真是禍不單行，夏秋之間暑雨失時，瘟疫大作，各路軍營大多染病，長江南岸的軍營更嚴重，死亡甚多，左宗棠的浙江大營輕一點，雨花台大營也未能幸免。剛開始幾天，就死了幾百人。營房裏，隻要有一個人得病，早上看上去還好好的，到晚上人就死了。曾國荃驚惶不安，派人到安慶、武昌各地去購買藥材，但藥材還沒有買回來，又死了幾百人。他仍然咬緊牙關不肯撤退，嚴令湘軍加深壕溝，加固堡壘。
曾國藩驚惶不安，比強蠻的九弟想得更深遠：長毛盤踞金陵以來，朝廷先後兩次設立江南、江北大營，七八萬綠營精銳長期圍困，卻落得最終潰敗，向榮、和春與張國梁慘死，陸建瀛、怡良、何桂清前三任兩江總督都沒有好下場。九弟剛到金陵城下就爆發瘟疫，似乎是天降警示，如果李秀成率大軍從外麵包圍，城內的太平軍從裏麵殺出，就危險萬分了。
七月十九日，左宗棠在油埠擊退太平軍。這時，袁甲三告病卸任，奉旨授李續宜為欽差大臣，督辦安徽軍務。曾國藩得知，急得寢食難安。
七月二十一日，曾國藩具折代李續宜奏陳請假回籍治喪，仍請仿胡林翼之例。袁甲三、李續宜駐紮之處，路近而較速；臣奏報往返，取道湖北、河南，道路梗阻而較遲。茲開呈前三次拜發折片，以備查核有無疏失之處，並陳明各路軍營疾病較多，未能進剿情形。
李續宜奏報丁憂的奏疏還沒進京，便接到了督師的諭旨，但李續宜已經病了一個多月。這時奉到上諭：“該撫現丁母憂，著即在軍營穿孝，改為署理巡撫，毋庸賞假回籍。”還收到另一份上諭：“欽差大臣科爾沁親王僧格林沁著統轄山東、河南軍務，並調度直隸、山西兩省防兵。所有剿匪事宜，即著會商欽差大臣李續宜妥為籌辦。”接著又送來上諭：“勝保著以欽差大臣，督辦陝西軍務。”於是，多隆阿一軍，有旨令曾國藩酌量調度到江北裏下河一帶，鎮江的馮子材一軍，則令曾國藩統籌兼顧。
李續宜得病加上母喪，這一路難以得力，令曾國藩心情沉重，卻也無計可施。略感欣慰的是，李鴻章攻克了青浦縣城，接著又分兵與洋槍隊會合，乘輪船渡海進入浙江境內，收複了餘杭縣。還有，蔣益澧統領五千湘勇從長沙啟程，取道江西趕赴浙江。
2.疫病流傳
同治元年八月初三日，李續宜來到安慶，向曾國藩報告說：苗沛霖已退出壽州城到正陽關，他派蔣凝學引軍進入壽州城把守，派蕭慶衍防守霍邱縣，成大吉、毛有銘兩軍分別防守三河尖及固始縣，命總兵王載道留守六安州城，自己帶病來到安慶，極力請求回籍治喪。曾國藩是個理學家，見他安排妥帖，隻得答應。恰撚軍進犯潁州，被各路軍馬擊退。
八月十二日，曾國藩馳奏迭奉諭旨分條複陳折，折中奏稱：多隆阿一軍，由援秦之局中變回鄂，當駐紮當陽一帶，控鄂、豫、秦三省交彙之處，作為遊擊之師。江南裏下河之防，請責成都興阿嚴密防堵。現商令楊嶽斌親赴下遊，察看布置，又擬趕造太湖水師戰船，防剿蘇、鬆，騰出黃翼升水軍，專防淮揚，以符原議。李世忠一軍有眾五六萬人，據有城池，自為風氣，擅淮鹽厘金之厚利，勢難繩以法律。且其擊退賊軍，功未可沒，擬姑循其舊，不設機心，不禁遏其利，不拒絕其求，但不甚資其力，亦不輕調其兵，暗銷其予智自雄之心，將來或不至於決裂。李鴻章不能離滬移駐鎮江，應責成馮子材耐苦堅守，不作出剿之計。
然後，附片奏稱：曾國荃、鮑超、左宗棠各營，皆因患病者多，未能攻剿。李續宜患病未愈，繼以母喪哀毀，肌肉全瘦，若不令離營回籍，恐難速痊。是以該撫自奏陳情，未便勸阻。再奏籌辦廣德州受降事宜折：洪容海降眾數萬，但令選留一萬多人，編立五營，其餘皆發資遣送回籍，請給洪容海遊擊虛銜，其部下頭目等，請分別給予頂戴安撫。
得知河南也派人招募湘勇，忙附片奏陳：豫省派員招募湘勇一節，請停止，以節省軍費。
軍餉是最頭疼的大事，再專片請旨飭江西循照前案，每月撥解漕折銀四萬兩，協濟安徽、寧國軍餉之需。
李續宜的陳情奏疏呈送後，奉旨賞假百日回籍，俟假期滿仍回營督師，以唐訓方署理安徽巡撫，袁甲三仍然留下督防臨淮。這時，在廣德州投降的太平軍發生叛亂，洪容海不能彈壓，不願被裹挾背叛朝廷，遂率鐵杆部下一萬多人投奔鮑超。這時鮑超的軍營疫病減員十分嚴重，突然有洪容海一萬多人投靠，軍勢很快振作恢複。
各路軍營病情危急，曾國藩絞盡腦汁無計可施，隻得於二十九日馳奏：廣德降卒複叛，賊之大股，將並竄皖南，而鮑超、張運蘭、朱品隆等軍疾病大作，張運桂已病故，左宗棠軍病者過半，曾國荃金陵營中染病者亦逾萬數，深恐羸卒不足以當強寇，皆由臣以菲材竊據高位，上幹鬼神之譴，莫救厄運之災，中夜以思，不勝焦灼。
這時，李鴻章在上海七寶街大破李秀成的太平軍，洋槍隊攻克了慈溪縣；左宗棠在浙江龍遊縣與李世賢太平軍激戰，大獲全勝。但全局軍務，仍然陷於困局。
同治元年閏八月初四日，曾國藩厘定了江西厘金局章程。見厘金數量漸漸減少，給各厘卡委員發出公文，以厘金數量增減為委員能力優劣等級，讓他們設法多收厘金供應軍餉。
忠心局稟報，桐城儒士方東樹、戴均衡、蘇厚字等六人死於戰亂，都沒有安葬，曾國藩派人予以安葬，並立碑紀念，以表彰正風。