經國務院批準全國首批8個省市的農村信用社，按照“明晰產權關係、強化約束機製、增強服務功能、國家適當支持、地方政府負責”的總體要求率先開展改革試點工作。這次改革的主導思想是：
將農村信用社管理交由省級政府負責。省級人民政府按照政企分開的原則，對信用社依法管理，不幹預信用社的具體業務和經營活動，不把對信用社管理權下放給地（市）和縣、鄉政府。在這種新的框架下，地方政府與農村信用社之間的關係該如何處理和把握，如何構建縣級政府與農信社的新型關係是當前麵臨的新課題。
（一）政府方麵。
1.進一步提高對農村信用社重要性的認識，正確處理好金融發展與地方經濟發展的關係，實行信用環境建設地方政府負責製，將社會信用秩序和環境的整治和建設工作納入地方政府任期責任目標進行考核管理，在繼續推進信用村鎮建設，為農村信用社的穩健發展創造良好的外部環境，加強規範地方企業的改製’堅決製止借改製之名逃廢金融債務的不正當行為，保護農信社在改製中依法清收債權的行為。同時，由政府牽頭盡快組建多層次的中小企業信用擔保體係，切實解決縣域中小企業貸款擔保難的問題。
2.切實落實好地方政府行業管理職能，發揮好政策導向作用。地方政府在信用社行業管理上要做到到位不越位、參與不幹預、放手不插手、支持不把持、維權不侵權，要把工作重點放在向農信社推介引薦支農項目，引導農信社發展方向，支持農信社金融創新，增強服務功能，提供必要的政策支持，幫助農信社解決實際困難與問題，提升農信社對政府的信心，逐步實現政府目標與信用社目標的統一。
3.加大政策扶持力度，製定優惠的稅收和財政政策，幫助信用社解決曆史遺留問題，對曆史上造成的不良資產進行適當財政補償，優化信用社資產結構，以增強其抵禦風險的能力。
4.做好資金支持工作。方麵要支持農信社增資擴股工作，幫助農信社擴充資本金，增強資金實力，為人民銀行發行專項票據支持創造條件；另一方麵要兌現承諾，落實好地方配套資金，支持‘和做好農信社的不良資產置換工作；第三方麵是要引導和督促地方支農資金回流和存人農信社，以增強農信社支農資金實力。
（二）信用社方麵。
l.積極穩妥地推進農村信用社產權製度改革。農村信用社改革應是目標一致、模式和路徑多樣。
隻要農民的融資需求能夠得到滿足，農村信用社或組建獨立的股份製商業銀行，或股份製合作銀行，或作為農業發展銀行的基層機構，或在維持現狀的基礎上加強管理、改善經營，都是可允許的選擇。無論采取何種產權形式，都必須在法人治理結構、股權分配、運行機製的基礎上進行規範改造，把農村信用社真正辦成由農民、農村工商戶和各類經濟組織入股，為農民和地方農業、農村經濟發展服務，實行自主經營、自我發展、自我約束、自擔風險的地方性金融機構。無論采取何種產權製度和組織形式，農村信用社都要堅持服務“三農”的經營宗旨，從支持地方經濟發展的實際需要出發，進一步增強和完善農村信用社的服務功能。