古牧地本來是由白彥虎重兵駐守的，當他聽到黃田被攻破後，便逃回到烏魯木齊。在這種關鍵時刻，主將都臨陣脫逃，想要逃脫不敗的命運是不可能的。所以，古牧地之所以能這麼快就被攻克，清軍炮火猛烈、作戰勇敢是一方麵，白彥虎的逃跑也是一個很重要的因素。
清軍攻克古牧地後，從繳獲的一封敵人的機密文件中得知烏魯木齊已經成為一座空城。這就奇怪了，烏魯木齊本是一個兵家必爭的重地，怎麼就空虛了呢？
我們知道，守衛烏魯木齊的是馬人得，同時管理昌吉、古牧地、瑪納斯和呼圖壁諸城。我們先來了解一下馬人得這個人。
馬人得自稱清真王妥得璘同黨馬仲的兒子。妥得璘先是進攻阿古柏，被阿古柏擊敗。隨後阿古柏與馬仲聯合進攻妥得璘，迫其投降。後來，馬仲被殺，馬人得繼任阿奇木，掌握了大權。妥得璘死後，餘黨馬明等也投降了阿古柏。陝回白彥虎流竄到關外後，和阿古柏臭味相投，為虎作倀，聯合起來守著紅廟子。
逃回到烏魯木齊的白彥虎與馬人得會合，本想固守烏魯木齊，但當聽到古牧地被攻克，精銳部隊全被殲滅後，白、馬二人驚恐萬分，哪裏還有心情戰鬥，保命是第一位的，於是帶著妻兒老小和值錢的金銀財寶向南麵逃去。
上行下效，下麵的守軍也亂成了一鍋粥，爭相逃命。這樣，烏魯木齊就成了一座名副其實的空城。劉錦棠認為機不可失，但為了慎重起見，他派兵前去偵察。此時，敵軍已經如驚弓之鳥，在通往烏魯木齊的大路上，已經見不到敵軍大隊人馬的蹤影了。
二十九日（8月18日）黎明，劉錦棠除了留少量軍隊駐守古牧地外，揮師向烏魯木齊進發。一路上，清軍如秋風掃落葉般，橫掃殘敵，迅速包圍了烏魯木齊城。殘餘的守敵見大事不妙，紛紛放下武器投降。就這樣，清軍不費吹灰之力就收複了烏魯木齊。由於劉錦棠作戰勇敢，表現出色，清廷賞給他騎都尉世職的獎賞。
再看阿古柏，當他得報烏魯木齊危急時，便派數千騎兵來增援，但還是晚了一步，在離烏魯木齊城280裏處，清軍已經占領了烏魯木齊城，隻好很無奈地退兵而去。
清軍的輝煌戰績給敵軍造成了不小的壓力，昌吉、呼圖壁各城敵軍聽到烏魯木齊城失守後，聞風而逃。隻有瑪納斯南城的守軍仍然在抗拒官軍。
七月初一，金順率軍從昌吉前往瑪納斯助戰，劉錦棠則指揮所部清除了東山、大西溝、水西溝、三台、阜康等地白彥虎和餘小虎的殘餘勢力，進一步鞏固收複的失地，從而保證了清軍後方的安全。
但在攻打瑪納斯南城的清軍各部遇到了難題，為了爭克城之功，各行其是，不僅沒有攻下城池，還造成了嚴重的人員傷亡。最後，不得不向劉錦棠求援。
八月十七日（10月4日），劉錦棠接到金順的求援信後，派兵前往增援。
九月二十一日（11月6日），劉錦棠、金順會同署伊犁將軍榮全各軍齊心協力克複瑪納斯南城，收複了瑪納斯全境。就這樣，阿古柏匪幫在北疆的勢力被全部驅除幹淨了。
是否用兵南疆是個問題
清軍收複古牧地、烏魯木齊、瑪納斯的戰鬥雖然打擊了阿古柏集團的囂張氣焰，但隻是動其皮毛而已。因為阿古柏集團的主力部隊主要部署在南疆。所以，若要徹底摧毀阿古柏政權，就必須向南疆進軍。
左宗棠用巨大的軍事勝利換來了清廷對他更大的信任。所以，清廷讚同左宗棠用兵南疆，將阿古柏匪幫徹底消滅的軍事計劃。因為當時的清廷太需要勝利了，左宗棠的戰績不僅讓清廷看到了希望，還讓國人看到了希望。
但在清廷內部卻發出了不同的聲音。
還記得，光緒元年（1875年）春，清廷內部發生“塞防”、“海防”之爭時，為了減少阻力，左宗棠在奏折中特重點強調收複烏魯木齊，並沒有明確提出用兵南疆的問題。
當時，隻有文祥支持左宗棠的主張。但此刻的文祥卻主張收複烏魯木齊後應該畫地自守、停止用兵。這前後一百八十度的大轉變真是讓人大跌眼鏡。他當初的主張難道隻是一個噱頭而已，他骨子裏難道就是一個給一塊糖就滿足的人嗎？我們隻能猜測一下文祥的為人了。
作為朝廷舉足輕重的人物，文祥的主張自然會引起清政府的重視。還有身任戶部右侍郎的翁同龢也認為進軍南疆是耗空了中原地區而去經營荒嶺沙田，曾經當麵進諫慈禧太後停止用兵南疆。
不僅清廷內部有停止進軍南疆的呼聲，英國也主動出麵，以調停的名義袒護它的走狗阿古柏，阻撓左宗棠用兵南疆。
英國外交大臣德爾比電令駐華公使威妥瑪，要求清政府同意阿古柏稱喀什噶爾王，作為清朝屬國，但不納貢。於是威妥瑪想借助重臣李鴻章的力量來達到這個可恥的目的。
李鴻章借此勸朝廷停止用兵，他認為阿古柏的背後是英國，左宗棠進兵南疆撈不到什麼好處，結果隻會功不抵過。