蚩尤也無意去做改變，反而集族中無數修煉仙術道法之輩於一起，開始改良巫族神通，使族人各個都有能習煉。九黎部落遂實力大增，又有巫族暗中挑鬥，爭強好勝。不過數十年實力之強大，比原來勝過數十倍。周圍部落投奔者極多，加之暗中吞並，人口不比炎帝神農差，如此人族三分而立。炎帝為共主，號令天下，軒轅蚩尤左右輔助，已有大興之勢。
眾大巫到來九黎部落後，時常鼓動蚩尤舉兵伐征，蚩尤不為所動。神農在人族威望之高，不可思議，待其功德圓滿，時機一到，便可證得聖皇之位。此時舉兵，不占大義，還要耐心等待。眾巫皆被他說服，隻好暗中積蓄實力，等待蚩尤所說的時機。
隨著巫族眾人都已來到，巫族眾人都已來到，便開始整頓部落中的士卒，蚩尤在
廬山發現了銅礦，便讓族民造立兵杖刀戟大弩，又首創法規，實施刑事法，以肅綱紀，士卒的戰鬥力卻來越高。
蚩尤等士卒都練成之後便開始用兵，將周圍的幾個部落給滅掉了，一時九黎部落周圍的部落大為恐懼。這些部落要麼搬遷道北方去了，要麼融入了九黎部落，最終九黎部分成八十一個部落，蚩尤將眾巫人全部散到八十一個部落之中，讓他們去管理這八十一個部落，再經過數十年的發展，九黎部落中有巫族血脈的人越來越多，九黎部落也越來越強。成為人族三大聯盟之一，已經具備了爭奪天下的資格。
這天那神農閉關之所，突然有大功德降下，族人皆向此地聚來，隻聽帳中傳來神農大笑之聲，正是那《百草經》經神農數十年嘔心瀝血完善。
神農出得大帳，招來眾臣詢問人族之事，才知九黎肆意擴張之事，坐在上方的神農不由得眉頭緊皺。
片刻，神農又詢問洪荒人族之中有何大賢，便有手下大臣知其意圖，便進言，有熊軒轅乃賢良之主，神農聽後便命人招軒轅來陳都。
聽到人族共主相招，軒轅不敢怠慢即刻動身前往陳都，當神農見到軒轅之時，看著麵前英武的少年，神農知道人族要完成實質一統之事還要有這軒轅來完成。
隨即便像當初伏羲考教自己一樣考教軒轅諸多人族生息問題，軒轅也沒有讓神農失望，對答如流。當年他朝拜神農，曾被神農留於有陳學習數年。如今對管理人族更加得心應手，神農極為滿意，便把軒轅留在身邊，並把許多事都交給軒轅處理，以積蓄他的聲望。
這天神農在大帳之中與軒轅交流處理政事心得，有侍衛來報，來了一位仙師求見人族共主，神農連忙帶軒轅出迎。
沒想到竟然是玄都大法師，當年神農誤中蛇毒便是由玄都相救。後伏羲證道，玄都前來宣旨，已經知曉玄都身份。
“神農見過仙長，不知仙長今日前來，可是有事？”
玄都大法師對神農拱手作揖後說道：“見過人主，貧道奉老師之命前來告知人主，人主功德圓滿，傳位與他人後，功成身退，前去火雲洞靜修。”
神農聞言大喜，連忙讓人準備傳位之事。三日後神農向當初伏羲一樣祭拜天地、人族聖母、人教教主，在洪荒人族見證之下，將人主之位讓給了軒轅。
就在神農將人主之位傳於軒轅之時，天上降下霞光照在神農身上，片刻霞光散去，此時神農已證地皇之位。
這時天空中天皇伏羲乘坐五匹龍馬所拉的車降下，人族見之，跪拜見於地，齊聲大呼：“伏羲聖壽無疆！”
伏羲與人族說一句免禮之後，對神農說：“恭喜皇弟今日證得地皇之位，從此無量量逍遙。”
神農上前與伏羲見禮後，笑道：“勞皇兄前來接引！”說完後，與伏羲一同上了龍車之後，飛去火雲洞。