為了使延安精神的研究和宣傳更加深人廣泛，1990年2月至5月，年近八旬的馬文瑞問誌發起並主持籌備中國延安精神研究會，他多次主持籌備會討論修改《成立中國延安精神研究會倡議書》，起草《中國延安精神研究會章程》。1990年5月18日，中國延安精神研究會在北京召開成立大會，馬文瑞同誌在會上作了《重振延安精神，發揚民族正氣》的講話，並當選會長（彭真同誌為名譽會長）。此後十多年間，中國延安精神研究會在他的領導下，團結凝聚了一大批在全黨很有威望和影響的老同誌及具有很高覺悟和研究能力的中青年領導幹部與專業理論工作者。他同大家一道，克服種種困難，排除種種幹擾，為研究、宣傳和弘揚延安精神，付出了艱苦的努力。召開各種研究會，撰寫研究論文，創辦《中華魂》雜誌，出版圖書，努力實施延安精神進課堂等等，各項工作都取得了很大成績。在中國延安精神研究會的帶動下，全國有五十多個省區和城市先後成立延安精神研究會，使黨的優良傳統和作風的發揚形成濃厚風氣。馬文瑞同誌帶頭研究、撰寫文稿。他的此類講話、文章約二十餘萬字，已編為《馬文瑞論延安精神》一書，由中央文獻出版社出版，在社會上和黨內產生了較大影響。收入《馬文瑞文選》的最後一篇文章，是1996年10月，他親自主持召開的中國延安精神研究會年會上的總結講話。他進一步提出，延安精神研究會，要為貫徹黨的十四屆六中全會決定，即加強精神文明建設的決議做出貢獻。提出：“一是加強馬克思主義的思想教育，強調江澤民同誌要求‘三講’是延安精神主要內容之一，糾正混亂的錯誤的思想，端正政治立場、政治方向，這是基本功。二是認真克服社會精神生活、社會風氣中的醜惡現象。”進一步明確研究會的宗旨和主要任務是：研究、宣傳、發揚延安精神，做好革命傳統教育，促進兩個文明建設協調發展。
堅持求真務實、勇於改革創新是馬文瑞同誌個性風範中的一大特色，從《文選》內容來看，每當麵臨革命和建設的重大轉折與緊要關頭，他總是勇往直前，站在最前列，很少條條框框。早在大革命時期和延安時期，他的這一品格就顯得格外突出。全國抗戰初期，王明提出“一切經過統一戰線，一切服從統一戰線”的右傾錯誤主張。時任隴東地委書記的馬文瑞同誌從實踐中意識到這個方針是右傾錯誤。就像當年意識到立三路線所主張的“飛行集會和城市暴動”的“左”傾錯誤一樣，便在工作中加以抵製。1939年，國民黨頑固派擴大同我磨擦，企圖把我政權由統戰區中擠出。假稱我後方留守處同意取消我黨政軍為一體的“民運會”組織。他堅決抵製，並電告黨中央、邊區黨委，建議拒絕。毛澤東等立即複電，支持了他的意見。以後不久，毛主席出麵糾正了那個危險的錯誤方針。這在《隴東地區的反磨擦鬥爭和黨政工作》等一類文稿中，有較為翔實的反映。