光緒三年（1877年）初，中國第一任駐英公使郭嵩燾抵達倫敦。英國外交部又加緊向郭嵩燾提出“調停”建議，還讓到英國求援的阿古柏使者直接與郭嵩燾來往。同年4月，英政府又宣布將派羅伯特·肖充任駐喀什噶爾“公使”，極力支持阿古柏集團。於是，郭嵩燾往國內寫信，稱英國“調停”是千載難逢的機會，放棄南疆才是明智之舉。
在這種國際形勢下，清朝內部停止進軍南疆的呼聲也日益高漲。
雖然左宗棠能打敢拚，但萬一真的和英國開戰了，他能勝利嗎？沒有人能回答這個問題。清廷最高統治者開始猶豫了，因為兩次鴉片戰爭給清政府留下了嚴重的後遺症，在英帝國麵前，清政府永遠不敢抬頭。
但清廷最高統治者還是決定征詢一下左宗棠的意見，再做最後定奪。1877年7月26 日，左宗棠複奏清廷，批駁了放棄南疆的主張和英國庇護阿古柏的險惡用心及卑劣行為。
左宗棠的力爭和前線軍事的順利進展給清廷吃了定心丸，最後，清廷決定力挺左宗棠，全力進取南疆。
威妥瑪的努力沒有取得任何效果，他隻能留下幾句狠話過過嘴癮，灰溜溜地無功而返。
被人當軟柿子捏的晚清政府，總算做出了一個正確的決定，讓世人看到了軟弱背後比較強硬的一麵。
進軍南疆第一槍
雖然清軍收複烏魯木齊這一記重拳隻是動了阿古柏的皮毛而已，但還是給盤踞在南疆的阿古柏匪幫以沉重的打擊。
從兵法上來講，應該乘勝追擊，一鼓作氣，把敵人打得連喘氣的機會也沒有。然而清軍收複瑪納斯，還師烏魯木齊時，已屆冬令。如果立即進兵，則正趕上大雪封山，無論築壘、支帳都不方便。再說，全軍有一半將士身體不適，需要休整，而且後勤保障也跟不上。針對這種情況，左宗棠決定全軍暫且休養生息，等第二年雪融冰消時，再全力進兵南疆。
再看阿古柏得知北路全失後，非常驚慌。本來以為借助英國的勢力能夠讓左宗棠退兵，結果卻空歡喜一場。但他還是企圖憑借天山之險，負隅頑抗。因為他的主力部隊還在，加上逃來的馬人得與白彥虎殘部，總兵力達到了27萬多人。他手裏握有的這張王牌就是能與左宗棠一拚的槍杆子。
於是，阿古柏開始著手加強達阪城——托克遜——吐魯番一線的防務。達阪城是天山的要隘，他派大總管愛伊得爾呼率精兵4000人在這裏堅守；又命馬人得和白彥虎守衛吐魯番；在托克遜修築三個城池，互為犄角，讓次子海古拉率步、騎6000人，大炮6門堅守。阿古柏本人則退到托克遜以南800多裏的喀喇沙爾指揮。
經過一番布置後，阿古柏認為憑借天山防線以逸待勞，可以確保萬無一失，於是又做起了春秋大夢。
對左宗棠來說，若想率領大軍南下，必須先攻取阿古柏利用天山關隘重點設防的達阪城、托克遜、吐魯番三角地區。隻有攻下這三個地方，才能打開南疆門戶，形成勢如破竹之勢，徹底摧垮阿古柏政權。
在正確分析了軍事形勢後，左宗棠多次告誡前敵將帥，在屢勝之後千萬不可驕傲大意，要穩紮穩打、步步為營。既不要輕率進兵，也不要把希望寄托在敵人的內變上。
眼見手握重兵的左宗棠遲遲沒有動靜，清廷沉不住氣了。光緒二年十月（1876年11月），清廷催促左宗棠迅速率兵南下。
這時，劉錦棠的病已經痊愈，可以帶兵出征了。但將在外，君命有所不受。作為主帥，要做到在戰略上藐視敵人，在戰術上重視敵人。所以左宗棠仍然堅持自己既定的方針，采用“緩進急戰”的戰略戰術。他安排全軍在烏魯木齊過冬，錯開不便行軍和轉運的嚴冬，讓各營官兵獲得治病養傷、休整的機會。同時肅清各路殘匪，穩固後方。等到來年春暖花開、冰雪消融後再展開新的攻勢。
左宗棠沒有屈從於朝廷的一紙命令，而是根據自己的判斷，做出正確的決策，這一點真是難能可貴，為收複南疆奠定了堅實的基礎。
為了保證戰役的順利進行，清軍統帥左宗棠決定：仍以劉錦棠為南進主力，攻打達阪城；而疲弱的金順部則加以裁並，留守北疆後路，全力為劉錦棠部穩固後路、保護糧道。另外，奏請調駐紮在包頭統領金運昌率馬步兵5000多人出關到古城至烏魯木齊一線防守，從而替換原來駐紮在該地的湘軍徐占彪、張曜等部進攻吐魯番。等兩城克複後，再攻取托克遜。
由於劉錦棠部連續作戰，部隊減員較多，急需補充。左宗棠除從蘭州防營挑選近千名士兵補充湘軍缺額，調侯名貴炮隊歸他指揮外，又將肅州鎮總兵章洪勝、總兵方友升、桂錫楨所率馬隊3營，調歸劉錦棠指揮。這樣一來，劉錦棠的南征軍一下子達到29營，大大增強了湘軍的戰鬥力和機動性。
光緒三年（1877年）二月，前線部隊已經休整3個多月了，清軍官兵個個情緒高昂、鬥誌旺盛，尤其是急性子劉錦棠多次向左宗棠請求發兵，收複失地。但當時金運昌的“卓勝軍”還沒有到達指定的駐地，所以，左宗棠仍然按兵不動。