁孜木雜特政權。這些割據政權的混戰給伺機入侵新疆的外國侵略者提供了便利條件。
同治三年十二月（1865年1月），因為軍事上的失利，金相印、司迪克向新疆以西的浩罕王國求助。浩罕王國乘機派阿古柏領軍進入了新疆。
阿古柏是何許人也？我們先來了解一下。
阿古柏本名叫穆罕默德·雅霍甫，1820年出生於塔什幹附近的一個村子裏。有人說他是烏茲別克人，也有人說他是塔吉克人。出生不久後，父母便離異了，跟隨母親生活的阿古柏在數年後又成了孤兒。年輕時他曾擔任過舞師，後來，憑借這個職業和一套善於攀附、逢迎權貴的本領，先後擔任浩罕汗國的軍政要職，曾領兵抵抗沙俄的入侵。1860年左右，晉升為阿克麥吉特（今納羅夫斯基）伯克，成為擁有自己勢力的一方諸侯。從此，人們尊稱阿古柏為“雅霍甫伯克”。
可見，阿古柏是一個善於鑽營、投機、玩弄陰謀詭計、見風使舵和野心勃勃的人。這次來新疆，他僅僅是為了幫助金相印、司迪克謀求利益嗎？答案自然是否定的。
阿古柏先後攻下天山南路的英吉沙爾（今英吉沙縣）、喀什噶爾、葉爾羌（今莎車縣）、和闐（今和田縣）等地。所以，以和闐為中心的瑪福迪、哈比布拉汗政權被吞並了。
同治六年（1867年），阿古柏向東侵犯，又攻占烏什、阿克蘇和庫車。以庫車為中心的黃和卓政權也被消滅了。年底，阿古柏在喀什噶爾悍然宣布建立“哲德沙爾汗國”（意即七城汗國），自立為汗，據有南疆。
同治九年（1870 年），阿古柏勢力又向天山北路擴展，在北疆打敗妥得璘政權，占取烏魯木齊、瑪納斯等地。
於是，阿古柏的武力侵占在新疆達到了最高峰，控製了整個南疆和北疆的部分地區，整個新疆幾乎淪為異域，陷入了嚴重的危機中。
西方最著名的戰略地理學家麥金德認為中亞地帶是世界的心髒，而亞洲、歐洲、非洲構成了“世界島”，誰要能控製世界的心髒，誰就能控製世界島，進而統治全世界。所以，在多災多難的晚清，不僅有阿古柏入侵新疆，俄、英兩個帝國早已對新疆覬覦有加，同時將黑手伸向了中國的新疆。
先看狼子野心的俄國，它是攫得中國領土最多的國家。通過第二次鴉片戰爭，俄國共割占了中國東北地區黑龍江以北、烏蘇裏江以東100多萬平方公裏的領土和西北地區巴爾喀什湖以東以南44萬多平方公裏的領土。貪婪的俄國不會滿足，接著又把侵略目標對準南疆，試圖把喀什噶爾置於沙俄的魔掌之下。
沒想到，半路殺出個程咬金，阿古柏先後侵占了喀什噶爾和烏魯木齊。這個沒什麼要緊的，新疆大得很。晚了一步的俄國便在同治十年五月十七日（1871年7月4日）出兵侵占伊犁，宣稱伊犁永遠歸俄國管轄，還放風說要帶兵前往烏魯木齊。很顯然，俄國是想把新疆據為己有。
不過，清政府是軟柿子，可以隨便捏，阿古柏就不見得能隨便捏了，所以，俄國采取了一個折中的辦法。在同治十一年，俄國向喀什噶爾派出使團，與阿古柏訂立《喀什噶爾條約》，以承認阿古柏政權為交換條件，俄國得到在南疆通商等權益。