這次會後，江青、康生等人繼續由拋開陳伯達，張春橋、姚文元牽頭組織人起草九大政治報告。不久，張春橋、姚文元越過陳伯達這個九大政治報告起草小組組長，通過江青、康生，直接將報告稿交中央政治局討論。討論中，陳伯達很激動地抨擊了張、姚的報告稿，說：這個報告稿存在一個很大的缺陷，就是忽略生產。還是要發展生產，搞好生產，提高勞動生產率，不能盡搞運動。你們隻強調搞運動，是在搞伯恩施坦主義，伯恩斯坦就主張運動就是一切，而目的是沒有的。張春橋立即反駁陳伯達說：你是在宣傳“唯生產力論”。中國現在就是要搞運動。你強調搞生產，不符合中國的實際。會上爭論很激烈。毛澤東表態說：陳伯達的意見是對的，可以考慮在報告中加進陳伯達的意見。周恩來也說，陳伯達的意見是有道理的。林彪也表示陳伯達的意見好，要加上。
但是，隨後，康生和江青繼續到毛澤東那裏告陳伯達的黑狀，說陳伯達另搞一套，不與其他人合作，報告偏重強調唯生產力論。因此，毛澤東采用了張春橋、姚文元起草的報告，對陳伯達送上來的報告稿看都沒有看就退給了陳伯達。陳伯達看到毛澤東連裝報告稿的牛皮紙口袋都沒有打開，知道毛澤東已經反感自己。自己寫的報告稿，毛澤東連讓人打開紙袋，隨意瀏覽的興趣都沒有了。陳伯達看著完整如初的牛皮紙袋，感覺五雷轟頂一般，關起門來大哭了一場。
1969年4月1日至24日，中共九大在北京召開，林彪作政治報告。大會討論和通過的黨章把“無產階級專政下繼續革命理論”寫進黨章，並把林彪作為“毛澤東同誌的親密戰友和接班人”寫入總綱。隨後召開的九屆一中全會，選舉毛澤東為中共中央委員會主席，林彪為唯一的副主席，政治局常委共5人，即毛澤東、林彪、周恩來、陳伯達、康生。在21名政治局委員中，林彪、江青集團的成員占12人。
雖然中共九大仍然保持了陳伯達原來的中共第四號人物的位子，但是，陳伯達自己知道，毛澤東已經不再信任自己了，中央文革小組組長名不副實了，原來由自己分管的部門，已經被江青逐步接收了，自己陷入孤立了。
八、折戟九屆二中全會，結束政治生命
中共九大之後，陳伯達通過不斷地給葉群打電話，開始主動向林彪靠近。對林彪來說，手下大都是赳赳武夫，也需要陳伯達這樣的“理論家”。所以，很快，葉群向陳伯達轉達了林彪對陳伯達的敬意，說：林彪同誌十分尊敬你，認為你是我黨不可多得的人才。林副主席是關心你的、支持你的工作的。有一次過節，陳伯達見別人家都有海螃蟹吃，也想吃點海螃蟹。葉群聽說後，讓廣州軍區用軍用飛機給陳伯達送去一大筐。陳伯達一介書生，沒有什麼東西可以回贈，但寫得一筆好字，從不給別人寫，於是主動給林彪和葉群題字。給林彪的題字是：“天馬行空，猛誌常在”，“天馬行空，知無涯”。給葉群的題字是：“李杜詩篇萬口傳，至今已覺不新鮮。江山代有才人出，各領風騷數百年。”據林彪的秘書回憶，陳伯達給葉群的“每臨大事有靜氣，不信今時無古賢”題字，葉群高興得自我飄浮起來。沒過多久，陳伯達就成了林彪在毛家灣家裏的常客。
陳伯達為什麼要向林彪靠近呢？晚年陳伯達講道：“到了1968年把劉少奇開除出黨以後，我們就對文化大革命感到厭煩了，林彪對我說過：‘這個文化大革命應該結束了，再搞下去就會搞到我們自己頭上。人心思治，誰也不願意這麼無休無止地折騰了。’我說：‘看毛主席的打算，運動還要繼續深入，鬥批改的任務還遠遠沒有完成呢。’林彪講：‘那不是一年兩年能夠奏效的事情，要是把文化大革命持續那麼長的時間，誰也受不了了。頂多開完九大，就該結束運動。不然就會犯運動就是一切，目的是談不到的那樣的錯誤。’這也是我在給九大起草的政治報告中主張九大以後要集中精力抓生產的原因。”
中共九大之後，召開第四屆全國人大提上議事日程。召開第四屆全國人大麵臨一個重要問題，就是設不設國家主席問題。劉少奇被打倒後，一些需要國家元首必須出席的場合，由國家副主席董必武出麵。但一個國家長期沒有元首，總不是個辦法。所以，中共九大前後，就有關於設國家主席的議論。1970年3月，毛澤東提出召開四屆全國人大和修改憲法的意見，同時提出“改變國家體製、不設國家主席”的建議，指出修改憲法時，“不要寫國家主席這一章，我也不當國家主席”。4月上旬，林彪向中央政治局提出“設國家主席，並請毛主席兼任，副主席可設可不設”的書麵建議，得到政治局多數成員的讚同。下旬，毛澤東在政治局會議上第三次提出不當國家主席，也不設國家主席的建議，並借用《三國演義》中的典故說：“孫權勸曹操當皇帝。曹操說，孫權是要把他放在爐火上烤。我勸你們不要把我當曹操，你們也不要當孫權。”