馬壩人的頭骨，根據吳汝康先生的研究，具有以下特征：馬壩人眉脊粗壯明顯突出，形成一條橫條，但向上與額骨鱗部相續，其間僅有淺溝相隔。馬壩人眉脊前緣的輪廓和爪哇猿人、中國猿人不同，比發現的尼安德特人的直，介於爪哇猿人和尼安德特人之間。馬壩人的眼眶約呈圓弧形，與尼安德特人相似，與爪哇猿人不同。馬壩人的鼻骨，與爪哇猿人和尼安德特人相似，比現代人寬闊。鼻額縫則和中國猿人、梭羅人、羅迪西亞人相似。頂骨在前囟處的厚度為7毫米，小於中國猿人和梭羅人，與尼安德特人相似。這些特征均說明馬壩人原始的特性，但同時又有些進步的特性，如顱骨骨壁較薄。因此，專家意見還是傾向於馬壩人屬於早期智人。馬壩人具有直立人向智人的過渡性特征。與馬壩人伴生的脊椎動物化石有鬣狗、大熊貓、貘、劍齒象等19種，因此，其地質年代為中更新世之末或晚更新世之初。
根據吳秀傑研究員與國外學者研究發現，馬壩人右側額骨表麵的痕跡呈半圓形，大小在30平方毫米，整個痕跡下凹1.5毫米。痕跡表麵粗糙，呈現出波紋狀隆起的細脊，在痕跡周邊有明顯的愈合現象。經過對比研究發現，這種形製的創傷痕跡，很有可能是受到一種鈍性物體打擊後所致。根據外傷痕跡的形態和部位，這種痕跡很可能是當時人類之間暴力行為的結果。這一研究對於我們認識當時的人類行為模式具有重要啟示。
馬壩人發現的意義和價值
馬壩人頭骨化石是在華南地區第一次發現的古代人類頭骨化石，擴大了以往發現古人類化石的範圍——以往我們發現的古人類化石主要集中在華北地區。中華人民共和國成立後，在南方地區也相繼發現一些古人類化石，但馬壩人化石的特征較這些化石早，馬壩人屬於早期智人化石，說明在中國華南地區也生活著早期智人，這為古人類在這一地區的發展演化提供了重要的資料。就史學價值而言，馬壩人作為早期智人的代表，介於北京人和丁村人、河套人之間，填補了中國人類發展過程中的一個重要環節，在中國人類化石的聯結上有重大意義。同時，馬壩人的發現擴大了中國舊石器時代早期智人的分布範圍，填補了華南地區人類進化係統上的空白，對華南地區古人類研究提供了重要證據，尤其是將廣東的曆史提早到了一個遠古時期。
馬壩人的價值還在於對中國古人類學、考古學及史前史學提供了明顯的線索，啟發考古學家和人類學家們將注意的重心由北而南，並從廣東、廣西逐漸向西南發展，找到越來越多、越來越早、越來越重要的古人類化石及其文化遺存，建立起有中國特色的考古和史學理論體係。中國學界自馬壩人化石發現以來，已取得多方麵的重大進展：一方麵，發現了數量甚多的古人類化石，幾乎人類演化過程的每個時期都已有了標準的化石代表，從而確定了中國作為人類起源與發展的重要地區的無可爭辯的地位；另一方麵，已經采用鈾係法、氨基酸法、古地磁法等多種先進的科學方法，對中國一係列古人類化石地點作了相對年代的測定，這樣就可以有更充實、更有說服力的證據，進一步研究人類的起源及發展。
馬壩人的頭骨，根據吳汝康先生的研究，具有以下特征：馬壩人眉脊粗壯明顯突出，形成一條橫條，但向上與額骨鱗部相續，其間僅有淺溝相隔。馬壩人眉脊前緣的輪廓和爪哇猿人、中國猿人不同，比發現的尼安德特人的直，介於爪哇猿人和尼安德特人之間。馬壩人的眼眶約呈圓弧形，與尼安德特人相似，與爪哇猿人不同。馬壩人的鼻骨，與爪哇猿人和尼安德特人相似，比現代人寬闊。鼻額縫則和中國猿人、梭羅人、羅迪西亞人相似。頂骨在前囟處的厚度為7毫米，小於中國猿人和梭羅人，與尼安德特人相似。這些特征均說明馬壩人原始的特性，但同時又有些進步的特性，如顱骨骨壁較薄。因此，專家意見還是傾向於馬壩人屬於早期智人。馬壩人具有直立人向智人的過渡性特征。與馬壩人伴生的脊椎動物化石有鬣狗、大熊貓、貘、劍齒象等19種，因此，其地質年代為中更新世之末或晚更新世之初。