於是，閹黨與東林黨官員更加對立，勢同水火。
趙南星於是閉門乞求退休，而朱由校卻不同意。
於是，東林黨官員高攀龍又彈劾閹黨五虎之首崔呈秀，趙南星趁機上疏論讓崔呈秀充邊。
“趙南星、高攀龍、楊漣等人不走，我們二人將不知死在哪裏啊。”崔呈秀處境窘迫，連夜跑到魏忠賢的住處，叩頭哀求對策。
“看來，不除掉趙南星、高攀龍、楊漣等人，我等就沒有好果子吃！”魏忠賢和崔呈秀一起製定了一個陰謀。
當時，山西巡撫空缺，河南布政使郭尚友想得到它。趙南星認為太常寺卿謝應祥有好名聲，將他列在第一位請求朱由校批準。已經獲得聖旨恩準，禦史陳九疇受魏廣微的指使，說謝應祥曾出知嘉善，魏大中是他的門生，魏大中以師徒關係的緣故，同文選郎夏嘉遇商量啟用他，徇私舞弊理當斥責。魏大中、夏嘉遇上疏爭辯，語言涉及陳九疇。陳九疇再次上疏極力詆毀，二疏一起交給部裏討論。趙南星、高攀龍確切指出謝應祥是因為在群眾有聲望而被推薦的，魏大中、夏嘉遇沒有私情，陳九疇的胡說不能相信。
魏忠賢大怒，假傳聖旨廢黜魏大中、夏嘉遇，連同陳九疇一同被廢黜，而斥責趙南星等人相互勾結、結黨營私。
趙南星立即引咎辭職，魏忠賢再次假傳聖旨痛切責備他，放趙南星回家。第二天，高攀龍也引咎辭職。給事中沈惟炳上疏挽救，也被流放在外。
不久，因為會同推舉官員違背魏忠賢的意思，同時排斥陳於廷、楊漣、左光鬥、袁化中，把趙南星擯棄了的徐兆魁、喬應甲、王紹徽等人安排在政府要害部門，小人競相升遷，國家大權都被魏忠賢奪去了。
魏忠賢及其黨徒非常憎恨趙南星。每當假傳皇帝下詔、告示時，總是把他看作罪魁禍首。
於是禦史張訥彈劾趙南星十大罪狀，並且彈劾鄒維漣、程國祥、夏嘉遇以及王允成。得皇帝旨，將他們全部削籍為平民。叫人再次上奏趙南星的同夥，張訥又列上李邦華及孫鼎相十四人的名字，統統將他貶職廢黜了。自此被趙南星擯棄的人，沒有不被提拔任用的。他向來所推重獎賞的人，全都遭到了意想不到的災禍。那些希望迅速謀求進身為官的人，一旦攻擊趙南星，便隨心所欲，為所欲為。石三畏也被起用任命為禦史，上疏攻擊趙南星以及李三才、顧憲成、孫丕揚、王圖等十五人。已經死亡的都剝奪官職，有官職的禍害更加慘烈。不久因為汪文言的供詞涉及到趙南星，交給撫按審訊。正好郭尚友巡撫保定，而巡撫馬逢皋也懷恨趙南星，於是相邀在朝廷上侮辱他，用竹板打他的兒子趙清衡和外孫王鍾龐，將他們下獄，讓趙南星賠償贓款一萬五千兩銀子。趙南星家一向貧窮，靠親友捐助才將官司了結。最後將趙南星發配代州，趙清衡流放莊浪，王鍾龐謫戍永昌。嫡母馮氏，生母李氏，都由於哀痛過度而死。七歲的兒子也由於受驚嚇死去了。
趙南星到達發配地後，卻能夠安然自處。崇禎登基後，下詔赦免讓他返京。而巡撫牟誌夔，是魏忠賢的死黨，故意推遲派送，可惜趙南星最終死在了發配的地方。