海關的隸屬關係不受行政區劃的限製是海關設置的一條重要原則，也是確立海關的垂直領導關係的一項重要法律原則。它表明海關的設立是根據海關對進出關境實施監督管理的需要決定的，不是按某一級的行政區劃逐個地設立，也就是將設不設海關與行政區劃分開，這是符合海關的性質和職能需要的。海關的隸屬關係是垂直的，自成係統，並不按屬地原則由所在的地區來領導。這有助於海關自身形成法定的隸屬關係，也有助於正確處理海關與所在地方的關係，可以有效避免在隸屬關係方麵的混亂。
海關依法獨立行使職權，向海關總署負責。海關執法具有獨立性，目的是不受幹擾地公正執法，海關必須依法辦事，履行職責，獨立地承擔責任。海關依法獨立行使職權，與依法建立的垂直領導體製，依法接受領導與監督的關係，依法服從海關總署的管理並不矛盾，並且為了保障海關執法的獨立性，在海關法中明確規定海關行使職權向海關總署負責，接受海關總署的領導，同時由海關總署監督和保障海關依法獨立行使職權。
國家在海關總署設立專門偵查走私犯罪的公安機構，配備專職緝私警察，負責對其管轄的走私犯罪案件的偵查、拘留、執行逮捕、預審。海關偵查走私犯罪公安機構履行偵查、拘留、執行逮捕、預審職責，應當按照《中華人民共和國刑事訴訟法》的規定辦理。海關偵查走私犯罪公安機構根據國家有關規定，可以設立分支機構。各分支機構辦理其管轄的走私犯罪案件，應當依法向有管轄權的人民檢察院移送起訴。地方各級公安機關應當配合海關偵查走私犯罪公安機構依法履行職責。各有關行政執法部門查獲的走私案件，應當給予行政處罰的，移送海關依法處理；涉嫌犯罪的，應當移送偵查海關走私犯罪的公安機構、地方公安機關依據案件管轄分工和法定程序辦理。
三、海關權力和海關的執法地域範圍
海關的權力是根據海關的基本職能，為維護國家的主權和國家利益的需要而確定的，這種權力的授予必須經過法律。為維護國家的主權和利益，國家應當授予海關必要的權力，但這種權力必須依法行使。
海關法規定了海關對進出關境實施監督管理的基本權力，就是有權檢查進出境運輸工具，有權查驗進出境貨物、物品，對其中有違法行為的，海關有權扣留，即賦予海關扣留權，這樣就保證海關在對進出境實施監督管理時，具有對違法的運輸工具、貨物、物品采取強製措施的權力。
海關有對進出境人員查閱證件的權力，以便證實進出境人員的身份，依法對與之有關的貨物、物品采取監管措施。對於違反海關法和其他有關法律、行政法規的嫌疑人，海關有對其進行查問的權力，並有調查其違法行為的權力，這就是海關對進出境的有違法行為的嫌疑人所具有的查問權、調查權。
海關的隸屬關係不受行政區劃的限製是海關設置的一條重要原則，也是確立海關的垂直領導關係的一項重要法律原則。它表明海關的設立是根據海關對進出關境實施監督管理的需要決定的，不是按某一級的行政區劃逐個地設立，也就是將設不設海關與行政區劃分開，這是符合海關的性質和職能需要的。海關的隸屬關係是垂直的，自成係統，並不按屬地原則由所在的地區來領導。這有助於海關自身形成法定的隸屬關係，也有助於正確處理海關與所在地方的關係，可以有效避免在隸屬關係方麵的混亂。
海關依法獨立行使職權，向海關總署負責。海關執法具有獨立性，目的是不受幹擾地公正執法，海關必須依法辦事，履行職責，獨立地承擔責任。海關依法獨立行使職權，與依法建立的垂直領導體製，依法接受領導與監督的關係，依法服從海關總署的管理並不矛盾，並且為了保障海關執法的獨立性，在海關法中明確規定海關行使職權向海關總署負責，接受海關總署的領導，同時由海關總署監督和保障海關依法獨立行使職權。
國家在海關總署設立專門偵查走私犯罪的公安機構，配備專職緝私警察，負責對其管轄的走私犯罪案件的偵查、拘留、執行逮捕、預審。海關偵查走私犯罪公安機構履行偵查、拘留、執行逮捕、預審職責，應當按照《中華人民共和國刑事訴訟法》的規定辦理。海關偵查走私犯罪公安機構根據國家有關規定，可以設立分支機構。各分支機構辦理其管轄的走私犯罪案件，應當依法向有管轄權的人民檢察院移送起訴。地方各級公安機關應當配合海關偵查走私犯罪公安機構依法履行職責。各有關行政執法部門查獲的走私案件，應當給予行政處罰的，移送海關依法處理；涉嫌犯罪的，應當移送偵查海關走私犯罪的公安機構、地方公安機關依據案件管轄分工和法定程序辦理。
三、海關權力和海關的執法地域範圍
海關的權力是根據海關的基本職能，為維護國家的主權和國家利益的需要而確定的，這種權力的授予必須經過法律。為維護國家的主權和利益，國家應當授予海關必要的權力，但這種權力必須依法行使。
海關法規定了海關對進出關境實施監督管理的基本權力，就是有權檢查進出境運輸工具，有權查驗進出境貨物、物品，對其中有違法行為的，海關有權扣留，即賦予海關扣留權，這樣就保證海關在對進出境實施監督管理時，具有對違法的運輸工具、貨物、物品采取強製措施的權力。
海關有對進出境人員查閱證件的權力，以便證實進出境人員的身份，依法對與之有關的貨物、物品采取監管措施。對於違反海關法和其他有關法律、行政法規的嫌疑人，海關有對其進行查問的權力，並有調查其違法行為的權力，這就是海關對進出境的有違法行為的嫌疑人所具有的查問權、調查權。
海關在對進出境實施監督管理時，有權查閱、複製與進出境運輸工具、貨物、物品有關資料的權力，無論是正常的監管進出境還是辦理案件，都有這種查閱、複製的權力，行使這種權力的限製是隻能查閱、複製有關的資料，而不應無限製地擴大範圍。對於與違法的進出境運輸工具、貨物、物品有牽連的資料，可以扣留，這是對違法者可以采取法定強製措施。