同時，耶律楚材在燕京又發現那裏道教的勢力極度膨脹，好些佛寺都被改為道觀，思想上很不愉快。前麵說過，耶律楚材原先在燕京時曾經學習過佛理，廢寢忘餐，三年不倦，是一個虔誠的佛教信徒；因而對以丘處機為首的道教徒非常不滿。他寫了一本《西遊錄》，上半部敘述了他西征的經過，下半部便對道教進行了猛烈的攻擊。主要是揭露丘處機的欺騙和不法。當時風傳丘處機有長生不老的秘術，已經三百多歲了。成吉思汗知道後很感興趣，派人把他接往行在，細加詢問。當問到他究竟有多大歲數時，他竟然不肯老實回答，偽稱不知確數。當問到道教的極理時，故弄玄虛，用“出神入夢”、“提真性遨遊異域”等假話騙取信任。他還違背詔旨，廣收徒眾，濫發符印，自出師號，擴大實力。又騙取軍用的牌符，懸牌躍馬，橫行諸州，招搖撞騙．。甚至以權謀私，當成吉思汗準許僧道修善之士皆免賦役後，竟然在執行時隻給道人免役，不及其他。特別不能容忍的是，竟然在許多地方折毀夫子廟和佛寺，改為道觀。所有。這些，耶律楚材認為都是小人之輩鼠竊狗盜的行為，是嚴重的違法亂紀，應該處以嚴刑。他最後表示，應該找一個積極的辦法，使“三聖人”之道，能夠象權衡一樣，不偏不倚，平等地共同發展，用佛教的產因果之誡化其心”，用道教的“慈儉自然之道化其跡”，用儒家的“君君臣臣父父子子之名教化其身”，太平之世就指日可待了。這當然隻是耶律楚材追求的理想，在現實生活中是很難做到的。他反對道教的努力，沒有收到顯著的效果。
耶律楚材在燕京做的另一件事，則是比較現實，而且效果很好。當時，蒙古最高統治者忙於東征西討，來不及製訂必要的規章製度，因此派往各州郡的長吏，便生殺任情，孥人妻女，掠取貨財，兼並田地，無所不為。其中，燕京留後長官石抹鹹得卜尤為貪暴，殺人如麻，市場掛滿了示眾的人頭。耶律楚材了解到這個情況後，不覺淒然泣淚，立即入奏，發出禁令，各州郡如果沒有奉到蓋有皇帝玉璽的文書，不得擅自向人民征發，囚犯需判死刑必須上報。違背這項命令的，其罪當死，決不輕貸。於是各地貪暴之風稍有收斂。
當時，燕京城中社會秩序也很不好，每天傍晚，尚未天黑，就有一些盜賊駕著牛車闖入富家，搬取財物，如果反抗不與，則殺人劫貨而去，誰也不敢阻攔追究。看來這些盜賊決非一般普通人物，處理起來可能棘手。拖雷特派中使塔察兒偕同耶律楚材前往窮治。耶律楚材經過仔細察詢，了解到這些盜賊的姓名，原來都是留後的親屬和勢家子弟。耶律楚材毫不手軟，將他們一網打盡，投入監獄。這些人的家屬賄賂中使，準備從輕發落。耶律楚材知道後，曉以利害禍福，中使害怕了，隻得聽耶律楚材的意見，依法處理，最後結案，將十六個罪大惡極的首犯，綁赴刑場，斬首示眾。從此以後，巨盜絕跡，燕民始安，社會效果很好。
耶律楚材回到燕京處理的這幾件事，都取得了很好的效果，獲得了人們的好評。表明他確實是很有才幹的，因而在蒙古最高統治集團中，更加增強了對他的信任。
社稷功臣
元太宗元年(1229年)秋，拖雷監國已經兩年，決定召集宗親推舉大汗。當時，成吉思汗諸子皆從各自的駐地來到克魯倫河畔舉行大會。拖雷宣布成吉思汗的遺命，推舉窩闊台承繼大位。窩闊台則認為拖雷一直跟隨在成吉思汗的身邊，所受訓教較他人為多，大位應由拖雷繼承。推來推去，會議開了四十天，也未作出決定。
耶律楚材覺得會議不能再這樣拖下去了，便對拖雷說：“推舉大汗，是宗社的大事，應該根據成吉思汗的遺命，早作決定，以免發生爭端。”拖雷說：“意見尚未統一，能否再等幾天。”耶律楚材說：“過了明天，就沒有吉利的日子了。”當時，蒙古統治者還非常迷信，聽了這話便決定在第四十一日舉行登基大典。
大典由耶律楚材擬訂儀式。耶律楚材為了使會議開得威嚴莊重，讓所有宗親都能恭敬順從，便事先對親王察合台說：“你雖是大汗的兄長，但從職位上看仍然是臣，臣下對君按照禮節應當跪拜。隻要你帶頭拜，其他的人就莫敢不拜了。”察合台認為他說得有理，在正式的即位大典上，便率領皇族及臣僚在帳下跪拜。會議進行得·很順利。會後，察合台對耶律楚材說：“你真是社稷的功臣嗬!”
窩闊台汗即位後，為了樹立自己的威望，準備對那些沒有按時前來朝拜的王公大臣處以死刑。耶律楚材知道後便對他說：“陛下新即位，應當力求安定，對犯錯誤的人，應當寬宥，否則矛盾擴大，政局反而不穩。”窩闊台采納了耶律楚材的意見，果然取得了很好的效果，從前不擁護他的人，後來都擁護他了，政權得到了鞏固和穩定。
耶律楚材日益獲得信任。當時，蒙古立國未久，諸事草創，許多必要的製度尚未建立，應興應革的事太多了，耶律楚材選擇了一些急需辦理的，寫成《便宜十八事》一疏上奏。這封奏疏的內容很廣，包括了官吏設置、賦役征收、財政管理、刑法執行等許多方麵，並且特別指出當時官場上盛行的送禮之風，為害不小，希望．下令禁止。窩闊台汗看了奏疏以後認為所奏各事，皆可聽從，唯有送禮一事難於禁絕，便對耶律楚材說如果是自願饋贈的，可以不追究。耶律楚材卻認為這是蛀政害民的開頭，不能不管。窩闊台汗說凡是耶律楚材所奏，他都依從了，所以這件事情就聽他一次。
耶律楚材的許多建議得到窩闊台汗的首肯，作為詔令頒布施行，都收到了很好的效果。一天，根據耶律楚材建議設置的十路課稅使，送來了許多糧食布帛和金銀，陳列在宮廷中，數量很多。窩闊台汗看了非常高興，笑著對耶律楚材說：“你沒有離開我的左右，但卻收來了這麼多的財物，使國用充足，真有本領嗬!在金國的臣僚中還有象你這樣的人才嗎？”耶律楚材答道：“現在南京(開封)的臣僚都比我好，我因為沒有什麼本領，所以才留在燕京，結果被陛下所用了。”窩闊台汗對耶律楚材的謙虛態度表示嘉賞，覺得確實是一個可以大用的人才，當即下令任命他作中書令，把典頒百官，會決庶務的大權交給他，事無巨細，都先向他報告，再由他轉請皇帝處理。
耶律楚材擔任中書令，是輔佐天子的親信，位高權重，管理的事情很多。他寫過一篇《陳時務十策》，主要內容有：信賞罰，正名分，給俸祿，官功臣，考殿最，均科差，選工匠，務農桑，定土貢，製漕運等。範圍確實是非常廣泛的，可以算得上一篇內容全麵的施政綱領。
耶律楚材實現計劃的第一個正式步驟是在臨近1230年年底實行的，當時窩闊台在中國占領區的十個路中的每一路都任命了稅收長官（征收課稅使）。①所有的人都是漢人，而且大部分是金朝的前官員。他們將根據耶律楚材設計的全新的體製去監督稅收。在新的體製下，每一個成年人要在以絲估價財產的基礎上交納固定的賦稅（差發），對農村人征收的稅率要比都市人的高很多。每戶耕種者還要交納一定數量的穀物，無論他們土地的數量和質量如何；而那些在城鎮裏的人則用絲交納補充稅，用以為過路的政府信使提供食物。大部分用絲估定的稅收折為銀子交納給官府。雖然談不上公平，但這一體製確實建立了穩固的稅收種類，而且明確規定了稅額的基礎。按照稅收的設計者的厚望，稅收——至少在理論上——現在已有序而且可預知了。更重要的是從蒙古人的角度來看，他們的確得到了更多的收入。
窩闊台對其效果非常滿意，以至在1231年任命耶律楚材為自己的中書令；也就是說，他被賦予了中國北方全部的行政管理職責。然而，在新職位上，他仍然從屬於鎮海領導下的中樞機構，由中書令發布的所有政府文件必須由鎮海連署才能生效。盡管如此，耶律楚材財政改革的成功加強了他的權力，他利用已增長了的影響力推動了更多的改革。
雖然中國北部的情況由於這些早期措施有了某種程度的改善，但許多問題仍未解決，而新的問題不久就暴露出來了。首先，蒙古人不再滿足於原來設定的稅率；比如在1231—1234年之間，穀物稅額從每戶2石漲到4石。其次，蒙古人不能改變他們超出固定稅額橫征暴斂的舊有習慣。這些困難的出現，部分是因為蒙古當局首先計算政府開支，然後確定稅收額以滿足他們預算需要。由於開支增多，要確定新的稅率或者隨時引進特殊稅收以彌補預算中的不足部分。這些赤字會由於帝國政策的改變或新的軍事戰爭而產生，但很多則僅僅是由於蒙古統治者的個人貪欲。進入他們腰包的、以銀為形式的貢物被定期地送給回回商人（內亞和中亞的穆斯林）進行投資。然後，回回人就用這些資本購買貨物進行交易或以極高的利息率借給百姓。這些諸王和商人們之間的合夥關係（漢語稱為斡脫），常常帶來巨大利潤，所以蒙古統治階級成員們總是渴望得到額外的資本以進行新的商業冒險。
在蒙古領導階層中，沒有比合罕本人更嚴重的違犯者了。窩闊台隨便地把大量現金送給斡脫商人去投資，據說，有時為此目的，他給某個商人500錠金或銀（波斯語叫巴裏失）。為了說明這個數量的大小，請不要忘記，在1230年，耶律楚材從他的全部轄區中也僅僅收到了1萬錠銀。盡管他的官員特別是馬合木·牙老瓦赤反對，合罕卻仍繼續這一做法，直到他的統治結束。毫無疑問，照此額度無法把金錢留在金庫，上調稅額的壓力永遠存在。
然而，由較高稅額引起的窮困並不是斡脫商人造成的僅有危害。作為合罕或是有權有勢的宗王的代理人，他們利用自己的關係向百姓勒索錢物。這些商人在中國北部慣用的騙術是謊稱他們用某位宗王的錢購置的貨物被盜，強迫當地百姓——百姓懼怕官府報複——去賠償他們的“損失”。
1231年後的中國北部繼續存在著大量流動人口這一事實，是形勢還沒有恢複到正常狀態的一個進一步明確的征兆。盡管有這些改革，許多人（一個臨時的統計說有全部人口的50%）仍然有充分的理由放棄他們的家園，而這僅僅是為了躲避官府赤裸裸的、永無止境的苛求和其代理人的劫掠，另外有的人從稅收名簿中消失了，因為他們被迫成為蒙古高官的奴隸和仆從。
耶律楚材敏銳地感覺到這一問題，1234年他建議窩闊台在中國北部進行人口調查，查出隱藏和流動人口，讓他們返回家園和登記入冊。合罕同意並且指定由失吉忽禿忽——青冊的原始保存者——具體負責。這次人口調查在1234年實行，在宮廷引發了關於未來稅收政策的新的辯論。盡管耶律楚材對稅收稅類的建立感到滿意，但他仍要求課稅方法上的根本變革。按他的意見，今後應當以戶計賦，而不是像1231年以後在中國實行的那樣按人丁來征收，但蒙古人更喜歡按人丁估稅的作法，這是一種在中亞行之有效的方法，是在13世紀20年代早期馬合木·牙老瓦赤引入他自己的財政改革中的。最後，達成一種妥協，原有的按人丁課稅的方法被大大削弱，而一種以絲支付的新的戶稅被采用。從總體而言，耶律楚材贏得了一分。關於農業稅，他建議進行的修改得到采納。穀物稅，最初是對每戶按統一稅率征收的，現在將要按各戶擁有土地的數量和質量來征收。
當1236年人口調查結束時，引進了新的製度。其結果是可喜的：更多的公平征稅方法被采用，單個家庭實際上的負擔大大減輕了，有些戶減輕90%之多。但是由於1234年侵占河南和對一直隱藏或流亡人口的登記而使稅收基礎擴大，整個官府的稅收仍然維持著。耶律楚材現在達到了他的權力和影響的頂峰，但麻煩卻在地平線上開始出現。
權力失勢
在即位最初的活躍時期過去以後，自13世紀30年代中期起，窩闊台漸漸失去了管理帝國的興趣，當他開始沉溺於飲酒、玩樂以及奢侈生活的時候，各地方和地區的勢力積極地施展他們的影響。在宗王自治的支持者和帝國中央集權的堅定擁護者之間發生的鬥爭，其轉折點是1236年和1237年。
最初清楚地表明耶律楚材開始失去合罕重視的跡象發生在1236年，當時窩闊台決定大量增加王公們在中國北方的封地（蒙古語：忽必；漢語：封地）。根據皇帝旨令，所有地位較高的宗王和公主都接受了大量的農業用地作為增加私人收入的來源。例如，術赤後人被賜予平陽41302戶，而察合台得到太原47330戶。
盡管耶律楚材設法使窩闊台頒布了另一項法令，規定帝國宮廷保留在私人封地內收稅和征兵的權利，如此大規模的分封忽必仍然成為中央集權擁護者們的重大挫折。就像耶律楚材清楚地預見到的那樣，沒有一個積極而且強有力、能夠堅決實施自己意願的合罕，中央政府實際上不可能在封地內行使很多的權力。那些封地內的屬民，沒有任何形式的保護，隻得屈從於無休止的暴政和剝削之下。
耶律楚材不可否認地輸掉了一場致命的戰役，但他仍然致力於改革。這一次他將注意力轉向了行政機構的改革。蒙古人自己已經在這方麵邁出了一步。隨著金朝在1234年的滅亡，蒙古人開始意識到他們自己的法律——成吉思汗的劄撒——在管理一個定居的社會時作用有限。於是他們決定在他們的中國領土上普遍實行金朝的法規，即《泰和律》，它在唐朝模式的基礎上編纂而成，最初頒布於1201年。盡管這是一個值得高興的進步，耶律楚材的頭腦中還醞釀著更宏大的計劃，這就是他希望能夠導致最終在中國北部完全恢複儒家模式的政府。為達到這個目的，耶律楚材首先在1237年尋求窩闊台的許可，舉行整個北方文職人員的考試，以此作為使中國的知識分子恢複到他們以往在政府中的地位的手段。那些人在過去的數十年裏飽經貧困，而且失去了地位。合罕對他的這個計劃表示同意，隨後耶律楚材在下一年組織了各“路”的考試。4000多人通過了考試（其中1/4的人在參加的時候身份是奴隸或者戰俘），但使這位契丹族大臣失望的是，隻有少數成功的候選人被派去擔任實際職務。代之而來的多數情況下，他們在自己的家鄉充做行政管理的顧問。蒙古人無意將中國北部（或者任何其他被征服地區）交由當地的官員管理。實際上，在以後的歲月裏，外來行政專門人才的作用，主要是畏兀兒人和突厥斯坦居民，在中國北部政府機構內繼續存在，甚至有所增加。
耶律楚材的行政管理計劃沒有被接受，進一步證明了他的影響有限。以後的事情將會表明，他不隻是無法發展他的改革，而且已實施的措施也絕不是可以免受攻擊的影響，尤其是在過去十餘年裏，他的財政政策步履維艱。這次攻擊的核心力量是那些耶律楚材從來未能有效控製住的內亞和中亞商人。他們在蒙古統治集團中的影響力一向很強，而且在耶律楚材影響被削弱的情況下穩定地增長。1239年窩闊台被說服將中國北部的稅收交給回回商人奧都剌合蠻承包，這就繞過了國家正式的稅收係統。當年確定的稅收額不出所料地大量地增加到銀44000錠。第二年年初，合罕為商人的成就感到高興，於是安排這個包稅人主管中國北部的稅收部門，充任提領諸路課稅所官。商人集團的勝利暫時告一段落。
新政策給漢人居民帶來的有害影響，可以在窩闊台於臨近1240年年底的時候頒布的旨令中發現。按照這份旨令的說法，平民和官員被迫向無處不在的內亞和中亞（回鶻）商人大量借款以應付他們不斷增長的納稅義務。利率數額是如此之高，利息通常在一年之內就與本金相等。按照合罕“仁慈”的旨意，此後利息超過原來借款的數目是不合法的。
在奧都剌合蠻的管理下，斡脫商人們——他們同時以包稅人和放債者的雙重麵目出現——在損害了蒙古統治下的漢人臣民的情況下無疑獲得了高額債息。事實上，很難想象有比這一時期普遍存在於中國北方更具破壞性和剝削性的經濟製度存在，稅務承包人競相以大數目向宮廷爭取征稅的權力，這就使稅額不斷上漲。當然，商人們總是為了獲得最大的利潤，在超過定額的情況下盡可能征收稅款。因為很少有人能付得起如此高額的款項，所以他們被迫去向斡脫商人（同時也是包稅者）去借高利貸。應該被提到的是，後者的資金是由蒙古宮廷或者其他宗王用他們可憐的臣民最初交納的稅款提供的。就這樣，到了窩闊台統治的晚期，耶律楚材在宮廷中的影響已經消失了，改革計劃的實施也非常艱難。他繼續保有中書令的頭銜，依舊是禦用占星術士，但不再能夠參與討論國家大事。最能顯示出耶律楚材失勢的事件發生在1241年，當時窩闊台最終采取行動，推翻自己施行於中國北部的破壞性的財政政策。情況實在太糟糕了，以至於合罕決定將奧都剌合蠻趕下台，並且重新建立一個較為合理的征稅製度。然而，其結果是，窩闊台並沒有轉向耶律楚材，而是起用了另一個中亞的回回、說突厥語的花剌子模人馬合木·牙老瓦赤。在1239年以前，他一直是阿母河行省的首腦。顯然，在宮廷內普遍存在的政治氣氛下，窩闊台認為他不能將中國北部的管理權交還到耶律楚材或者其他漢人利益的維護者手中。