應天稱帝
回到家鄉後不久，由小時的玩伴湯和介紹，朱元璋參加了郭子興的紅巾軍。由於他的睿智與勇敢，很快成為了郭子興的心腹，並娶了郭子興的義女馬氏為妻。在郭子興部下期間，朱元璋不斷擴大自己的勢力，並掌握了一隻真正屬於自己的隊伍，這使得在郭子興死後，朱元璋很輕易地就打敗了郭子興的兒子，取得了對這隻隊伍的控製權。 朱元璋並不滿足已得的地盤，他要大展宏圖就要有穩定的根據地，這樣南京（集慶）就進入了他的視線。1356年，朱元璋攻占集慶，並改名應天府，自稱吳國公。同時采納朱升“高築牆、廣積糧、緩稱王”的建議，大力發展生產，為今後爭奪天下打下了堅實的基礎。接下來他在南京外圍大敗陳友亮，鄱陽湖血戰徹底擊潰比自己強大的陳友亮軍團，消滅浙江的張士誠，滅殺韓林兒，派徐達、常遇春北伐。逐個消滅了各個勢力，1368年，朱元璋在應天稱帝，國號大明。同年將元順帝趕出北京。
建國後，他采取與民休養的政策，減免賦稅，頒布《大明律》，穩定社會秩序。同時他廢除丞相，實行六部製，改禦史台為督察院，實行衛所製，使武將與兵權分離，設立錦衣衛，對朝臣和百姓進行監督，這一係列的措施都使皇權得到極大的加強。論起來，朱元璋恐怕是中國所有皇帝中最儉樸最勤政的一位。據記載，在修建南京明皇宮時，他下令取消所有的華麗裝飾，宮室牆壁上僅有少許彩繪，而且內容都非常正統：後妃宮室繪耕織圖；太子宮室繪朱元璋開國事跡圖；而他本人起居的宮室牆上更是連彩繪都沒有，全是曆代治國箴言。除此之外他還是唯一一個把禦花園改成“禦菜園”的皇帝。洪武朝的明皇宮內連假山花木都沒有，更別提造什麼庭園。所有的院落空地裏都栽上了菜，宮中菜蔬自給自足，朱元璋本人更是以蔬食為主，酒肉甚少。理政倦怠時他便在菜地裏徜徉，欣賞眾人熱火朝天的種菜景象。這藩風光似乎比小橋流水更能使他恢複精力。做為雇農加綠林出身的皇帝，朱元璋也按自己心目中的田園風光為農村製訂了細致的規律並要求百姓們嚴格遵守。在他的打造下，所有的鄉村都要選派有聲望的老人每月宣講道德規範，每到農忙季節，人們還必須在鄉中老人的監督下黎明即起忙碌農活，若有偷懶生事的，不但自己要糟，就連鄉老都不能避免責任。不好好幹活的青年，甚至會被流放邊疆。朱元璋同情百姓，厭惡淩虐百姓及偷懶不勞而獲者，這在下麵的詔書中一覽無遺。詔曰：“天下大定，禮儀風俗不可不正。諸遭亂為人奴隸者複為民。凍餒者裏中富室假貸之，孤寡殘疾者官養之，毋失所。鄉黨論齒，相見揖拜，毋違禮。婚姻毋論財。喪事稱家有無，毋惑陰陽拘忌，停柩暴露。流民複業者各就丁力耕種，毋以舊田為限。僧道齋醮雜男女，恣飲食，有司嚴治之。閩、粵豪家毋閹人子為火者，犯者抵罪。”
早在登基之前，朱元璋還親自帶著長子朱標在農家住了好幾天，要求自己的繼承人體味民生疾苦，稼穡艱難。洪武三年天下大旱，朱元璋不但第一時間下旨免了災區稅賦，還帶著所有的皇子在六月南京的烈日下暴曬，用這種中國民間最樸實也最自虐的方式求雨。這一曬就是五天，當大雨傾盆而落時，舉國上下都認為是皇帝的誠心感動了上天。朱元璋並不僅僅是要求百姓勤於耕織，他也對自己的工作兢兢業業。自登基以後他事必躬親，而且還嚴格遵守著自己製訂的“百姓黎明即起”的時間表，除非病得不能起來，他都在每天淩晨四點就開始早朝，無論寒暑秋冬都雷打不動。這一堅持，就是三十多年。麵對這樣一個“以身作則”的皇帝，臣民們也隻得將製度遵循不渝。
朱元璋在郭子興手下討生活時，無論受到怎樣的待遇，都堅持要把自己接到的任務完成得盡善盡美。也正是這樣的性格特點，不但促成了他成就大業，也清清楚楚地表現在了他的治國方麵：水必要至清，人必須克己。他自己是這麼辦的，也要求別人這麼辦，而且不許違反。然而如大家所知，一樣米養百樣人，世界上的事情一旦到了極端的地步，即使出於好意，麻煩也就要大了。
朱元璋出身赤寒，因此對底層小民百姓感情很深，對官吏士紳文人卻似乎有一種本能的厭惡。做貧農和造反的經曆，更使他明白了一個道理：官吏欺壓百姓是傾覆王朝的直接導火線。因此，為了避免百姓遭殃更為了鞏固政權，他對官吏采取了嚴格的管治，對農民卻頗為慈和。最典型的事例莫過於他大力支持“民告官”，官吏若到鄉間騷擾被百姓抓住控告並有據可查的話，他絕對是一麵倒地支持，非但重處被抓官吏，還要重獎告官的鄉民。他還編製了《明大誥》，專用酷刑重處官吏。隻是此法實在殘虐，動輒為幾十兩銀子就將官吏剝皮楦草，或者並未貪汙虐民也照樣連坐，甚至砍頭淩遲。因此《明大誥》及相關法令在朱元璋死後就被立即廢止了。——事實上，百姓們雖然痛恨官吏欺壓，恐怕也沒有幾個人真願意為幾句閑話幾兩銀子就把他們處死，何況吏員們多是百姓鄰舍出身，祖輩相交，就更沒有誰願意造成如此後果。
朱元璋的人生經曆不但使他厭惡官紳文人，也使他不信任異姓功勳。對於這些引起他疑心的人，他也像嚴治貪官那樣用最極端的手段去解決。對於明王朝開國元勳們的死，史料和傳說都找出了若幹理由。但在事實上，猜忌並計劃殺戮功臣的事情，恐怕早在登基稱帝之前，在帶著兒子朱標過那幾天農家生活的時候，就已經在朱元璋的腦子裏成形了。
洪武三年，元順帝北逃，朱元璋真正成了中原之主。就在這一年他大封諸子及開國元勳。受封的皇子皇侄孫共計十人，元勳三十五人。就在這一次封賞中，剛得天下的朱元璋就毫不客氣地顯露出了他對功勳們的忌憚。按照朱元璋的意旨，開國元勳的功績再大，也隻能被封為公爵，所得的俸祿是每年三千至五千石，次一等的元勳封侯爵，每年九百至一千五百石。然而對待兒女們，朱元璋可就不一樣了。他公開對元勳們宣稱：“天下之大，必建藩屏，上衛國家，下安生民。今諸子既長，宜各有爵封，分鎮諸國。朕非私其親，乃遵古先哲王之製，為久安長治之計。”對於皇帝這樣的主張，群臣哪敢有意見？隻得稽首對曰：“陛下分封諸王以衛宗社，天下萬世之公議。”既是“天下萬世之公議”，皇帝也就不客氣了。於是：皇帝的兒子們封親王，歲俸五萬石，鈔二萬五千貫，錦四十匹，紵絲三百匹，紗羅各一百匹，絹五百匹，冬夏布各一千匹，綿二千兩，鹽二百引，茶一千斤，馬匹草料月支五十匹；皇帝的孫子們歲俸六千石，鈔二千八百貫，皇帝的孫女們歲俸一千石，鈔一千四百貫……侄孫朱守謙封靖江郡王，亦有歲俸二萬石，鈔一萬貫，餘物比親王減半，馬匹草料月支二十匹。公主受封後歲俸一千五百石，鈔二千貫。——直到洪武二十八年，由於皇子鳳孫實在太多，不得己減少了俸祿，也達到親王一萬石、郡王公主二千石，郡主八百石的程度。除此之外，朱元璋還特命諸皇子親王在自己的藩國內豢養甲士，少則三千，多則一萬九千，並且要“常歲訓將練兵，臨視周回險易，造軍器務精堅堪用。”既然藩王們都有自己的甲士，當然就要應征出戰。於是在戰功封賞方麵，朱姓諸王所行也格外不同。
洪武年間，秦晉燕楚湘等親王都曾經數次領兵出征，朱元璋據此給了晉王燕王各一百萬錠重賞，楚王所得最次，也達馬三千匹牛二千頭犛牛一千頭羊九千隻。與之相比，攻取元都定理中原的徐達隻得了白金五百兩，文幣十表裏；常遇春隻得了文幣一百表裏。對於這樣天差地別的賞格，就連後世記載此事的書生，都不禁要發出歎息：“難道說攻取元都所得的府藏不夠豐富，所以賞得這麼少嗎？”如果光是封賞少還好說，最大的問題是，就連這麼些兒俸祿封賞，開國元勳們都不能保自己一生安享。
屢興大獄
民間有個“火燒慶功樓”的傳說，講的是朱元璋在登基後曾經大宴功臣，卻在宴中借故走開，並下令火燒宴席現場，將所有功臣全部燒死。這個傳說實在有些荒誕不經，不過事實上朱元璋的許多開國元勳們結局並不比燒死好多少。一般認為朱元璋殺功臣是由於忌憚他們日後擾亂朱家天下，是在為接班人“除去荊棘”。當然還有另一種觀點，認為朱元璋要求苛刻，不但是眼裏進不得沙子，根本幾乎連灰塵也容不得，而且從不講什麼功過相抵，功臣們也就隻得落得如此下場。