然而，撇開耶律楚材而選擇牙老瓦赤，這並不是說宮廷想要（哪怕是變相地）繼續奧都剌合蠻的政策。馬合木·牙老瓦赤是一個完全依靠自我奮鬥的改革家，盡管在他的漢人同事中從未得到什麼較高的評價。他曾經調整了突厥斯坦的稅收，反對窩闊台宮廷的奢侈鋪張，而且在他以前的職權範圍內與分封體係的擴大進行鬥爭。雖然事實是他在從1241年晚冬到1242年春季的短暫的任職期內無法減少到處蔓延的官員腐敗現象和封地所有者之間的不斷爭鬥，對他的任命仍然表示出了帝國對中國北部的政策的改變。
簡而言之，盡管牙老瓦赤的政策在許多方麵與耶律楚材相似，但是他被指派去取代奧都剌合蠻一事清楚地表明契丹人已經失去了個人影響力。
恢複經濟
蒙古原是草原遊牧民族，正處於氏族社會向階級社會轉化的發展時期。成吉思汗建立的大蒙古國，萬事草創，各種製度雖然初具規模，但是極不完善，在許多方麵還很落後。隨著征服戰爭的勝利，統治地區的．擴大，原來的某些製度和作法，很難適應“漢化”地區高度發達的封建社會的需要，一場涉及政治、經濟、文化等各方麵的改革，勢在必行。窩闊台汗是比較開明的，決心采用“漢法”。耶律楚材便成了他重要的參謀和助手。在進行政治改革的過程中，提出了許多有益的建議。窩闊台汗言聽計從，製訂出一係列重要的政策和製度，其中最主要的是：
一，逐步革除屠城殺掠的習慣法，免難民、降俘之死，大大促進了統一戰爭的勝利進行。蒙古統治者在初期的征服戰爭中，曾經下令：凡在攻城之時，敵人敢於武力抗拒者，城破之後，必加嚴厲懲處，殺之無赦。這種野蠻殘暴的屠城殺掠政策，固然對敵人有一種威懾的作用，使之不敢抗拒，早日迎降；然而在事實上威脅的作用非常有限，抗拒者還是很多。殘暴的殺掠政策不僅嚴重地破壞了社會經濟，而且增加了抵抗者持續反抗的決心。元太宗三年(1231年)，蒙古軍將征河南，耶律楚材便請求不要殘殺當地居民，可以把他們遷往山後之地，在那裏開采金銀、栽種葡萄，既可貸其不死，又可提供皇室所需。窩闊台汗說：卿言是也。采納了這個意見。次年春，大軍南征，陝洛秦虢等州的人民紛紛逃往山林洞穴躲避。窩闊台汗下詔：“逃難之民，若迎軍來降，與免殺戮。”有些蒙古貴族反對這個詔令，他們說“逃民們急則降，緩則走，不把他們殺掉，終為敵人所用，還是不要寬宥，完全殺掉為好。”耶律楚材請求製旗數百麵，發給逃民，讓他們回到蒙古軍控製的州郡去種田。據說，因此而活下來的逃民不可勝數。元太宗四年(1232年)，蒙古軍大將速不台攻打金國的南京開封府，即將攻下時，派人向窩闊台汗奏請說：“此城抗拒持久，我軍死傷甚多，城破之後，應盡屠之，以示懲罰。”耶律楚材聽說後忙向窩闊台汗說；“我軍將士在外征戰數十年，所想要得到的不過是土地和人民。如果得到了土地，卻沒有人民，又有什麼用處呢？”窩闊台汗聽了猶豫不決，耶律楚材又說：“製造弓矢甲仗、金玉器皿的能工巧匠，和官民富貴之家，都聚在這個城中，如果全都殺了，我們將一無所得，那這個仗就白打了。”窩闊台汗點頭稱是，於是下了一道詔令：“除皇族完顏氏罪大不赦外，其餘皆免罪不問。”據說當時因避兵亂居於城中的有一百四十七萬多人，都因此而免遭屠殺。從此以後蒙古對南宋用兵，攻取淮漢諸城，也都以此作為“定例”，不再“屠城”，隻誅“首惡”。這當然是蒙古軍事政策的一大轉變，有著重要的意義，而耶律楚材在其中所起的作用，自然也應該給予充分的肯定。
二、諫阻“裂土分民”，建立軍、民、財分治的中央集權製。自成吉思汗建國以來，蒙古統治者就實行“裂土分民”的分封製。窩闊台汗即位以後，也準備把新占領的中原地區分賜給親王和功臣。耶律楚材說：“裂土分民，容易引起彼此間的不滿和猜疑，使矛盾擴大化，產生尾大不掉的毛病，不如多給他們一些金帛。”窩闊台汗說：“已經答應他們了，怎麼辦呢？”耶律楚材說：“那就由政府派遣官吏到各州縣收稅，頒發諸王功臣，不讓他們擅自科征，把向地方征稅的權利收歸中央，也可以收到同樣的效果。”於是製訂了“每五戶出絲一斤以給諸王功臣”的政策，大大削弱了他們的實力。當時，諸路官吏均兼管軍民財三個方麵的事宜，權力極大，往往肆為不法，驕橫異常，不僅生殺自專，而且各州郡地方之間，也常因爭權奪利，彼此相攻，有時連皇帝也無法統攝。為了改變這種局麵，耶律楚材建議：各州郡置長吏專管民事，設萬戶府總領軍政，設課稅所管理錢穀。他們之間勢均力敵，不相統攝，力量有限，驕橫的氣焰就會受到遏止。窩闊台汗采納了這個建議，製訂了地方官軍民財三權分立的製度。結果大大加強了中央集權的實力，壓製了地方勢力的滋長，避免了分裂因素的擴張。
三、尊孔用儒，始興文治。蒙古帝國的建立，在很大程度上是依靠武功，因此在初期對文治是不夠重視的。窩闊台即位後，耶律楚材對他說：“天下雖得之馬上，而不可以馬上治。”經常向他宣傳“周孔之教”，他認為很有道理，便要耶律楚材推薦一批文臣到政府部門任職，試行“漢法”。耶律楚材於是把當時著名儒士陳時可、劉中、周立和、呂振等人派往燕京、宣德等地征收課稅，後來都取得了很大的成績-這是蒙古統治者試用文臣治天下的開始，耶律楚材創議之功是不應忽視的。此後，耶律楚材繼續在這方麵做了許多工作，最主要的有求孔子之後，得五十一代孫孔元措，奏請封為“衍聖公”，付給林廟地，世襲其位，以示尊崇。又下令招收因戰亂而散亡的禮樂人才；還接受著名學者元好問的請求，把許多淪為俘虜的儒生解放出來分配適當的工作。到元太宗九年(1237年)，更以“製器者必用良工，守成者必用儒臣”為由，建議“用儒術選士”，試圖恢複唐宋以來的科舉考試製度。這年八月，窩闊台汗命令劉中等人在各地考試，計分經義、詞賦、論三科，儒人被俘為奴者也可參加考試，如果主人隱慝不遣，其罪當死。據說這次考試共得儒士四千餘人。他們充實到各級政府機構中去，當然大大改善了官員的文化結構，對由武功向文治的轉變，是有重大意義的。
四、立法執法，製止貪暴。蒙古建國初期，法製極不完善，各地州郡長吏貪暴之風十分嚴重。他們生殺任情，孥人妻女，劫取貨財，兼並土地，胡作非為的事很多。耶律楚材針對這些情況請求窩闊台汗頒布法令：“州縣非奉上命，敢擅行科差者罪之。貿易借貸官物者罪之。蒙古回鶻河西諸人，種地不納稅者死。監主自盜官物者死。應犯死罪者，具由申奏待報，然後行刑。”這些法令的頒布執行，對製止不法官吏的貪暴之風，穩定社會秩序起了一定的作用。為了使政府的法令得到認真貫徹執行，耶律楚材常常挺身而出，維護法律的尊嚴，與權貴作鬥爭。有一次，窩闊台汗的寵臣楊惟中等人包庇殺人犯，耶律楚材得知便把他拘留起來加以審問。窩闊台汗聽信讒言，一怒之下，不辨真假，反而把耶律楚材抓了起來，既而又感到不對，有些自悔，命人把耶律楚材放了；耶律楚材卻不肯罷休，說：“臣位至公卿，輔佐陛下處理國政。陛下下令逮捕我，認為我有罪，應當向百官宣布我的罪在哪裏。現在卻又釋放我，說明我沒有罪。這樣輕易反複地處理問題，有如兒戲。如果國家真遇到什麼大事，能夠這樣處理嗎？”在場的大臣們不覺大驚失色，都為他這種“犯上”的語言捏一把汗。不過，窩闊台汗畢竟不是一般昏庸的皇帝，他對耶律楚材的耿直是信得過的，不僅沒有發怒，反而溫言相勸，“我雖然貴為皇帝，難道就沒有一點過錯嗎!”這種君臣互相信賴的精神，是政治改革得以順利進行的重要保證。
耶律楚材“以儒治國”的思想，表現在經濟方麵是促使蒙古統治者盡快適應中原地區高度發展的封建製度，恢複戰亂的破壞創傷，製止苛重的賦斂剝削，把封建經濟推向正常發展的軌道。他主要做了以下幾方麵的工作：
一、阻止將農田辟為牧地的建議。窩闊台即位之初，有個名叫別迭的蒙古貴族說：“中原地區的漢人不懂得畜牧業生產，對於我們沒有什麼用處，不如把他們全都殺了，好在那裏開辟牧地。”這種變先進為落後的建議，反映了某些習慣草原生活的貴族的無知，這種人雖然可能隻是個別的，然而如果不加阻止，一旦被采納作為政策，後果將不堪設想。耶律楚材非常敏銳地發現了問題的嚴重性，及時指出“天下是廣闊的，四海是富裕的，各地的人民都會勤勞生產，隻要我們的政策好，他們就可提供大量的財富，怎麼能說無用呢1”窩闊台汗說：“如果真象你說的那樣好，國家收入增加了，又何必殺人呢!就按你的意見辦吧!”一場破壞中原農業經濟的災難被製止了。
二、用課稅的方式代替軍事掠奪。蒙古立國之初，戰事頻繁，軍費所需，多屬“以戰養戰”。赤裸裸的軍事掠奪，不僅給社會經濟造成不必要的破壞，而且來源也極不可靠，妨礙了戰事的順利進行，元太宗二年(1230年)耶律楚材向窩闊台建議：“陛下即將南伐，軍需應該早日籌措，如果建立稅收製度，僅中原地區的地稅、商稅、以及酒醋鹽鐵山澤之利，每歲就可得銀五十萬兩，絹八萬匹，粟四十萬石，軍費就不成問題了。”窩闊台汗同意試行，於是在燕京、宣德、西京、太原、平陽、真定、東平、北京、平州、濟南等十路設立課稅所，選派漢人儒者擔任其事。次年秋天，各路使者將征收到的糧倉簿籍和金帛實物進呈，窩闊台汗見了，高興地對耶律楚材說：“你沒有離開我的左右，卻搞來這麼多的錢糧，真了不起嗬!”對他更加信任。不過，當時的稅製尚未定型，稅則稅率各地很不一致，大體上是蒙古以馬計，西域以丁計，漢人以戶計，難免混亂與不便，急需改進。兀太宗六年(1234年)，大臣忽都虎等人主張按人丁多少征收賦稅，耶律楚材說：“自古以來，在中原都沒有實行過以丁收賦的辦法。如果強製執行，人民必將逃散，賦稅就收不到了。”看來，耶律楚材是想要減輕人民的負擔，但是不少入主張對人身課稅，以謀求財政收入的增加，結果未能作出最後的結論。到元太宗八年(1236年)，耶律楚材終於奏請製訂了新的賦稅製度，(一)戶稅：每二戶出絲一斤交給國庫，每五戶出絲一斤交給諸王功臣。(二)地稅：上田每畝三升，中田二升半，下田二升，水田五升。(三)商稅：三十分之一。有人認為這個稅率定得太輕了。耶律楚材說：“曆史的經驗證明，許多法最初定得輕，後來都變重了，如果開始就定得很重，後來的人民就無法過活了。”這種輕稅的思想，對恢複發展生產是有好處的。
三、釋放俘虜，提高勞動者的地位。蒙古滅金後，大批百姓掠為俘虜，北返途中，逃亡者十有七八。窩闊台汗下令嚴查：“停留逃民及資給飲食者，皆死。無問城郭保社，一家犯禁，餘並連坐。”此令一下，立即引起了廣大百姓的惶駭不安，雖是父子兄弟，一經俘虜也不敢相認，逃民無所寄食，多死於道路。耶律楚材對窩闊台汗說：“十多年來，我們執行存撫百姓的政策。因為百姓是很有用處嗬!現在我們已經統一了中原，他們還能逃到什麼地方去呢？豈能因為一個俘虜，便把數十百人連坐處死呢!”窩闊台汗頓然醒悟，立即解除了這個禁令。不過，當時諸王大臣將校在戰爭過程中，仍然將大批人民掠為驅口，動以萬計。驅口的身份很低，任憑主人驅使買賣，毫無人身自由可言。這不僅是對勞動力的摧殘，而且也減少了國家的財政收入。耶律楚材於是奏請下令括戶口，凡屬驅口“並令為民，慝占者死”。大批驅口被釋為民，地位提高了，對發展農業生產當然是有好處的。
四、抑製高利貸勢力，反對過分剝削。蒙古貴族為了獲取巨利，曾委托回回商人發放高利貸，年息百分之百，一錠銀十年後本利可達一千零二十四錠，時稱羊羔息，為之傾家破產的很多。耶律楚材奏請：“子母相侔，更不生息，”使高利貸勢力稍有抑製。當時政府官員為了增加財政收入，竟然允許商人“撲買”。商人們勾結權貴承包了全國的課稅、差發，甚至連地基、水利、河泊、橋梁、渡口、豬雞也承包了。這種把國家財政經濟命脈全都交給商人的作法，是十分有害的。耶律楚材說：“這是貪利之徒，罔上虐下，想出來的惡主意，為害甚大，決不能幹。”於是奏請窩闊台汗罷除了。此外，耶律楚材還在“衡量，給符印，立鈔法，定均輸，布遞傳，明驛券”等方麵做了不少工作，都是有關發展經濟的政策措施。由於這樣，“庶政略備，民稍蘇息，”收到了很好的效果。
巧諫上書
耶律楚材作為窩闊台汗的中書令，利用其有利的地位和權力，確實在促使蒙古統治者接受“漢法”，適應中原地區封建社會的要求，建立必要的政治經濟製度，促進社會經濟文化的恢複和發展等方麵，做了許多有益的工作。史稱窩闊台汗的統治，“量時度力，舉無過事，華夏富庶，羊馬成群，旅不齎糧，時稱治平”。其中當然應該有耶律楚材的功勞和貢獻。
耶律楚材取得成功的道路，是並不平坦的。他的政治改革一開始就遭到守舊貴族的反對。例如，燕京留後長官石抹鹹得卜竟以舊怨，誣告耶律楚材“率用舊親，必有二心”，務欲殺之而後快。窩闊台汗對耶律楚材也不是全都言聽計從。有時耶律楚材發現某些事情做得不對，極力辯諫，聲色俱厲，言與淚下。窩闊台汗不僅不體諒耶律楚材的好意，反而說什麼“你想要打架嗎？”“你就知道為百姓哭鼻子屍有時甚至下令把耶律楚材捆綁起來，這都是不夠尊重與信任的表現，因而大大妨礙了耶律楚材“以儒治國”理想的徹底實現。
特別是元太宗十三年(1241年)窩闊台汗逝世後，乃馬真皇後稱製，寵信奧都刺合蠻，不少貴族畏懼其勢，爭往附之，耶律楚材更遭到排斥疏遠。耶律楚材眼見政事日亂，不忍心撒手不管，隻要發現有“不便於民”的事，還是站出來仗義直言，更引起了某些人的不滿。一次，乃馬真皇後將蓋了禦寶的空白紙，交給奧都刺合蠻，讓他自行填寫頒發。耶律楚材知道後說：“天下者，先帝之天下。朝廷自有憲章，必須遵守，不按憲章辦事，就亂了法，這樣的詔令我不敢奉行。”乃馬真皇後又下旨：“奧都刺合蠻提出的建議，令史如果不辦，斷其手。”耶律楚材說：“國家大事，先帝全都委托老臣處理，令史沒有責任。事若合理，自當奉行，如不可行，死且不避，還怕斷手嗎？”乃馬真皇後聽了很不愉快，耶律楚材仍然辯論不已，大聲說道：“老臣跟隨太祖太宗三十多年，沒有做過對不起國家的事，我是無罪的，你總不會把我殺掉。”乃馬真皇後聽了更加不滿，但終因他是先朝勳舊，不好輕易處理，便采取了敬而遠之的辦法，實際上是排擠他，不讓他掌權。耶律楚材得不到信任，眼見奸邪當道，政事日非，心中很不愉快，終於在太宗後乃馬真氏三年五月十四日“憤惋”而死。死的時候才55歲。
耶律楚材於1243年體麵但悄然地死於哈剌和林。耶律楚材對於蒙古立國中原，是很有貢獻的，因而在他死後，許多蒙古人痛哭流涕，如喪其親戚，接連幾天聽不到奏樂唱歌的聲音。全國各地的士大夫聽說耶律楚材死了，也莫不涕泣相吊。當時的人們對他的死都感到非常悲痛和惋惜。後來，許多評論家對他的一生也有很高的評價。元朝的宋子貞認為耶律楚材在那個“大亂之後，天綱絕，八理滅”的時代，“以一書生，孤立於廟堂之上，而欲行其所學”，確實是很困難的。但他終於發揮他的才幹，取得蒙古統治者的信任，在政治經濟文化等方麵進行廣泛的改革，使“天下之人固已均受其賜”，貢獻之大是非同一般的。明朝的張溥則認為他“相二帝，辟草昧，開基元德”，其功績可與周召二公相比。沈德符對他的評價也很高，認為他“功德塞天地”，是一個“大有造於中國”的人。清朝乾隆年間為了“褒賢勸忠”，在今北京西郊頤和園更為他建祠，題碑塑像，供人瞻仰。當然，曆代統治階級之所以褒揚耶律楚材，主要是因為他站在封建儒家道德的立場上，維護了地主階級的利益。我們今天評價耶律楚材，則是由於他提倡高度發達的漢族文化，在促進蒙古向封建製過渡的過程中，從而也是在中華民族的締造和形成上，起了積極的作用。他在我國多民族結合和前進的道路上，確實有過不小的貢獻，我們應該給他應有的曆史地位。