這時，最令曾國藩焦心的是兩江軍情困局極難解除。閏八月十二日，他反複考慮，馳折奏報唐訓方暫時署理安徽巡撫，仍應駐紮臨淮，接替統轄袁甲三一軍，使楚、皖官軍聯為一氣。然後沉痛附片奏陳：大江以南，疾疫盛行，寧國境內最甚，金陵、徽州、衢州次之，水師以及上海、蕪湖各軍皆厲疫繁興，死亡相繼。鮑超一軍，死者數千，其猛將如黃慶、吳華瀚等先後物故，鮑超、張運蘭、楊嶽斌皆染病甚重。皖南道姚體備、營務處甘晉，則一病不起。天降大戾，近世罕聞，噩耗頻來，心膽俱碎。若被賊匪撲犯，戰守毫無把握，甚至欲逃走以待再振而不可得。臣自度薄德菲材，不足以扼厄運而支危局，請旨簡派在京親信大臣馳赴江南，分重大責任，挽艱難之氣數，庶幾補救於萬一，臣斷不敢稍存推諉，致誤戎機。
但是，精明的慈禧太後很快發來上諭，百般勸勉鼓勵：朝廷信用楚軍，以曾國藩忠勇發於至誠，推心置腹，倚以挽救東南全局，自諸軍進逼，金陵逆匪老巢已成阱檻。惟以艱難時會，誠不易得，迭經寄諭，總以毋徒求效旦夕，惟當立足不敗之地，以俟可乘之機，且茲疾疫繁興，各軍將士疫病之餘，詎忍重加督責？該大臣惟宜愈矢忠誠，拊循如意，使軍心益固，戾氣潛除。各營疫病將士，其各傳旨，優加存問。本應明降諭旨慰勞，誠以事關軍務，或恐人心疑懼，奸宄從而生心，賊人轉益張其凶焰。我國家深任厚澤二百餘年，當此艱難時勢，又益以疾疫流行，將士摧折，深慮墮士氣而長寇氛。此無可如何之事，非該大臣一人之咎。意者朝廷政事，多所闕失，足以上幹天和。惟當齊心默禱，以祈全消戾氣。我君臣當痛自刻責，實力實心，勉圖禳救之方，為民請命，以冀天心轉移，事機就順。至於天災流行，必無遍及各營將士，既當其衝，賊中亦豈能獨無傳染？該大臣鬱憤之餘，未迫探詢。刻下在京，固無可簡派之人，環顧中外，才力氣量如曾國藩者，一時亦難其選。該大臣素嚐學問，時勢艱難，尤當任以毅力，矢以小心，仍不容一息稍懈也。
讀了這道上諭，曾國藩明白，自己如今被推到風口浪尖，精明的太後和恭親王說的是實話，不容許自己在這艱難的時候退步抽身，感激驚懼交織，幾乎下淚。
天京城裏的洪秀全見湘軍來到天京城下，城內太平軍力量有限，飛馬派人傳旨，令李秀成率大軍前來解圍。李秀成指揮大軍跟李鴻章在上海周圍三次激戰不能取勝，李世賢和左宗棠在浙江打得難分難解，迫於天王嚴令，不得不終止對上海的進攻，火急與李世賢、楊輔清等集結三十萬兵馬救援，於閏八月二十日趕到天京，在外麵修建堡壘兩百多座，包圍雨花台的吉字營。李秀成指揮各路兵馬日夜進攻，曾國荃指揮各營湘軍死戰堅守。太平軍無法越過湘軍又深又寬的壕溝，隻得用猛烈炮火摧毀湘軍的營壘，還開挖地道進攻湘軍的營盤。
寧國那邊，鮑超也在新河莊受挫，不得不退入寧國府城據守。
閏八月二十三日，李續宜起行回籍，唐訓方到任，卻一時難以指揮各軍。
曾國藩十分焦慮，隻得於閏八月二十七日馳折奏陳：皖北一帶楚軍單薄，不能分撥，李續宜所部將領五人，才能與職位相當，難相統馭。並陳明苗沛霖詭譎多端，不易言招撫，惟赦免其罪而不資其力，猶不失為中策。然後附片奏報：金陵、寧國兩處軍營被賊大股撲犯，將領士卒皆為病所苦，防守尚無把握。總由臣德薄位尊，莫挽厄運之故，憂惶無已。
再附片奏報：臣軍前調黑龍江馬隊二百餘員，隨同轉戰，屢有功績，因水土不宜，抱病者多，應資遣回旗，以資休息。
3.悍勇死守
曾國荃有鐵桶圍困安慶的經驗，湘軍將士以逸待勞，用強大的炮火轟擊太平軍，又晝夜構築新的堡壘死守。激戰中，曾國荃臉頰受傷，仍然騎馬巡視各處營盤，激勵湘軍死守。李臣典和蕭孚泗等人還帶病率湘軍乘隙出擊，一次次打退了太平軍的進攻。雙方死戰僵持，吉字營和貞字營的湘軍死傷數千人，但想到金陵城堆積如山的金銀財寶，一個個打紅了眼，仍然憑借深壕和堡壘頑強堅持。
李秀成率領的太平軍接連激戰死傷數萬，仍然不能攻破湘軍營壘。自從田家鎮失敗後，太平軍水師損失慘重，羅大綱、周國虞等人相繼戰死，航王唐正財的水師力量十分薄弱，沒有足夠的戰船掩護和運輸物資，攜帶的糧草炮彈消耗殆盡，也處於進退兩難的處境。
同治元年九月初一日，安徽藩司馬新貽奉旨暫統臨淮官軍。他雖然不能指揮各軍進剿，至少也能維持局麵，減輕了曾國藩對皖北的擔心。令曾國藩焦心的是，初六日，寧國縣城失守，鮑超麵臨強大的壓力，對金陵的國荃吉字營也造成不利影響。
九月十二日，曾國藩滿腹憂慮馳奏，彙報各路軍情折：雨花台營壘，賊軍以大股百道環攻，此金陵之可慮也；寧國之賊，欲由間道上犯江西，此寧國之可慮也；小丹陽之賊，由東壩拖過戰船，時圖出江，衝斷江中糧路，此水師之可慮也；河南撚匪竄擾鄂境，有取道皖北回援金陵之說，而皖北各城空虛，深恐逆賊闖入，此皖北之可慮也。現在調派各軍，移緩就急，力圖挽救。惟皖北地廣兵單，現調提督成大吉一軍，由三河尖馳赴英山、霍山，相機防剿。仍請飭下多隆阿迅速東還，駐守舒桐，兼顧皖、鄂兩省，大舉幸甚。
然後，附片奏報寧國失守，徽州、旌德兩城當其要衝。唐義訓守徽州，朱品隆守旌德，兩處兵力皆單薄，未知能堅守否。
最頭疼的還是軍餉，又附片奏報：江西省厘務，數月以來，解送數量寥寥，藩司李醒總辦糧台，兼管厘局，經營不善，已添派甘肅臬司劉於潯訪察商情，署理鹽道孫長紱專司月報，整頓積弊。臣統軍過多，欠餉太久，徒受江右攬利之名，究無濟蘇皖饑軍之實，不能不力圖補救之法。