但是此案又絕不能發往自己最信任的錦衣衛詔獄，因為這一案與錦衣衛相牽連，如果由錦衣衛審理，難免要受到言官的指責。
朱棣最痛恨的是周新放跑了他一心要抓的朱允炆，雖然這是紀綱憑空給周新安上的罪名，但朱棣卻深信不疑。自他登基以來，對那些忠於朱允炆的臣子，已經進行了大規模的殺戮，但他惟恐還有一些同情者漏掉，所以隻要聽說誰與朱允炆有牽連，他是定斬不饒的。紀綱正是抓住了朱棣的這個心理特點，因而一告便準。但朱棣絕沒想到一個小小按察使竟會驚動這麼多朝臣來替他說話，現在如果貿然殺掉周新，說不定會引起一場軒然大波，因此他幾次提起朱筆又都輕輕地放下了。左右權衡一時拿不定主意，就站起來在殿內來回踱步。
朱棣忽然也動了惻隱之心，他想起周新二十餘年忠正廉潔，倒也值得可憐，不如順乎人心，將他放出官複原職罷了。這時他突然記起，上次審訊時，曾囑咐周新寫一道謝罪本章，不知他是否交上來了。如果謝表已經送上來，正好順水推舟，赦他出去。於是，他喊聲：“內侍!”
立即有兩名司禮監秉筆太監走進殿來候旨。朱棣問：“周新的奏章可曾送進來?”
太監小心翼翼地回答：“已經送進來了。”
朱棣不滿地說：“為什麼不隨周新案卷一齊呈報?”
太監回稟道：“臣看周新的奏章，以為內中多有忌諱，沒敢呈送。”
朱棣把臉一沉說：“大膽，還不速速取來?”
那位太監有些慌亂地叩了一個頭，趕緊把周新的奏折取來交給了朱棣。朱棣展開奏折，見折子中的蠅頭小楷寫得端端正正，字跡蒼勁有力，不知道的人絕不會相信這是一個遍身棒傷的人寫的，不覺點了點頭。但他看到奏折中的內容時，卻越看越生氣。原來周新在折中沒有一句謝罪的話，反而建議削減錦衣衛官員到京師以外各省去緝查案件。這分明要斷皇帝的耳目，減弱皇權。朱棣不能忍耐了，他把周新的奏折狠狠地摔在了地下，提起朱筆，刷刷地寫下了“以逆臣罪名，立即處斬周新”的上諭。此後，六部言官中那些剛正之臣紛紛上本為周新鳴冤。這些奏本一概被朱棣留中不發。
幾天以後，北京城西四牌樓刑場上，人山人海，周新從囚車上下來，整了整衣冠，然後向西北皇城方向恭恭敬敬地叩了三個頭，又向南方叩了三個頭，說道：“老母在上，兒臣在此盡忠了!”拜罷，仰天長歎道：“天哪!蒼天!你回答我，為什麼做直臣是這樣的難?這是為什麼呀!為什麼?”然後周新厲聲高呼：“周新生為直臣，死為直鬼!”
朱棣冤殺周新後，上至都察院，下至六部言官紛紛為周新鳴冤，擾得他一個多月不得安寧。最後，朱棣授意錦衣衛指揮使紀綱出麵，以錦衣衛的名義發了一道文告，誰要是再替周新喊冤，就與周新同等論罪，才將這場風波壓了下去。
從此以後，明代十餘位皇帝都依靠錦衣衛鎮壓朝廷大臣，全是受了朱棣殺周新一案的影響。明朝官場中因此形成了一種風氣，錦衣衛官員可以淩駕於六部九卿之上。這就造成了以後正統、天順年間錦衣衛都指揮使門達、逯果專權，嘉靖時期錦衣衛百戶王邦奇肆意誣陷忠良的大冤獄。
常言道，多行不義必自斃，也是該紀剛垮台，錦衣衛不知怎的與宮中的宦官們鬧起了矛盾。一日，福海向永樂皇帝奏道：“啟奏萬歲，錦衣衛指揮使紀剛多年來，多行不義，以不實之詞誣陷忠良。靖難功臣薛祿因買一女道士為妾與紀剛頂撞，被紀剛用鐵錘打裂頭骨而死；都指揮啞失鐵木兒因與紀剛不和，路上相遇沒有讓路，而被他尋個借口除掉；廉吏周新因緝捕了紀剛爪牙許應先，而被誣陷致死；萬歲下詔選妃，紀剛把最美的女子留為己用，更為甚者，紀剛竟私養亡命，多造刀甲弓弩無數，圖謀不軌。此人罪大惡極，不殺不足以平民憤，不殺不足以正國法，請陛下明察!”
永樂皇帝鑒於異己已除，而紀剛與天下結怨非常深，決定治紀剛的罪，以平民憤，就下令將紀剛逮捕入獄。永樂皇帝下的詔書是這樣寫的：
奉天承運，皇帝詔曰：朕遵守太祖留下來的祖製，設立錦衣衛以緝捕罪惡，保天下平安，錦衣衛指揮使紀剛，卻違背聖義，有負皇恩，不遵守王法，作威作福，誣陷忠良，騷擾百姓，作惡多端，私養亡命之徒，造了許多刀甲弓弩，陰謀反叛。為正朝綱，為樹正義，將紀剛等奸惡緝拿歸案，以正王法。欽此!
永樂十四年(1416年)七月，陷害周新、作惡多端的惡犬紀綱最終受到了懲罰。朱棣命給事、禦史在朝廷上彈劾紀綱，交由都察院依法治罪。經逐條核實確有這些罪狀。當天就在集市將紀綱以分裂肢體之刑，他的家屬不論老少全部發配戍邊，並開列他的罪狀公布於天下。其黨羽許應先、莊敬、袁江、王謙、李春、龐英等也都被殺或流放，廣大臣民總算出了一口惡氣。