文天祥雖然逃脫了，但他的妻子兒女都被元軍抓住，兩個兒子因不堪折磨，很快病死了。文天祥逃脫後，輾轉到了廣東南嶺，吹響集結號，重新召集隊伍。好不容易拉起一萬多人的隊伍，偏偏廣東這個地方又發生瘟疫，一下子死了大半，文天祥的老母和長子也相繼染病而亡。這真是雪上加霜啊！亡國喪親，讓大英雄情何以堪！
公元1278年12月，遊擊司令率領殘餘的部眾在廣東海豐北麵的五坡嶺埋鍋燒飯的時候，元兵突然湧入，手下驚慌失措，爭相逃散，文天祥想要吞食冰片自殺，未能成功而被捕——在埋鍋造飯的時候被人偷襲，狀元的命運也真夠悲慘的了，而更加苦逼的事情還在後麵呢：
“惶恐灘頭說惶恐，零丁洋裏歎零丁。人生自古誰無死？留取丹心照汗青。”這首詩大家應該都知道，文天祥的《過零丁洋》。那麼，文天祥為什麼沒有被直接押解去大都也就是今天的北京，而要過零丁洋呢？元軍本來是想讓他招降正在崖山一帶活動的南宋最後的流亡政權，遭到文天祥的拒絕後，他們便殘忍地將他帶到崖山的前線戰場，強迫他觀戰，讓他目睹南宋君臣和南宋軍隊的灰飛煙滅。
崖山，位於今天廣東新會的南端。公元1279年2月5日，元軍四麵合圍，從海陸兩方麵進攻崖山。宋軍在張世傑指揮下堅決迎戰。雙方投入總兵力達三四十萬人，戰船共計幾千艘。在海上激戰了一天一夜後，形勢才對宋軍不利。因為這個時候暴風雨突然襲來，海上一片迷霧，不便指揮呼應，而宋軍久戰疲勞又無法進食，才在敵人的猛攻下，許多戰船開始潰散。文天祥被禁錮在敵人的戰船上，目睹著宋軍潰敗，百官將士紛紛跳海的慘狀，後來又聽到大臣陸秀夫背著小皇帝投海自盡的噩耗，心中的悲痛可想而知。
這一役，南宋軍民有十萬餘人蹈海自殺，海上的屍體連綿不斷地漂流到了東瀛日本，崇尚中華文明和忠義精神的日本國為此輟朝三天，天皇親臨海邊遙遙向著中華方向拜祭英烈。
而元世祖忽必烈接受了中華文化，一心要做中國之主，也急需治國人才，他對文天祥還是抱有希望的。文天祥被押解到大都後，他派了眾多的說客來勸降，甚至把已經投降了的宋朝皇帝宋恭帝都搬了出來：你們的皇帝都已經投降了，你還要幹什麼？可文天祥就是不肯投降。後來，文天祥提出願意出家做道士，他真實的想法是以道士的身份回鄉重新組織抗元大業，忽必烈幾乎要答應了，另一個已經投降了的狀元宰相留夢炎卻來阻撓，說文天祥如果獲釋必定會圖謀恢複宋朝。忽必烈覺得有理，也就壓下了這個念頭。又過了一段時間，忽必烈覺得文天祥始終不屈，也很敬佩他的人品，甚至想無條件地釋放他，成就元朝不殺忠臣的“美名”，然而，他的大臣們卻堅決不肯放虎歸山。忽必烈最後一次召見文天祥，親自勸降，對他說：“你如果能夠以侍奉宋朝之心侍奉我，我立刻就拜你為宰相！”文天祥卻仍然是表達了唯求一死的願望。
公元1283年1月9日，文天祥被押至北京柴市口刑場，從容就義。臨刑前，由於多年被囚禁，文天祥已經喪失了方向感，於是，他向圍觀的人詢問南方在哪裏，得到指示後，他向著南方深深跪拜，然後慷慨受刑。人們在他的囚室裏發現了一首題為《正氣歌》的詩：天地有正氣，雜然賦流形。下則為河嶽，上則為日星。
……
文天祥，這位狀元好男兒，以他鮮血淋漓的頭顱，為大宋朝畫上了一個最完美的驚歎號！
2008年初，當年崖山之戰的宋朝沉船在廣東南海被打撈出水，這些考古線索，就是文天祥在獄中寫的文章給我們提供的。據說，水下的沉船超過千艘，這些沉船和所載的文物，被考古學家稱為“水上兵馬俑”。這恐怕也是宋朝留給我們的最後印象了。