第三，根據蔣介石的旨意行事！不管什麼時候，蔣介石都認為共產黨才是最大的威脅，即便是國共合作期間，蔣介石也沒少提防共產黨。“西安事變”後，蔣介石雖然答應了抗日，共產黨也暫時取得了合法地位，但是蔣介石卻施了一計，把楊虎城和張學良囚禁起來，借機成立了一個“天水行營”，主任蔣鼎文。剛剛形成的三足鼎立的局麵，就這樣被蔣介石輕而易舉地化解了，可見蔣介石的深謀遠慮，既可以撤掉兩個不聽話的屬下，又可以跟共產黨針鋒相對。當然，畢竟國共合作已經成形，蔣介石不敢盲目翻臉，於是他轉換思路，由“清剿”改為封鎖。而此時，曾經的陝甘寧邊區主席張國燾竟然偷偷密會天水行營主任蔣鼎文，似乎想要借機謀求發展！張國燾就在那個時期，脫離了共產黨，叛變了革命。作為蔣介石的下屬，徐恩曾當然要替主子分憂解難，他深知，抗戰以前，共產黨的任何機密國民黨大都一清二楚，在中統檔案室，甚至還保存著共產黨曆屆會議的會議記錄。但抗戰後，中共中央從上海轉移到了延安，距離南京數千裏之遙，中統特務很難下手，唯一的辦法就是增派特務人員去陝甘寧邊區。於是他在抗戰後，依照蔣介石的思路，在陝甘寧邊區做起了特務工作。
不過真正的幕後黑手還是蔣介石，“九一八”事變之後，蔣介石曾經提出“攘外必先安內”的政策。也就是說，在他的統治道路上，最大的敵人是共產黨而不是日本人。於是蔣介石在顧維鈞就任國民政府外交部長時說：“攘外必先安內，統一方能禦侮，未有國不能統一而能取勝於外者。故今日對外，無論用軍事方式解決，或用外交方式解決，皆非先求國內統一不能為功。蓋主戰固須先求國內之統一，即主和亦非求國內之統一決不能言和。是以不能戰故不能言和，而不統一更不能言和與言戰也。吾國當此內憂外患之來，軍事與外交當局所恃者，唯有耿耿一片愛國之赤忱，竭其愚忠，盡其職責，至於成敗利鈍，非所逆睹；毀譽榮辱，更非所計。必須政府與國民信任之專，共同一致，為國後盾，不求急功於一時，而策成效於來茲。”（選自《蔣介石傳》）但是後來隨著“抗日統一戰線”的呼聲越來越高，他才慢慢放下“攘外必先安內”的政策，以另外一種形式繼續對抗共產黨。此時，中統局成立了“日偽情報科”，這個名字僅僅是一個幌子，中統局的主要對手還是共產黨。
“日偽情報科”成立後不久，國民黨的五屆五中全會竟然通過了一項方案，這個方案就是蔣介石蓄謀已久的《限製異黨活動辦法》。而此後，國民黨又陸陸續續通過了《異黨問題處置辦法》、《淪陷區防範共黨活動辦法》等一係列方案。得知蔣介石推出這一方案，毛澤東亦是震怒，他說：“此方案完全是針對共產黨的，這樣的做法不但不利於抗日，不利於團結，更是一種曆史的倒退！”但是蔣介石如此回應毛澤東：“共產黨在陝甘寧邊區搞割據，況且大戰在即，顯然共產黨的隊伍素質較低，目無軍紀，遊而不擊，不聽指揮，甚至開始向外擴張，壯大力量，企圖推翻國民黨！”蔣介石一本正經，臉不紅心不跳，淡定自若地表達著自己的想法。與此同時，為了響應蔣介石的“溶共、限共、防共、反共”的政策，徐恩曾也開始積極執行“消極抗日，積極反共”的政策。於是國民黨內掀起了全麵抗戰以來的第一次反共高潮。尤其在1939年的4月至1940年的3月份，逮捕殺害共產黨數千人。其中1939年4月，國民黨軍委別動總隊第五縱隊在山東殘殺、逮捕了八路軍200餘人；1939年6月，河北省民軍總指揮張蔭梧的部隊襲擊了河北深縣八路軍後方機關，殺死八路軍400餘人；1939年11月，河南確山新四軍留守處200餘名傷病員和家屬被國民黨特務殺害；同年12月，閻錫山也響應蔣介石的反共大旗，製造了著名的“晉西事變”，閻軍孫楚部暗結日偽軍，進攻決死隊第三縱隊，殺害共產黨領導的軍隊600餘人，綁架千人。同月，蔣介石命令胡宗南向陝甘寧邊區發動進攻，先後占領淳化、正寧、寧縣等五座縣城。1940年3月，國民黨第九十七軍朱懷冰部，進攻太行山區，襲擊八路軍總部。