二世又派遣使者到上郡陽周，宣詔賜蒙恬自殺：“你的弟弟蒙毅有大罪，已經誅殺，你也有罪當伏法。”蒙恬道：“我蒙氏祖上父子，三代忠信，有功於秦。臣下將兵三十餘萬，多年駐守北邊，眼下雖然被囚禁，但勢力仍在，足以舉兵生亂。之所以自知必死而信守大義，是不敢辱沒父祖之遺教，不敢忘懷先帝之恩遇。蒙氏宗族，世代忠貞而無二心，竟然招致如此結果，定然是出於奸臣逆亂，讒佞傾軋。”使者回答道：“臣下受詔令行法於將軍，不敢以將軍的話聞達於上。”蒙恬喟然長歎道：“我蒙恬也是罪有應得，西起臨洮東至遼東，築城萬餘裏，其間豈無截斷地脈、斷絕生命之根的事情？或許，這就是我蒙恬的罪過啊。”於是吞毒藥自殺。
秦的將帥計功升遷，官吏積勞累進，法治之下，吏治賞罰分明，井然有序。始皇帝統一天下以來，從未誅殺功臣，也不無端株連大臣，政權內部安穩。二世殺蒙氏，開無過誅殺大臣的先例。在鹹陽朝廷的百官中，不安的情緒開始滋生。
李斯和趙高施壓說服二世皇帝，鏟除了自己的政敵。然而，胡亥以幼子行陰謀殺長兄搶班即位，宗室大臣之間頗有疑問。特別是十幾位兄長的存在，使二世不得安寧，始終如芒在背。
胡亥將自己的不安心情說與趙高聽。趙高出謀劃策，一是越級提拔新人，製造感恩的新貴取代居功的老臣；二是無情地製造反罪冤獄，使人人自危，上上下下陷於表忠自救的恐懼中，自顧不及，無暇滋生謀亂的餘念。趙高不愧為權力鬥爭的高手，他的極權二術，不僅讓二世連連稱是，下令如是實行，而且千古流布，成為獨裁者實施專製極權之通用伎倆。
胡亥屠殺自己兄弟最殘忍的是在鹹陽將十二個兄弟處死。另一次在杜郵又將六個兄弟和十個姐妹碾死，刑場慘不忍睹。將閭等三人也是胡亥的兄弟，最終也被逼自盡。他們三個人比其他兄弟都沉穩，胡亥找不出什麼罪名陷害，就關在了宮內。等其他許多的兄弟被殺後，趙高派人逼他們自盡，將閭他們對來人說：“宮廷中的禮節，我們沒有任何過錯。朝廷規定的禮製，我們也沒有違背，聽命應對，我們更沒有一點過失，為什麼說我們不是國家忠臣，卻要我們自裁？”來人答道：“我不知道你們為什麼被定罪處死，我隻是奉命行事。”將閭三人相對而泣，最後引劍自刎。
在胡亥的眾兄弟當中，死得名聲好一點的是公子高。他眼看著兄弟姐妹們一個接一個被胡亥迫害致死，知道自己也難逃厄運。但逃走又會連累家人，於是下決心用自己的一死來保全家人的安全。他上書給胡亥，說願意在驪山為父親殉葬。胡亥很高興，又賜給他十萬錢。
二世即位以來，恐怖和迫害像瘟疫一樣擴散開來，群臣人人自危，百姓們驚恐不安。短短不到一年，山雨欲來的氣氛，已經彌漫整個秦帝國。大廈將傾，前兆顯明。
對其他的大臣，胡亥在趙高的唆使下，也大開殺戒。右丞相馮去疾和將軍馮劫為免遭羞辱而死，選擇了自盡。在殺死大臣的同時，趙高將自己的親信一個個安插進去，他的兄弟趙成做了中車府令，他的女婿做了都城鹹陽的縣令，都是要職，其他朝中的要職也遍布趙高的黨羽。胡亥隻知道自己享樂，對趙高的這些陰謀動作毫無防備，最終死在了趙高之手。
殺了許多朝中的大臣，趙高還不滿足，又尋找機會唆使胡亥對地方官吏也下毒手。在胡亥即位的第二年，即公元前209年年初，胡亥效法自己的父親秦始皇，也巡遊天下。在巡遊途中，趙高陰險地對胡亥說：“陛下這次巡遊天下，應該趁機樹立自己的威信，把那些不聽從的官吏誅殺，這樣您才能有至高無上的威信。”胡亥不問青紅皂白，就連連下令誅殺異己，結果弄得大臣們惶恐不安。趙高實際上把年輕無為的胡亥當成了擴張自己權勢的工具。
對於李斯這個原來的盟友，趙高也沒有放過，借胡亥之手除掉了這個對手。趙高設計使胡亥對李斯不滿，然後又找機會向胡亥誣陷了李斯三個罪名：一是李斯原來參與了擁立胡亥即位，但後來總抱怨自己不受重用，想和胡亥分土做王。二是李斯的兒子李由做三川郡守，而陳勝作亂經過三川郡時，李由卻不積極鎮壓，因為他和陳勝是鄰縣的同鄉。聽說李斯和陳勝他們也通過信。三是李斯作為丞相，權利過大，超過了皇帝，但還不滿足，似乎有異心。