他也不以為意，這些年越發得厲害，開始對朝廷奉為金科玉律的儒家經典進行抨擊，認為儒家經典的六經，如《論語》、《孟子》並不都是聖人之言，是經過後人吹捧拔高形成的，不能當做萬年不變的真理。
他反對歧視婦女，當有人說：“婦女見短，不堪學道”的時候，他駁斥說，人們的見識是由人們所處的環境決定的，並不是先天帶來的。他指出：“夫婦人不出閫域，而男子則桑弧蓬矢以射四方，見有長短，不待言也。……故謂人有男女則可，謂見有男女豈可乎？謂見有長短則可，謂男子之見盡長，女人之見盡短，又豈可乎？”（他主張婚姻自由，熱情歌頌卓文君和司馬相如戀愛的故事。
反對理學空談，提倡功利主義。不合時宜的說了些道學家的醜惡麵目，指出他們都是偽君子，“名為山人，而心同商賈，口談道德，而誌在穿窬”，仁義道德不過是掩蓋他們卑鄙齷齪的假麵具，“本為富貴，而外矯詞以為不願，實欲托此以為榮身之梯，又兼采道德仁義之事以自蓋”（同前）。他不同意道學家宣傳的“正其義不謀其利，明其道不計其功”的說法，認為人類的任何舉動都有其謀利和計功的目的。董仲舒“正其義”、“明其道”的宣傳，也是以功利為目的的。
從功利的觀點出發，李贄主張富國強兵。他批評理學家“高談性命，清論玄微，把天下百姓痛癢置之不聞，反以說及理財為濁”的行為。他指出：“不言理財者，決不能平治天下”。針對儒家把文武分途，儒者不懂武事的現象，他強調武事重要，認為“知兵之將，民之司命，國家安危之主”。他提倡耕戰，認為“務農講武，不可偏廢”，說“蓋有所生，則必有以養此生者，食也。
有此身，則必有以衛此身者，兵也”、。針對正統理學家的“存天理滅人yu”的命題，他提出“穿衣吃飯，即是人倫物理”的主張，認為“理”，就在百姓的日常生活當中，可謂是大膽至極，若說這些到也罷了，聖人是死人，教科書已經延續了千年，不會因為他一人的言語而發生動搖，況且他不過是一介布衣而已，說話的分量自是有限，縱然他認為“至道無為”才是最佳的治國良藥，認為人類社會之所以常常發生動亂，是統治者對社會生活幹涉的結果。他理想的“至人之治”則是“因乎人者也”，順乎自然，順乎世俗民情，即“因其政不易其俗，順其性不拂其能”，對人類的社會生活不幹涉或少幹涉，可一來人言輕微，二來旁人早已將他當做了瘋子看，雖說了多年不合時宜的話兒。
倒也沒怎麼樣，久而久之，膽子也大了些，碰到楊崢後，見這位朝廷二品官兒，年紀雖輕，見識卻不凡，好多的見解，甚至比自己還要大膽，他認為“盡天地之間，無不是氣，即無不是理也”，以為“氣”是物質實體，而“理”則為客觀規律。又以“絪蘊生化”來說明“氣”變化日新的辯證性質，認為“陰陽各成其象，則相為對，剛柔、寒溫、生殺，必相反而相為仇”。強調“天下惟器而已矣”，“無其器則無其道”。由“道器”關係建立其曆史進化論，反對保守退化思想。又認為“習成而性與成”，人性隨環境習俗而變化，所以“未成可成，已成可革”，而教育要“養其習於蒙童”。
在知行關係上，強調行是知的基礎，反對陸王“以知為行”及禪學家“知有是事便休”觀點，在為官上反對豪強大地主，認為“大賈富民”是“國之司命”，農工商業都能生產財富。可謂是一陣見血的說出了他想說的話兒，不經如此，他提出的“行己有恥”，即是要用羞惡廉恥之心來約束自己的言行，把“自子臣弟友以至出入往來、辭受取與”等處世待人之道都看成是屬於“行己有恥”的範圍。
有鑒於眼下誕生的些學人和士大夫寡廉鮮恥、趨炎附勢而喪失民族氣節，他把“博學於文”與“行己有恥”結合起來，強調二者的關係。他說：“士而不先言恥，則為無本之人；非好古而多聞，則為空虛之學。以無本之人而講空虛之學，吾見其日是從事於聖人而去之彌遠也。”因此，他認為隻有懂得羞惡廉恥而注重實學的人，才真正符合“聖人之道”。否則，就遠離了“聖人之道”。所以，“博學於文”、“行己有恥”，可比自己的要明確了許多，正是如此，才讓他有了知己的感覺。