從達阪城到托克遜隻有不到兩天的路程，被釋放的俘虜到達托克遜後，達阪城被攻克的消息迅速在敵營中傳播開來，讓南疆的敵人大為震動。阿古柏的各級官兵都亂成了一團，十分恐懼，部分士兵或者投向西征軍，或者逃回喀喇沙爾。
阿古柏的幼子哈克庫裏伯克擔心俘虜被釋放的消息會削弱軍隊的戰鬥意誌，於是按照他父親的命令，在喀喇沙爾處死了部分逃到那裏的達阪城人，其餘活著的人又逃回到清軍那裏去了。如此殘酷的措施讓阿古柏大失民心，在一定程度上反而幫助了清軍。
麵對勝利，劉錦棠沒有昏了頭腦，他認為不能給敵人喘息的機會，應該一鼓作氣消滅敵人的有生力量。於是休整幾天後，在三月十一日(4月24日)夜，率領大軍秘密起程，並在第二天抵達白楊河。
為了能更快地攻克吐魯番和托克遜，劉錦棠決定賭一把，把優勢兵力分成兩部分給敵人以重擊。一路由道員羅長祜等人率馬步6營3000多人向東南進軍，與徐占彪、張曜會攻吐魯番；一路由自己親自統率馬步14營7000多人，從西南直搗托克遜。
當劉錦棠的大軍到達距離托克遜不遠的小草湖時，從托克遜逃出的維吾爾人口中得知，托克遜守敵海古拉已經棄城西逃，而白彥虎正在指揮部下燒殺搶掠，準備裹脅當地居民一起西逃。居民們不堪忍受這樣的蹂躪，請求大軍速進，解救處在水深火熱中的老百姓。
事不宜遲，劉錦棠馬上派黃萬鵬率騎兵先行，步兵隨後，奔襲托克遜。在十三日（4月26日），行軍到距城十裏的地方，隻見前麵火光衝天，隱約聽見槍炮聲，知道敵人又在圍攻莊堡，燒殺搶掠了。
黃萬鵬率領騎兵向前突進，托克遜的敵軍沒有料到官軍來得這麼快，倉促應戰，逐漸包圍了黃萬鵬軍，雙方展開了一場激戰。幸好劉錦棠率步、騎大隊人馬及時趕到，分兵三路，衝散了敵人的包圍圈。
麵對清軍齊鳴的號鼓，震天的殺聲，敵軍開始敗退，還放火自焚了存糧和彈藥，棄城而逃。西征軍緊追不舍，把敵軍殺得抱頭鼠竄。
這場戰役，清軍斃敵2000多人，生擒百餘人，奪獲數百匹戰馬，2000多件槍械，而清軍隻傷亡了90多人。就這樣，劉錦棠順利地收複了托克遜，可惜的是讓海古拉和白彥虎逃跑了。
再看徐占彪和張曜兩路人馬也不甘示弱。
在劉錦棠從烏魯木齊進兵達阪之前，張曜派出所部記名提督孫金彪率領五營進駐東、西鹽池。三月初一日（4月14日）徐占彪部出發後不久，在鹽池便與孫金彪會師。三月初五日（4月18日），他們悄悄度過戈壁。在三月初八（4月21日），把吐魯番東南的七格騰木攻取了下來。三月十二日（4月25日），又攻克勝金台、連木沁台、魯克沁各城。
三月十三日（4月26日）淩晨，張曜、徐占彪等部主力到達吐魯番城郊，此時羅長祜部湘軍也前來會師， 兵力更加強盛。守敵馬人得看不到勝利的希望，隻好率部投降了。
西征軍接受了馬人得獻城投降，命他繳呈馬匹、槍械，然後加以安撫，讓他和兵眾都操舊業，安定生活。至此，清軍收複了吐魯番全境。
吐魯番被收複後，通向南疆的大門就徹底向清軍敞開了。這得益於劉錦棠運籌帷幄、決勝千裏和將士奮勇向前、所向無敵。其中，劉錦棠居首功，賞戴雙眼花翎。我們知道，按照清製規定，不是貝子貝勒是不能戴用雙眼花翎的。劉錦棠以監司受戴，為二百年所未有，可見，朝廷對這員虎將厚愛有加。
達阪城、托克遜、吐魯番之戰是雙方主力的一次大決戰。在這次決戰中，敵軍大概損失了二萬人。相當於阿古柏在這一地區整個防守兵力的五分之四，約占其總兵力的一半左右。這對阿古柏來說是一個致命的打擊。接下來，清軍肯定會發動更加猛烈的攻勢，他鐵定是沒好日子過了。
這次用兵神速是古今所未有的，從三月初一日劉錦棠從烏魯木齊出發，到三月十三日官軍克複托克遜和吐魯番，隻用了短短12天的時間。左宗棠對這次戰役非常滿意，他這樣評價道：這實在是西域用兵以來從來沒有過的事情。
左宗棠的喜悅之情不必多言，自古都是一家歡喜一家憂。勝利者從來都不缺鮮花和掌聲，但失敗者就沒這份好心情了。
老左也想砍人
阿古柏本來設防於達阪、托克遜、吐魯番三城，形成堅固的三角防禦體係，如果一點受到攻擊，其他兩點可以互為支撐，分兵救援。另外，阿古柏還在南山板房溝、水西溝一帶埋設伏兵，妄圖偷襲西征軍後路，牽製西征軍主力南下。但左宗棠派出優勢兵力攻打達阪、托克遜、吐魯番三城，還命劉錦棠、徐占彪搜山排進。結果，阿古柏繞襲西征軍後路的詭計沒有得逞，他的三角防禦戰術也被擊破了。
南疆門戶洞開，阿古柏的精銳部隊又折損大半，維吾爾族同胞對他殘暴的統治早就怨聲載道，也都準備配合官軍隨時起義。此刻，阿古柏真的成了孤家寡人，他自知大勢已去，自己無力回天。