九月初九日，曾國藩帶領趙烈文等巡視貢院工程，見一共修建了兩萬間考棚，完全足夠江南學子前來鄉試用的。曾國藩稱讚黃潤昌辦事得力，提出了一些改進意見。回去的路上，隻見從安徽、江蘇趕來的應考士子絡繹不絕，那些新開的旅店夥計招徠客人高聲吆喝，過往行人稱讚曾大人順應民心，他聽了更感欣慰。
初十日，糧台、銀錢所等機構全部從安慶遷到了金陵，兩江總督衙門正式在金陵水西門辦公，核定安徽全省丁漕征收章程。
這是件大事，江寧府和方圓州縣官員，以及吉字營營官將領都趕來祝賀。曾國藩一向不喜歡置辦酒席，為了安撫那些裁撤回家的將領，還是吩咐辦了二十桌酒席。上午，文武官員濟濟一堂，氣氛很是熱烈。
還未入席，突然親兵進來稟報：“大人，折差送來了上諭。”
曾國藩忙率眾人北向跪下。折差大步走進來，曾國藩伸手接過聖旨，待折差走出，展開一看，就明白是對自己代奏的批示，平靜地朗聲宣讀：“曾國荃督兵數載，克複江寧省城，偉績豐功，朝廷甚資倚畀。第櫛風沐雨，辛苦備嚐，致病勢日見增劇。若不俯加所請，不足以體恤。已明降諭旨，準曾國荃開缺回籍，並發去人參六兩，以資調治。該撫其安心靜攝，善自保衛，一俟病就痊愈，即行來京陛見，以備倚任。所有江寧善後事宜，即著曾國藩馳往江寧，斟酌機宜，妥籌辦理。”
隨同而來的還有一道上諭：“浙江巡撫，著馬新貽補授。英翰著補授安徽布政使。安徽按察使，著何顥補授。”
曾國藩將上諭放在案桌上，回頭看看僵在地上不動的九弟，輕聲說：“九弟，謝恩吧！”
曾國荃猛地站起來，直指案桌上的上諭，流淚咆哮說：“我謝什麼恩？六兩人參就把我開缺回籍養病，就是朝廷給我這偉績豐功的功臣的恩典嗎？每次我上戰場，親兵背著人參跟在我後麵，誰受了重傷，就抓一根塞進嘴巴裏，打一場仗要用十幾斤。六兩人參讓我調治，能調治什麼？這分明是兔死狗烹，卸磨殺驢的行徑！”
“九弟，你不要說了！”曾國藩連忙阻止。他沒征求九弟意見代奏，鬧出這個結果，使之難堪得無地自容。但這正好表明朝廷已經迫不及待了，印證了自己代九弟奏請開缺的正確。這些話不能當眾說出，目光在眾人臉上移動。
彭毓橘正想慫恿吉字營將領們大鬧一通，見大表哥曾國藩三角眼裏閃出寒光掃射過來，趕緊低下頭。大廳裏麵的吉字營將領眼見九帥如此，個個敢怒不敢言。還是趙烈文鎮定，上前委婉地勸說：“九帥，雨露雷霆都是君恩，卑職請你三思，萬勿讓中堂大人為難！”
“惠甫啊！”曾國荃用力擦了一把眼淚，緊緊拉著趙烈文的手，“攻打金陵的那些日子裏，你一直在我身邊，隻有你最清楚，我曾國荃整整三天三夜沒有合眼，隻差沒有把性命搭進去了，我好苦哇！”
趙烈文不緊不慢地說：“九帥殫精竭慮廢寢忘食，卑職至今感動。恕卑職大膽，成千上萬將士捐軀，才成就了九帥與諸位的勳名功業。朝廷賜九帥一等伯爵，又開恩讓你回籍調治，俟病體痊愈，即行進京陛見，如此恩榮，天下能有幾人？望九帥細思！”
曾國荃點點頭，看看眾人，走到大哥麵前，強自鎮定說：“大哥，恕小弟一時失態。我明白過來了，過幾天就離開金陵！”
“老九，你能明白就好！”曾國藩緊緊握住九弟顫抖的雙手，心裏慶幸九弟非凡庸之輩。良久，又招呼眾人：“諸位，我今天略備薄酒，請大家入席吧。”
那些湘軍將領心裏湧起兔死狐悲之感，一個個黯然入座。曾國藩率先舉杯，曾國荃接過來喝了，也向手下舉杯，眾人紛紛舉杯回敬，卻少了昔日的歡聲笑語，氣氛沉悶壓抑。
3.國荃回鄉
曾國荃當場哭鬧，這是讓曾國藩從來沒有過的狼狽和難堪。見九弟又很快平靜下來，曾國藩長長地舒了一口氣。
同治三年九月十一日，曾國藩馳折奏報，江南貢院修建竣工，已通飭各屬，出示曉諭，定於十一月舉行鄉試。兩江人士，聞風鼓舞，流亡旋歸，商賈雲集，請旨簡仿考官。然後附片奏報，劄飭江西藩司趕辦江南朱墨考卷各一萬八千套，定期解赴金陵。要辦的事情很多，再附片奏報，劄調藩司萬啟琛回駐江寧，運司忠廉由泰州移駐揚州。
就在這時，湖北境內太平軍會合撚軍共十萬之多，大舉圍攻英山縣城。蔣凝學率軍堅守，撚軍退走，其中一股直趨太湖。劉連捷等軍趕到太湖，他們又退回湖北蘄水、羅田境內。曾國藩劄調朱南桂、朱洪章兩軍駐紮在宿鬆，劉連捷一軍駐防安慶。
九月二十日，曾國荃奉旨前往明孝陵祭奠。想當初，自己將大營移駐孝陵衛，隻顧與太平軍拚死血戰，什麼都不顧忌。如今回過來一看，昔日宏偉的明孝陵建築被炮火損毀殆盡，心裏不覺生出從未有過的罪孽感。現在開缺回籍，何時才能恢複孝陵的輝煌呢？
戰事還在持續。江西、浙江的官軍會合進剿，逃到廣信境內的殘餘太平軍潰敗，洪仁玕帶著洪天福貴逃到石城。席寶田率軍追剿，殘軍爭相逃命，二十五日，洪天貴福被俘押送到南昌。沈葆楨喜出望外，奏請朝廷檻送京師。朝廷知道曾國藩裁撤湘軍，也不願讓他太難堪，傳旨將洪天貴福在南昌淩遲處死。看到邸報，曾國藩兄弟倆心裏酸溜溜的：這是天意？