由於皇帝多是如此手段，因此民間也就有了各種傳說。例如水軍統帥俞通海，他本來是在攻張士誠時受傷，於朱元璋登基稱大明皇帝前就病死了的（死於1367年四月初十），然而在民間傳說中，卻成了朱元璋派人在他家所住的街道上修了一座“百貓坊”（據說俞宅就在今天的南京彩霞街菜場一帶），把附近一條巷起名為“趕魚巷”（今甘雨巷），又派侍衛每天在秦淮河上釣魚，還將釣上的魚活活曬死。最終逼得俞通海隻能尋了自盡，雖然這隻是一個經不起推敲的傳說，但百貓坊確有，位置也確在俞府附近，有可能遭殃的是俞通海的後人或親信吧。由此已足見朱元璋殺功臣事跡之一斑。
在打擊官吏的時候，朱元璋更是毫不手軟，寧肯殺錯也不放過。真正的貪官汙吏當然死路難逃，可是清正廉明的官員也像割草一樣地被他一批批除掉。加上朱元璋並非什麼政經全才，很多時候他對很多事情也弄不清楚，可是即使如此，他在一頭霧水中也照樣喊打喊殺不誤。算起來，被酷刑殺掉的父母官恐怕比貪官汙吏還多。多少出身寒苦農家一心想要利民報國又維係著全家希望的讀書人，在十年寒窗苦讀後，才剛剛進入仕途，隻為真正是一點雞毛蒜皮的小事，就成了冤魂。其中最具代表性的人物，莫過於當時的濟寧知府方克勤。他雖然當上知府，仍然是一件布衣穿十幾年，一日兩餐素食粗糧，治下百姓則富足安樂。當他要調離時，百姓甚至做歌謠挽留道：“使君勿去，我民父母。”就是這樣一個好官，在洪武八年（1375年）的潑天冤案“空印案”中，也被毫無理由地處死。這個方克勤，就是後來著名的建文忠臣方孝儒的父親。“空印案”說來其實很簡單。按規矩，各司府州縣都要將地方財政狀況上報戶部，由於財務表是人工核計，各地距京城路途遙遠，為防有何差錯跑冤枉路，官吏們都會帶上一些備用的空白蓋印文書，方便隨時修改。然而無論別人怎樣解釋，毫無會計知識的朱元璋偏要認定這是在貪汙，不管三七二十一，也不做任何調查研究，就下令自戶部尚書起，到各布政司、府、州、縣，所有管官印的地方一把手都統統砍頭，副手杖一百充軍。上書辨冤的鄭士利則被罰做苦工。更糟糕的是，朱元璋猜忌並報複強烈的脾性並不完全是針對元勳和官吏們的。
當年攻打張士誠的“東吳”政權時，朱元璋的“西吳”軍曾經遇到過蘇杭百姓的強烈反抗，以致於蘇州一座孤城竟能在圍困下堅持九個多月，戰死了不少將士。張士誠死後，朱元璋決意報複民間對張士誠的支持，他決定“死罪可免活罪難逃”，大幅度提高當地的賦稅。於是，在皇帝的親自過問下，蘇州鬆江地區的稅賦一古腦兒漲到了元朝的三倍、更超過了宋朝的五倍。一畝地的稅糧竟超過七鬥。蘇州一府所要交納的稅賦，竟達到全國稅賦總量的10%。除此之外，鬆江農民的活動範圍也被嚴格控製，總括言之，就是“不出一裏之間，朝出暮入。作息之道，互相知曉”。由於朱元璋本人家族就是“逃稅流民”出身，外祖父又曾經是個打著算命先生招牌反朝廷的人物，因此為了以防萬一，他還規定百姓們必須彼此互通鄰裏信息，對別人的家庭內務乃至活動場合都必須了解，誰要是想保留隱私瞞哄大眾，即可捉拿送官。行醫賣卜的人也隻允許在本鄉活動，若敢遠遊就要重治。
這些規矩對民眾的約束，已經超過了以往任何一個皇朝，充滿戾虐氣息。而要求世人窺伺告發自己鄰裏親朋的規矩，更成為流禍久遠的重弊。
朱元璋還有一個最大的缺陷，就是剛愎自用，完全不把人命當一回事。無論什麼事，不用調查也不用研究，隻憑一時情緒，就“揮灑自如”地把好人或者輕罪之人統統殺了。如空印案就使人領略到了他的這一“特色”。說到這個，蒙古族官員道同的冤案就不能不提。
道同先世蒙古，後改漢姓，是河間人。明朝建立後，他出任番禺知縣，是一個出了名的孝子，也是一個誠意為民的好官。史書稱，番禺守軍蠻橫，胡作非為，幾任縣令都不敢為民出頭，直到道同蒞任，才改變這一狀況，“民賴以少安”。誰知不久永嘉侯朱亮祖到了番禺，這家夥在地方上作威作福欺壓百姓，卻幾次三番被道同頂了回去。當地豪門大戶知道朱亮祖與道同不“道同”，因此紛紛賄賂朱亮祖求他為自己出頭，朱亮祖便請道同吃飯，要他釋放被當街示眾的富豪悍仆。道同立即厲聲質問：“你也算是堂堂大臣，怎能與這些人為伍？！”朱亮祖啞口無言，宴席不歡而散。
朱亮祖回到家裏，越想越是惱怒，立即派人強行打碎鎖銬放了那幫地痞，又把前來論理的道同鞭打了一頓。此後番禺地方的惡霸們以為有了護庇，紛紛得意忘形。尤其是朱亮祖在當地所納小妾羅氏的兄弟，更是在地方上橫行霸道。道同為民出頭，將羅氏兄弟抓了起來。誰知朱亮祖竟動用軍隊包圍縣衙，強行將人犯給搶了出來。而且還向皇帝上本，彈劾道同“傲慢無禮”。事情到了這一步，道同就是想忍讓也不可能了，也隨後向皇帝遞送奏章。他原以為按常理，皇帝怎麼也要派人調查核實，才會最後做出決定。可是朱元璋一看了朱亮祖的告狀信，就立馬派人去斬殺道同。殺手出發不久，道同的報告也到了。朱元璋這才明白自己做錯了事，覺得道同鯁直為民，實在是難得，馬上派飛騎去追趕殺手。然而由於道同得罪了廣東布政使徐本雅，後一位使者雖與殺手同日抵達番禺，卻被人有意拖延，直到殺手處死道同，赦使才被放進縣衙。對於道同的冤死，番禺百姓都十分痛惜，紛紛在家中設立他的牌位祭祀。據說每有靈驗，鄉間從此傳說，道同已經成了地方之神。直到今天，番禺地方仍在祭祀道同神。朱亮祖的行徑引起了朱元璋的震怒，這個殺人隻憑一時性起而不是按司法程序辦理的皇帝在大怒下立即命人將朱亮祖父子鎖拿進京。
洪武十三年（1380年）九月初三，朱亮祖與長子朱暹一起被朱元璋當廷鞭死。可惜的是，道同之死並沒有警醒朱元璋，此後仍有數不清的人在這位皇帝的一時火性下無辜喪命，更糟的是他處死朱亮祖父子的方法：從此開了明王朝“廷杖”的先例。終明一朝，數不清的士大夫和清臣直士，都被這種極端的刑罰打掉了性命。
隨著時間的推移，大開殺戒的朱元璋漸漸覺得法規礙事，終於在洪武十五年決定改革禁衛軍為十二個親軍衛，其中最出名也最為其重用的，則是“錦衣衛”。這個錦衣衛有“掌直駕侍衛、巡查緝捕”的職能，處理皇帝欽定的案子，相當於皇帝的私人警察部隊，下設南北兩個鎮撫司，五個衛所，擁有自己的監獄，在其中任職的校尉力士少則一千多則六萬，被稱為“緹騎”。他們有權自行逮捕刑訊乃至處決，錦衣衛將正常的司法機構視若無物。隻要他們看不順眼的，無論是宰相大臣還是平民百姓，都不需要任何真贓實罪，都可以在片刻間讓人家破人亡。朱元璋的屢興大獄在曆史上也留下了重重的一筆。
洪武時期的功臣除了耿並文等少數幾個外，其餘全部被殺。胡惟庸一案，牽連被殺者達三萬人，朱元璋晚年的藍玉案又牽連了一萬五千人。以至於到了靖難之役南京朝廷竟無將可派，可以說朱元璋的分封外藩和大殺功臣直接導致了靖難之役中建文帝的失敗。重用藩王領兵，當初對於朱元璋來說，是一個非常出色的構想，既可避免外姓諸臣節製軍事跋扈成災，又能使諸王“外衛邊陲，內資夾輔”，何況照他的預想，諸王“列爵而不臨民，分藩而不錫土”，應該也不會有什麼大麻煩。然而朱元璋怎麼也沒有想到，長子朱標竟早早地就在洪武二十五年去世了，晚年的朱元璋麵對幼弱的皇太孫朱允炆，雖知重用藩王領兵可能會為這個文弱小兒埋下隱患，但他無論如何也不可能甩下自己的兒子去用那些令他一百個不放心的外姓大將，於是他始終還是沒有把削藩提上議事日程。隻是一再地寄希望於能在自己生前為太孫多聚些人脈眾望，寄希望於朱家子孫都懂得尊老愛幼之理，體恤骨肉血緣之親。大約也正是出於這層考慮，老皇帝先是應允孫兒修改了自己施行多年過於苛刻的刑律七十三條，為朱允炆贏得了“天下莫不頌德”的美名。在洪武二十九年的時候，他還特地重新製定了朝見太孫之禮，又規定叔父們在公開場合須向侄子行君臣之禮，回到後宮皇太孫才向叔父們行家禮。為了增進家人感情，第二年他又讓其它的侄輩和叔輩們一起遊曆天下山川。
洪武三十一年閏四月乙酉日這天，朱元璋拋下他的嫡長孫朱允炆，還有他那一大群兒子，以及在他多年治理下民生休養生息逐漸興旺的大明帝國，離開了人世。1398年五月，明太祖朱元璋病死於南京，在位31年，終年71歲。