葉飛監聽到這一情況後，趕緊命令追擊部隊活捉湯恩伯。可惜的是，追擊部隊光惦記追敵，不注意同後方的通訊聯絡，葉飛用報話機呼叫數次都叫不通，結果讓湯恩伯跑掉了。
廈門之後是金門。粟裕這時已經意識到，金門與廈門不同，需要渡海進行兩棲作戰，但在兩棲作戰方麵，解放軍還缺乏相關訓練和經驗，因此他對攻占金門持謹慎態度。
在收到解放金門的作戰計劃後，粟裕與葉飛約法三章，強調“三不打”——以金門守軍的現有兵力計算，隻要再增加1個團就不打；準備一次性載運6個團的船隻，船不夠不打；從蘇北或山東沿海挑選6000名有經驗的船工，船工不到不打。
廈門的速戰速決，讓前線指揮員不可避免地又一次產生了驕傲輕敵的思想。葉飛把主要精力放在了廈門的接管上，沒能像過去那樣親自對戰役進行分析和準備，具體部署完全交由第二十八軍執行。
第二十八軍的軍長和政委因病正在福州治療休養，相關事宜又隻能交由副軍長肖鋒負責。當有人對此提出疑問時，葉飛不以為然：“廈門有湯伯恩據守，尚被我攻克，金門島不過彈丸之地，又沒有什麼堅固工事，守軍名義上是一個兵團（李良榮兵團），實際上不過是2萬名殘兵敗將。”
葉飛斷言：“沒有必要再改變部署，我還是那句話，此役必勝！”
但是準備工作一啟動，很快就出現了許多困難。
國民黨軍從大陸沿海撤退時，對船隻進行了破壞和搶奪，所剩漁船寥寥無幾，這使肖鋒很難搜集到渡海船隻。直到10月24日，所集中船隻僅夠一次性載運3個團。
在實在無法籌措到足夠船隻的情況下，肖鋒做出了一個過於理想化的預想，即把部隊分為兩個梯隊，第一梯隊渡完3個團，再返回接第二梯隊的3個團。
第二十八軍原定於10月20日對金門發起總攻，為了搜集船隻，行動已整整推遲了4天，從蘇北或山東挑選船工的事也就無法落實，“三不打”再次被打折扣。
1949年10月24日中午，肖鋒電告葉飛，準備於當晚向金門發動進攻。
接到電報後，葉飛馬上召集兵團作戰處長、情報處長等相關幕僚開會，對金門之戰做最後定奪。
時間緊迫，船隻、船工似乎隻能這樣權宜從事了，葉飛關心的最後一個問題——胡璉兵團會不會登陸金門。
情報顯示胡璉兵團已乘船離開原駐地潮汕，去向不明。所謂的胡璉兵團當然也是重建部隊，但三野上下長期跟胡璉打交道，深知此人擅長練兵和作戰，如果他參與金門的防守，勝負就很難說了。
葉飛問參謀人員，胡璉兵團是否已到達金門，對方根據情報回答，胡璉兵團尚在海上徘徊，尚未到達金門。
就在葉飛猶疑不定之時，機要部門截獲並破譯了一份電報，就是這份電報決定了金門之戰的未來命運。
善之善者
電報是胡璉發給蔣介石的，他在電報中請求撤回台灣。
現在胡璉兵團的去向無非兩種可能，一是增援金門；一是撤回台灣。葉飛將電報與偵察情報聯係起來一分析，最可能出現的情況是，蔣介石命令胡璉增援金門，但胡璉不願意，打電報給蔣介石要求撤回台灣，所以現在還在海上徘徊。
反複考慮之後，葉飛批準第二十八軍準時出擊，以便趁胡璉尚未到達之際，搶先奪取金門。
10月24日黃昏，第二十八軍發起戰鬥。至10月25日淩晨2點，第一梯隊順利登陸，奪取了古寧頭灘頭陣地。
葉飛依據的還是渡江作戰時的經驗，認為“登陸就是勝利”，接到部隊登陸的報告後他放心了。