此刻，阿古柏麵前有三條路可走：一是死戰到底，二是夾著尾巴逃走，三是自裁。作為一個侵略者，他已經把新疆當成了他的第二個故鄉，本想在這裏作威作福，終老此生，沒想到半路殺出個左宗棠。他不願意逃走，更不願意和清軍死戰，所以他最終選擇了第三條路。
自從丟掉吐魯番後，阿古柏便從喀喇沙爾退守庫爾勒。在四月十七日淩晨，他在庫爾勒服毒自盡，結束了自己可恥的一生。
阿古柏的次子海古拉聽到父親的死訊後悲傷不已，把堅守庫爾勒的重任交給白彥虎後，便把父親的屍體包裹進香牛皮裏，與死黨一起運送遺體向西逃去。
俗話說，樹倒猢猻散，如今阿古柏倒下了，這群匪幫為了爭奪汗位注定會分崩離析、刀劍相向。
果然，在海古拉離開庫爾勒兩天後，艾克木汗就登上了汗位，接著向西占據了阿克蘇。
五月十三日（6月23日），海古拉從阿克蘇趕往喀什噶爾，在離喀什噶爾不遠的克孜勒蘇河橋上遇到長兄伯克胡裏。父親的屍骨未寒，處在悲傷中的海古拉沒想到這麼快就要和哥哥刀劍相見，所以對哥哥伯克胡裏毫無防備，結果被殺死在橋上。就這樣，伯克胡裏率部占據了喀什噶爾。
六月，伯克胡裏率領五千人進攻剛剛占領阿克蘇的艾克木汗，結果，艾克木汗大敗，投靠了沙俄。
阿古柏匪幫內部人心渙散、一片混亂。一些原本依附阿古柏的南疆上層分子見勢不妙，便也紛紛投降清軍。所以，阿古柏建立的所謂“哲德沙爾汗國”已經處在分崩離析的狀態之中了。
盛夏一過，經過休整補充的劉錦棠所部的兵力已經達到32營，而敵方由於內訌，已經成瓦解之勢。可以說，形勢對西征軍非常有利，全軍也做好準備，等軍糧運到後，就一鼓作氣，攻占南疆的全部失地。
自古都是如此，不管你勝也好敗也好，總有一些不和諧的聲音出現。
這不，在勝利指日可待之際，朝中一批患有“恐外症”的人又站出來反對進兵南疆，首先發難的是庫倫大臣誌崇。他還是老調重彈，如果進攻南疆，強大的英俄很可能會參戰。那麼，清軍就會陷入進退兩難的困境。隻有“劃定疆界”，與英俄講和才是大清唯一的出路。
朝中有些人也附和誌崇的主張，認為西征軍耗費過大，如今既然收複了烏魯木齊和吐魯番，就應該節省兵力，不必再前進了。
國內的投降派如此，而英國也為了保存阿古柏殘餘力量，繼續確保自己在喀什噶爾地區的既得利益，又一次厚著臉皮出麵，派駐華代辦傅磊斯向清廷提出三項無理要求：
1阿古柏願以中國為上國之主，命使臣入貢；
2中國與喀什噶爾劃清地界；
3兩邊議和後，永遠和好，彼此互不侵犯。
從表麵看，阿古柏政權願意做清朝屬國，是一種讓步，實際上仍然想把南疆從中國劃分出去。
總理衙門一時束手無策，又詢問左宗棠的意見。
左宗棠氣得真想拿刀砍人，朝中的一些人想用自己好不容易取得的勝利作為和談的資本，而甘願把大清的大好江山拱手送人。真搞不懂這些人是不是炎黃子孫，身體裏是不是流著祖輩的血液。
憤怒的左宗棠毫不讓步，在複奏中一針見血地指出：目前英、俄兩國矛盾重重，俄國本土戰爭日益激烈，而英國目的是想將阿古柏反動政權當做阻止沙俄南侵的緩衝區，從而保護英國在亞洲的殖民地印度。英、俄都沒有精力顧及東方，何況我國出兵收複新疆是名正言順的事情，即使節外生枝，我們也可以理直氣壯地加以駁斥。再說，阿古柏已經自殺，敵人已經呈現土崩瓦解之勢，這是徹底收複新疆的大好時機。還有，自古重視新疆，才能保蒙古；保蒙古，才能衛京師。如果新疆不安定，則京師也不會平安。最後，左宗棠還提出為了新疆的長治久安，必須“設行省，改郡縣”。
左宗棠不僅闡述了保衛新疆的重要意義，而且第一次正式向清廷提出於新疆設置行省的建議，他的高瞻遠矚為清政府的正確決策起到了積極的作用。
由於南疆和伊犁地區還沒有收複，設行省的建議被擱置了下來。不過，清廷最終采納了左宗棠收複全疆的意見，沒有妥協求和。
收複南八城
達阪城、托克遜、吐魯番之戰結束後，西征大軍在吐魯番、托克遜一帶集結。吐魯番在明代被稱為“火州”，它的熱在新疆是出了名的。當時又是伏暑，蚊虻很多，士兵容易感染疾疫，需要休整，養精蓄銳。所以，左宗棠決定等秋高氣爽再向南八城進軍。
我們先來了解一下南八城。
乾隆二十四年平定南路後，建立了八座城池：喀喇沙爾、阿克蘇、庫車、喀什噶爾、烏什、葉爾羌、英吉沙爾、和田。各城間的距離相距遙遠，還有浩瀚的塔克拉瑪幹沙漠橫亙其間。
在這樣一個空間遼闊、人煙稀少的地域作戰，一旦軍糧不繼，後果將不堪設想。這也是左宗棠推遲作戰計劃的另一個原因。
等軍糧到齊，天氣涼爽後，左宗棠才決定進兵南八城。
光緒三年（1877年）七月十七日，劉錦棠率領湘軍32營從托克遜出發，他的第一個目標是托克遜西南的庫爾勒。