後來，朱棣深深地為冤殺周新自責，他曾問身邊的侍臣道：“周新是哪裏人啊?”
內侍回答說：“南海人。”
朱棣歎息道：“嶺外竟有這樣的人，枉殺他了啊!”
後來朱棣對姚廣孝聲稱他夢中見到周新穿著紅衣服站在太陽下，說：“臣周新已經成了神，專為陛下懲治奸貪之吏”。
一日早朝，永樂皇帝端坐於寶座之上。大臣朝拜之後，姚廣孝出班奏道：“啟奏萬歲，奸惡紀剛，作惡多端，造罪天下，陛下聖明，順從民意，將紀剛正法以謝天下，萬眾頌揚。臣以為，周新乃一代良吏，難得的直臣，對陛下忠心耿耿，不幸遭紀剛誣陷而死，如今一切大白於天下，周新的沉冤也該昭雪，以顯皇上的聖明!”
永樂皇帝當時本是一時之怒，殺了周新，事後也覺心中不安，經姚廣孝這麼一奏本，永樂皇帝也便找到了一個台階，於是說道：“少師所言極是，朕準奏!”
群臣一齊說道：“皇上聖明，吾皇萬歲萬歲萬萬歲!”
永樂皇帝又說道：“眾卿家聽旨，周新，為官忠誠清廉，一代直臣。今紀剛伏誅，周新沉冤當雪，著禮部以禮厚葬，善待其遺孤，並立廟塑像，封忠正剛烈侯，四時享祭香火!”
群臣一齊說道：“吾皇聖明，吾皇萬歲萬歲萬萬歲!”
一個月後，一座“忠正剛烈祠”建成了。“忠正剛烈祠”為一個四合小院，正前是一個門樓，門樓上是永樂皇帝親書“忠正剛烈祠”五字，正後為五間大殿，大殿紅牆黃瓦，歇山重簷，雕梁畫棟，大殿內供奉著周新的畫像，畫像為周新坐於公案後太師椅上，後有堂畫，水波之上，紅日磅礴而出，畫旁有對聯，上聯是：“持心如水清廉官”，下聯是“執法如山剛烈臣”，橫批是“正大光明”，周新身著四品官服，神情威武剛毅，栩栩如生，如同平時判案一樣，兩邊廊房之內陳列著各部官員題寫的詩文。庭院內植兩行鬆樹，東西各樹碑一塊，東邊為“敕修忠正剛烈祠記事牌”，西邊為“周按察使功德牌”。
永樂十四年（1416年）九月十六日——忠正剛烈祠建成那天，永樂皇帝親率百官來祭奠周新。忠正剛烈祠內紅氈鋪地，香煙繚繞，在樂聲之中，永樂皇帝走進祠堂大門，進入正殿，永樂皇帝焚香祭酒之後，高聲朗讀祭文：
地上的禾苗，有良莠之分，天下的臣子，也分忠奸。那些忠臣，心直性烈，品行端正。因為心直，對君上說話時就無所忌諱；因為性烈，遇到權貴就不會屈服；因為品行端正，見到利誘也不會改變自己的誌向。忠正剛烈侯周新，就是這樣一個正直的大忠臣。過去，他被奸惡的紀剛誣陷，身陷囹圄，也沒有改變直臣的本色。其臨刑之時，三次跪拜君主，三次跪拜老母，高聲呼叫“生為直臣，死為直鬼!”他的忠烈真是驚天地、泣鬼神。朕失去這樣一位直臣，感到痛心疾首。如今，紀剛一黨已經除掉，周新的沉冤也得到了昭雪，作為直臣，他當含笑於九泉了，現在。為他建祠塑身，四時享受祭祀，己經獲得了人臣最大的榮耀，周新在地下應該欣慰了!嗚呼哀哉，請你享用祭品吧！
永樂皇帝讀罷祭文之後，又拜了三拜，方與群臣一起離開。周新剛正不阿，執法如山，被紀剛誣陷至死，萬歲親自致祭，已得殊榮，到此為止，也不算枉做了一場直臣直鬼!
周新沒有兒子，生前又無積蓄，他死後，他的妻子回到廣東南海老家，生活非常困難。廣東巡撫楊信民說：“周新當代第一人，怎麼能讓其夫人終日挨餓呢?”便經常給予救濟。周夫人去世時，凡是廣東做官的浙江人都趕來參加葬禮，以此寄托他們對周新夫婦的哀思和敬仰。
周新死後，杭州民眾在吳山上的城隍廟裏塑了周新的像，一供六百多年，善男信女如雲，香火不絕。城隍廟裏有副對聯：“厲鬼張巡，敢以血身汙白日。閻羅包老，原將鐵麵比黃河。”張巡是唐代鎮守睢陽的英雄，“包老”即宋代著名的清官包拯，在民眾心中，周新和他們的地位一樣高。
明末大文學家張岱有《吳山城隍廟》詩，簡述了周新的一生。詩文內容為：
宣室殷勤問賈生，鬼神情狀不能名。
見形白日天顏動，浴血黃泉禦座驚。
革伴鴟夷猶有氣，身殉豺虎豈無靈。
隻愁地下龍逢笑，笑爾奇冤遇聖明。
尚方特地出楓宸，反向西郊斬直臣。
思以鬼言回聖主，還將屍諫退僉人。
血誠無藉丹為色，寒鐵應教金鑄身。
坐對江潮多冷麵，至今冤氣未曾伸。
周新老家的廣州百姓為紀念他，將周新故居所在的一條街改名為仰忠街，至今還保留著。