吏部尚書張問達與戶部尚書汪應蛟非常不滿，便聯合上奏稱：“呈送藥的前後經過，我們一起耳聞目睹。輔臣探視皇帝的病，情形急迫、倉促，怎麼忍心說‘弑逆’二字?但是李可灼不是醫官，而且也不是知脈懂醫道的人。用藥作嚐試，先帝就去世了。方從哲與我們九卿未能製止，都有罪，反而賞賜李可灼。等到禦史王安舜上奏，隻令他以養病而離去，處罰太輕，怎麼告慰先帝，讓朝廷內外心服。應該像方從哲的請求，削奪他的官階，依法追究。至於李可灼的罪行不勝誅殺，而崔文升在先帝不幸感染傷寒的時候，呈送大黃涼藥，罪行又在李可灼之上，依法都應該處決示眾，以泄公憤。”
奏議呈上後，李可灼被判下獄戍邊，崔文升被貶至南京，而方從哲卻沒有被治罪。
由於孫慎行威望頗高，此時上疏令方從哲很難堪，惱恨不已的方從哲隻好自請削奪官階，發配到邊遠的地方，朱由校卻下諭安慰他。
這時，孫慎行也以病辭官。
這一年的冬天，廷臣推舉閣臣時，孫慎行排在首位，卻被奸臣魏忠賢壓製不用。
天啟五年(1625)魏忠順傾軋正直的人，於是免去了李可灼的戍邊之罰，任命崔文升督導漕運。他的黨羽徐大化請求啟用方從哲，方從哲不出仕。然而一時間請求誅殺方從哲的人被貶官、殺戮幾乎殆盡。
魏黨的走卒張納上疏，極力誣陷孫慎行。
於是，朱由校下詔，孫慎行竟被革職。
不久，魏忠賢黨羽劉誌選又連上兩疏彈劾，攻擊孫慎行蔑視先皇，無人臣禮，將其削奪官職封號，流放寧夏邊關。
這個劉誌選非常不是東西，他是浙江慈溪人。與葉向高是同年，萬曆中期，因為抗疏爭鄭貴妃冊封一事，貶為外官，當合肥知縣時，以“大計”罷歸 。劉誌選以闒茸罷歸，在家鄉閑了三十年。光宗即位後，建言得罪的人，相繼起複，而他以大計丟官，格於“計處者不複敘用”的定例，獨獨向隅。這時，葉向高又崛起了，他由福建經過杭州，劉誌選特地趕來招待這位老同年，遊宴盤桓了一個月之久，葉向高為人雖正直，但處事也有圓滑融通的一麵，到了京裏，以首輔的資格，破壞成例，起用劉誌選為南京工部主事。此時劉誌選已經七十多歲了。大概是在家賦閑了三十年，閑怕了，所以劉誌選老而複出，窮凶極惡，一心想討好魏忠賢，追論紅丸案，痛詆孫慎行。魏忠賢非常高興，升了劉誌選的官，召入京當尚寶少卿。在路上，劉誌選迫不及待地又上一疏，繼續攻孫慎行以外，把他的老同年、且為舉主的葉向高也牽涉在內。劉誌選固為忘恩負義，無恥之尤，而葉向高也是自作自受。這一來，魏忠賢更賞識劉誌選了，第二年就把劉誌選調升為順天府府丞 。劉誌選既受魏忠賢的“知遇”之恩，一心投其所好。於是又攻擊張皇後的父親張國紀。但朱由校稱與張皇後伉儷情篤，隻是令張國紀自新而已。看到這樣一道奏疏也沒有惹出禍來，劉誌選的膽子更大了。於是，他又按照魏忠賢的意思參了孫慎行、王之寀、楊漣、左光鬥等人，魏忠賢非常高興，就提升他為“右僉都禦史提督操江”。
接著，閹黨又開始搜捕孫慎行以外的其他官員。在紅丸案中與方從哲唱反調攻擊崔文升、李可灼的多是東林人士，如鄒元標、李三才、高攀龍等，均列入被捕名單。鄒元標、李三才當時已經去世，就削奪了他們的封號。高攀龍則被牽扯進了“七君子之獄”。