尊者出生在尼泊爾和西藏交界的芒域（今天的西藏吉隆附近）。在他出生前，他的父親從商有道，家境富裕。密勒日巴尊者的父親得到尊者出生的喜訊時，脫口而出道：“這真是個好消息！”所以尊者的小名又叫“聞喜”。
尊者出生後不久，他的父親就過世了，留下密勒日巴和他的寡母與妹妹。他們豐厚的家產被親戚覬覦，親戚們謀奪了他們的家產，而村裏人對此袖手旁觀。整個童年，尊者和他的母親、妹妹都過著衣不蔽體、任人奴役的悲慘生活。
後來，尊者的母親受不了這種虐待，偷偷將僅剩的一塊綠鬆石（這塊綠鬆石當年藏在頭發裏才被保留下來）交給尊者，讓他出去跟咒師學法，回來報複這群心腸歹毒的人。
尊者跟隨咒師學成法術之後，回村降下冰雹雷電，懲罰了黑心的親戚和無情的村人，但也犯下了殺人重罪。尊者報仇之後並無絲毫喜悅之感，心中反而升起了無窮的悔恨。
這時他聽聞了馬爾巴大師的名字，和噶舉派的祖師爺那洛巴一樣，僅僅是聽聞了這個名字，尊者心中就升起了無窮的信心。他立誓要找到這個人，跟他學習正法，彌補以往的過錯。
當他不辭辛苦地尋訪到馬爾巴大師，大師為了考驗他，更為消除他的罪孽，命他建造佛塔，每當塔要建好，馬爾巴就設法將塔毀掉，命令密勒日巴再建。如是過了六年多，其間還有不計其數的其他考驗，種種行徑跟帝洛巴當年如出一轍。嚴苛到密勒日巴的師娘——馬爾巴大師的佛母（空行母）達媚瑪都看不下去了，一再勸馬爾巴大師：你何苦這樣為難這個孩子？
馬爾巴大師在確定密勒日巴道心堅定，業障已經消除得差不多的時候，終於傳他正法。此後，密勒日巴尊者就按照上師的指示，在山洞裏閉關，精進修行，直至證悟。他終身不聚財物，舍棄世俗一切名聞利養，包括信眾的追隨和供養。他浪跡在山林野地以及種種荒無人煙的地方苦修，隻對偶爾有緣遇見的人，開示傳授純淨如甘露的教法。
在一次對信眾的開示中，密勒日巴尊者這樣唱道：
帝洛巴與那洛巴座前受大苦行的非凡人士，通曉兩種語言的翻譯家，那就是我的如父上師，大譯師馬爾巴……
我是上師慈悲心守護的密勒日巴，母親名叫白裝嚴女——楊薩卡裝
父親名叫密勒智慧幢——密勒饒加倉，我的本名原叫“聞喜”
由於因果種種不爽，往昔的業力
讓我們母子沒有什麼福氣
父親很早就撒手人寰
我們所有的如幻財富和田產
都被伯父和姑母奪取
我和母親成為他們的仆役
吃的像狗食，以破舊的鬥篷為衣
還被趕出家門，忍受風雨冰雹的侵襲
伯父常對我們拳打腳踢
姑母的態度陰晴不定
我們母子活得像卑下的奴隸
噩運還一件接著一件降臨
痛苦和絕望真是難忘至極
因此我做出了決定
去找“雲通”喇嘛和容通拉嘎
學習咒術、降雹、武術三種誅法
施展咒術，讓災難降臨在姑母、伯父和鄉民們頭上
事後我心中悔恨交加
聽說臨近南河的普那
住著一位受到那洛巴和梅紀巴加持的聖者
就這樣，我從遠方聽到了譯師馬爾巴的大名
我不辭辛苦長途跋涉，終於來到了上師的麵前
此後六年又八個月的時間
我待在大恩父師身邊
上師為了淨化我的罪障
命我建造了一座九層高的塔樓
然後他以悲心攝受了我
為我直指甚深的實相
也就是最究竟的見地：大手印
他教導我那洛六法方便道
傳授我成熟道的四灌頂
神聖那洛巴的儀軌修法，深可信賴的教訣