同時，刑部尚書黃克纘也出麵為其辨白。
於是，孫慎行再一次上疏駁斥方從哲，指責方從哲道：“你身為顧命首臣，假設能稍微有一些堅持道義的舉動，也不至於讓皇上處於憂愁和危險的境地。由此可見你阿附婦人、閹寺的心意多，而擁戴陛下的心意少。所以你才敢欺淩皇祖，悖逆皇考，而欺騙陛下！”
方從哲不得不再一次上書辯解。
為了平息眾疑，朱由校吩咐：“將孫愛卿和方愛卿兩人的章奏一起下發廷臣討論。”
討論中，朝廷大臣大都讚同孫慎行給方從哲定的罪名。
隻有刑部尚書黃克纘，禦史王誌道、徐景濂，給事中汪慶百偏袒方從哲，而詹事公鼐持中立態度。
一時間，廷議紛亂，沒有統一的意見。
此時，劉一燝已經離職，大學士韓爌怕方從哲被告倒後引火上身，就出麵陳述呈送藥的前後經過。他在奏疏裏說：“先帝在去年八月初一日登帝位。我和劉一燝在二十四日入內閣。正好碰上鴻臚寺官李可灼說有仙丹想進獻給皇上。方從哲很驚訝，拿出他所寫的問安的條奏，上麵有‘進獻應十分謹慎’的話，我等認為這樣做是很對的，就傳諭讓李可灼離開了。二十七日先帝召見群臣，先帝自己說不用藥已經有二十多天了。到二十九日遇見兩個內臣，說皇帝已病危，曾有鴻臚寺官李可灼來思善門進藥。方從哲和我等都說，他自稱有仙丹，我等不敢相信他。這天仍然召見群臣。各臣行禮問安之後，先帝就回頭看皇上，命令我等輔佐皇上，使他成為像堯、舜一樣聖明的君主。又說到壽宮，我等以先帝的陵墓作答，先帝就說：‘是朕的壽宮’。於是問起有關鴻臚官進藥的事情。方從哲報告說：‘李可灼自稱有仙丹，我等不敢相信。’先帝立即命令傳旨宣李可灼進宮。我等出宮，過一會李可灼到，跟他一起進去診探先帝的病情，說病源和治療的都很合理。先帝很高興，命令趕快進藥。我等又一次出來，命令跟宮醫商量，劉一燝告訴我說，他的二個同鄉服用這種藥，好壞各占一半。各臣你看我，我望你，實在不敢明確表示是否合適。過了一會，先帝催促趕快調和藥丸，我等又一起進宮。李可灼調好藥送給先帝服用，先帝高興地說：‘忠臣，忠臣。’我等出宮，片刻之後，宦官傳諭說先帝服藥後，身體暖潤舒暢，想要進膳，各臣歡呼雀躍，然後告退了。等到了申時快結束時，李可灼出來說：‘先帝擔心藥力接不上，想再服用一丸。’各宮醫說用藥不宜太迅猛。而宮中傳旨催促更加急迫，於是進獻了第二丸藥。我等尋問第二次服用藥丸是什麼情形。回答說像當初一樣平穩。這是當天的事情。第二天，我等上朝，而先帝已在卯時去世了，真叫人痛心啊!當先帝召見群臣時，先帝身披帝王的禮服，靠著幾案，儼然是發布遺詔的樣子。皇上臉色焦慮，在一旁侍立，我等跪在先帝的周圍，心意傍徨，拿著藥上前，呼天祈禱，為臣的到了這種地步，遺憾不能代替。凡是今天所謂應該慎重應該停止的事情，當時難道就沒有考慮，實際沒有說出口，抑或是內心沒有萌發這種不祥的念頭。懷念先帝馭政雖然隻有一周月，他的恩惠實際上已經澤被宇內。作為臣子的應該去考慮怎樣頌揚、怎樣記述。而禮臣出於忠誠義憤的偏激的談論，和遠近驚疑的紛紛揚揚的傳聞，都不知道當時的情景是怎樣的，而進藥的始末實際上就是上麵我說的那些。如果不依據實際情況詳加剖析，就徑直列舉種種罪名，強加於先帝臨終前接遺詔的各位大臣身上，恐怕先帝的在天之靈不會沒有怨言，皇上臨終的念頭何以安撫?乞求公開發布皇帝的詔書，向朝廷內外布告，使商議禮法的人不要讓很小的疑惑變成很大的懷疑，編定史書的人不要讓信史成為毀謗的曆史。”