西方輿論對真相的披露，使日本政府大為恐慌。為阻止憤怒情緒的蔓延，日方百般狡辯，編造殺人理論，如報複論、自發論，企圖為屠殺找到“合乎情理”的借口。
與此同時，日方還采取“銀彈政策”，以重金賄賂西方媒體，希求美化其屠殺行徑。此舉收效明顯，一批被“銀彈”喂倒的媒體，甘心泯滅良知，出賣聲譽，恣肆發布歪曲事實的新聞，誤導受眾，替日軍粉飾罪行。
他們甚至連篇累牘地報道說，日軍在攻占旅順時，發現此前被清軍俘虜的日本士兵都被殺害並遭到肢解，旅順大屠殺隻是一次過激的以血還血的報複而已。這些謊言大大扭轉了旅順大屠殺造成的惡劣影響。
而清政府極力壓製國內報刊發行、嚴格限製國內輿論宣傳的做法，客觀上也給日本搶占話語權創造了極為有利的條件，以至於日本政府最後竟然聲稱其並未在旅順屠殺平民，當時被殺的全部是脫下軍裝的清軍官兵，就此顛倒黑白。
為掩人耳目、毀滅罪證，自1894年11月下旬至翌年1月中旬，日軍及其殖民機構將從旅順市街和水師營等處抓來的中國人編成三組抬屍隊，對受害者屍體進行了清理和焚燒。
火化後的骨灰被集中在三口大棺材內，叢葬於旅順城郊西北的白玉山麓，墳前豎了一塊木牌“清軍將士陣亡之墓”，借此欺騙世人，掩飾屠殺、焚燒包括婦女、兒童在內的和平居民的罪行。
1896年，回防旅順的中國清軍宋慶部隊，遵從國人願望，在殉難同胞墓前改立起高大的石碑，上書“萬忠墓”三個大字。每年清明時節，民眾雲聚於此，焚香灑淚，追祭甲午戰爭中慘遭塗炭的亡靈。
1905年，日俄戰爭落幕，旅順不幸再度淪入日軍之手。“萬忠墓”作為旅順大屠殺的證據不斷激發著國人愛國情感的同時，也使日本政府深感不安。侵略者曾幾度欲拆毀萬忠墓，但終因遭到中國民眾的強烈抵製，而未能得逞。
東北解放後，旅順民主政府於1948年重新修葺了“萬忠墓”。
隨著對墓地的挖掘清理和重新安葬，許多鮮為人知的真相浮出水麵：其中一塊骨片的厚度僅為1毫米，經考古學家鑒定，證實為幼兒頭骨。
墓中出土的大量玉石手鐲、串珠等，顯然為婦女佩戴的飾物。因此，日本一貫宣揚的被殺害者為清國陣亡將士的謊言被鐵的事實戳穿。
它們成為80年前侵華日軍製造旅順大屠殺這宗曠世慘案的曆史見證！
可以說日本人在中國做的喪心病狂的暴行，旅順受害的中國同胞，不過是冰山的一角。我看著窗外優美的景色，已經到處粉紅色的櫻花，我心裏有種說不出的難受。
誰能想到80年前，就在這優美的土地上發生了如此慘烈的事跡。
旅順屬於山地地形，所以高低起伏比較明顯，軍用吉普在山間盤繞，大概行駛了三四個小時，我透過車窗才在距離半公裏的山腹上，看到了一頂綠色的軍用帳篷，隨著靠近，我漸漸的看到幾個人站在帳篷門口，似乎正在等待我們幾人的到來。
離著還挺遠，我就看到三個熟悉的身影，正是趙坎，金慧斯和彭先生。
結果車還沒有停穩，我就急匆匆的下了車，跑到了他們幾人跟前。我先是對彭先生問了一聲好，然後對著趙坎他們倆眨了眨眼，意思告訴他們。“看見你們倆在這，真是太好了！”