對於刑部郎中丁哲、刑部員外郎王爵、禦史陳玉、主事孔琦等人，應快快釋放回到本部門，並各晉升一級，以洗白他們所受的冤枉，如果這樣，上天才不會發怒，太平才能出現。
如果不罷免東廠，也應該推選謹厚的宦官如陳寬、韋泰等人管理東廠。仍然派一個大臣與他們共同管理東廠。
錦衣衛鎮撫司理刑時不能隻用錦衣衛的官員。我希望能夠選在京各衛一二人，及刑部主事一人，共同審理案件。或三年、或六年一個任期，如此處理，就可以避免巡捕官校，作奸擅刑，誣陷無辜者。
我本是一個身份低微的人，前後左右都是東廠和錦衣衛鎮撫司的人，我的這次上奏必然會給我招來災禍。與其死到東廠和錦衣衛的手中，不如死到朝廷的手中。希望能夠斬於我的頭顱，踐行我的建議。然後把我的骸骨送還我的妻子兒女，然後回歸應城，我雖死而無恨。
徐珪這一奏章，充滿浩然正氣和大無畏精神，字字鏗鏘，擲地有聲，其氣概感人動容，忠義可見。
然而，徐珪企圖改變明朝宦官與內閣並行的權力雙軌製，結果就是要改變明朝的君主專製，這無異是與虎謀皮，絕對辦不到的事。徐珪的擲地有聲的建議，並沒有也不可能改變朱佑樘對東廠宦官特務無限信任的態度。孝宗皇帝看完徐珪的奏疏，表麵假裝被他的忠義精神感動，認為這個案子事關江山社稷，應當查明真相。他怒斥幾個相關的臣子，然後交給都察院審理。
都禦史閔珪等抵賴說：“徐珪誣陷會審官員，他所說與事實不符。”
孝宗皇帝看了閔珪的奏章，聽信了閔珪的話，也認為徐珪所奏與事實不符。
在皇帝看來，一個身份低微的徐珪竟然敢於參劾東廠、錦衣衛、三法司，譏貶滿朝公卿，不由勃然大怒：“小小的典吏竟然敢如此膽大包天，直言無忌！著都察院審判徐珪！”當即疏發交都察院，對徐珪進行嚴刑拷問。
執法大員們看到孝宗如此大怒，生怕丟了烏紗帽，當即息事寧人，雖然都禦史等人都很驚歎徐珪的勇氣，但又不敢得罪東廠的楊鵬、錦衣衛和三法司參審官員，胡亂給徐珪加上“奏事不實”的罪名，疏請處以徒刑，但準循例贖刑。
受到涉及的有關官員，見天威震怒，大勢不妙，當即上疏認罪，結果被從輕發落，處以不同數額的罰俸。丁哲為民，王爵杖贖。而楊鵬等依然繼續作惡。
徐珪辦完贖刑手續後，被發回原籍為民。
徐珪削職為民後，朝中許多正義之士，紛紛為他鳴不平。在刑部觀政的進士孫磐，領先上疏，就徐珪上書揭發東廠遭到罷官一事上疏建言道：“現在的諫官，麵對皇上，多是阿諛逢迎，而不敢講真話、說實情，更不敢上疏揭發權臣之奸。而今天，為皇上揭發寵幸、觸權貴的人，隻是一個身份低微的刑部官員。對此，我們都深感羞愧，自歎不如！我看他在諫言中提到的臣子，不外分為四等：一等是不避禍害，敢於抗彈權貴的人；二等是敢於揚清激濁，能補闕拾遺的人；三等是能夠就時政提建議，有益於軍國的人。上述三類，都應當被擢升重用；而第四等則是粉飾太平、歌功頌德的人，或者是那些不敢說真話的人，應當罷黜他們。聖上啊，兼聽則明！現在，朝廷內外，議論朝政的人很多，應廣泛聽取。上述之言，我都是言之有據的，決不是信口空談。希望聖上能夠明察。”然而，對於這樣一個含有珍貴的治國良策的奏折，孝宗皇帝看完，居然竟將奏章擱置一邊，不聞不問，無一采納。明代中期的廠、衛橫行不法，司法黑暗、冤獄重重，明孝宗雖然主張勵精圖治，重視司法，慎重處理刑事案件，但從滿倉兒事件看，仍然是東廠幹擾司法，司法無法清明。明代的宦官專政，實質上是君主專製的反映。從朱棣開始，宦官逐漸把持了政治、軍事、刑偵以及經濟方麵的大權。文武官吏在明王朝的政治舞台上，扮演的隻不過是配角而已。明朝的第一個貪殘的大宦官是英宗朝的王振，其後又有曹吉祥以及憲宗朝的汪直，武宗朝的劉瑾等等。有人可能會因此認為，憲宗和武宗之間的孝宗弘治時期，宦官的權勢得到了控製，其實並非如此。不可否認，朱估樘即位之初，迫於形勢曾經不得不懲治梁芳、韋興、陳喜等宦官。同時弘治年間又有幾個知書奉法的太監如懷恩、何文鼎等，但總的來說，勢焰熏灼，恣意貪殘，與成化年間毫無二致。弘治初，李文祥曾上書指出當時的情況是：“權移內侍而不在內閣。賞罰隻根據宦官的喜怒，禍福也由他們的擺布。他們仇視言官，公行賄賂。誰要是對其阿諛逢迎，則引為知己而得到超升。誰要是敢於揭他們的短，得罪他們，便會得到暗中讒害、並竄謫遠方。這種顛倒是非的舉措，真使臣僚們寒心，也使者百姓懾於彼等淫威而不敢論說。”弘治年間宦官勢焰熏灼的例證很多，本案就是一個例證。《明史·王獻臣傳》說：“孝宗勵精圖治，信任閣臣，中官的勢力稍微有所收斂。”這完全是根據表麵現象得出的錯誤結論。朱佑樘與其列祖列宗一樣，內心深處並不信任大臣，因而在官僚士大夫組成的官製之外，又竭力使宦官統治機構從中央到地方都完善並鞏固起來，形成另一套操縱自如的統治係統。自然，一個稍有頭腦和政治手腕的統治者，總要力求使官僚士大夫之間，宦官之間以及官僚士大夫與宦官之間既相互製約，又能基本協調一致，這樣才能使統治得以維持和鞏固，否則就會出問題。不過，有一點是清楚的，那就是自永樂以後，明王朝愈來愈把宦官作為主要統治工具。朱佑樘也不例外。弘治初年，對宦官雖然偶有罷黜，不過是玩弄的政治權術，或者是宦官內部因權勢的消長而傾軋的結果。實際上，當時誰要是敢於糾劾宦官，或者得罪宦官，必然遭到他們的打擊陷害，而且是不獲全勝決不罷休。弘治九年(1496年)，滿倉兒案件後，禦史胡獻曾上疏彈劾楊鵬等宦官借小事製造冤案，打擊異己，並請求罷除東廠。他在奏折中說：“東廠校尉，本來的職責是懲辦奸惡之人，現在卻成了宮中太監和外戚發泄私憤的工具。如禦史武衢忤、壽寧侯張鶴齡及太監楊鵬，主事毛廣忤、太監韋泰，皆為校尉用雞毛蒜皮的小事，誇大成罪。滿朝文武都知道他們是冤枉的，但無人敢說。我也知道，今天說了，他日必被他們陷害，然而我不怕。”奏疏送上以後，張鶴齡與韋泰各自上疏辨解。恰好此時給事中胡易奏劾監庫內臣賀彬貪黷，賀彬也使用宦官們的貫伎，誣告胡易。朱佑樘於是下令將獻、易都關進詔獄。後來，謫胡獻為藍山縣(湖南今縣)丞，胡易被釋放。弘治十四年(1501年)，內使劉雄經過儀真，知縣徐淮沒有及時供應，惹惱了劉雄。劉雄乃渡江訴於守備太監傅容，傅容上奏到孝宗皇帝朱佑樘那裏，朱佑樘隨即命令將徐淮戴上刑具抓捕到京師，交錦衣衛拷訊。六科十三道的言官們紛紛上疏請求赦免徐淮，朱佑樘都不允準。後來被徐淮執行杖刑，對品調到了邊遠的地方。由此可見，朱佑樘非常袒護他的宦官。“盛名之下，其實難副。這句話很適合於朱佑樘的所作所為及其身後所獲得的讚頌。一般地說來，為尊者諱，為長者諱，特別是對專製君主，盡可能地美化，而對其缺點錯誤，則盡量回避或者進行辯護，這是很早以來就形成了的一種“合理”的做法。所以，即使是一個壞皇帝，也會獲得美譽，也會盡可能地加以讚頌，何況朱佑樘這樣一個在明代諸帝中算是較好的皇帝，後人對他大加讚頌是完全可以理解的。不過，如果誰要相信朱佑樘真的像史書上所讚頌的那樣好，就難免要上當了。總之，朱佑樘決不是將司法公正放在君權之上、雄才大略、大有作為之君，當然也不是荒淫的昏君，而是慣於玩弄政治手腕、力求維持朱家皇權統治的專製君主。