嘉靖皇帝剛死，外麵一般都不知道。提牢主事聽說了這個情況，認為海瑞不僅會釋放而且會被任用，就辦了酒菜來款待海瑞。海瑞自己懷疑應當是被押赴西市斬首，恣情吃喝，不管別的。主事因此附在他耳邊悄悄說：“皇帝已經死了，先生現在即將出獄受重用了。”海瑞說：“確實嗎？”隨即悲痛大哭，把剛才吃的東西全部吐了出來，暈倒在地，一夜哭聲不斷。被釋放出獄，官複原職，不久改任兵部。提拔為尚寶丞，調任大理。
隆慶元年，徐階被禦史齊康所彈劾，海瑞上言說：“徐階侍奉先帝，不能挽救於神仙土木工程的失誤，懼怕皇威保持祿位，實在也是有這樣的事。然而自從主持國政以來，憂勞國事，氣量寬寵能容人，有很多值得稱讚的地方。齊康如此心甘情願地充當飛鷹走狗，捕捉吞噬善類，其罪惡又超過了高拱。”人們讚成他的話。
為民做主
經曆南京，北京左、右通政。隆慶三年夏天，以右金都禦史身份巡撫應天十府。屬吏害怕他的威嚴，貪官汙吏很多自動免去。有顯赫的權貴把門漆成紅色的，聽說海瑞來了，改漆成黑色的。宦官在江南監織造，因海瑞來減少了輿從。海瑞一心一意興利除害，請求整修吳淞江、白茆河，通流入海，百姓得到了興修水利的好處。海瑞早就憎恨大戶兼並土地，全力摧毀豪強勢力，安撫窮困百姓。貧苦百姓的土地有被富豪兼並的，大多奪回來交還原主。徐階罷相後在家中居住，海瑞追究徐家也不給予優待。推行政令氣勢猛烈，所屬官吏恐懼奉行不敢有誤，豪強甚至有的跑到其他地方去躲避的。而有些奸民多乘機揭發告狀，世家大姓不時有被誣陷受冤枉的人。又裁減郵傳冗費，土大夫路過海瑞的轄區大都得不到很好地張羅供應，因此怨言越來越多。都給事中舒化說海瑞迂腐滯緩不通曉施政的要領，應當用南京清閑的職務安置他，皇帝還是用嘉獎的語言下詔書鼓勵海瑞。不久給事中戴鳳翔彈劾海瑞庇護奸民，魚肉士大夫，沽名亂政，遂被改任南京糧儲。海瑞巡撫吳地才半年。平民百姓聽說海瑞解職而去，呼號哭泣於道路，家家繪製海瑞像祭祀他。海瑞要到新任上去，正遇高拱掌握吏部，早就仇恨海瑞，把海瑞的職務合並到南京戶部當中，海瑞因此遂因病引退，回到瓊山老家。? ?
明神宗萬曆初年，張居正主持國政，也不喜歡海瑞，命令巡按禦史考察海瑞。禦史到山中審察，海瑞殺雞為黍相招待，房屋居舍冷清簡陋，禦史歎息而去。張居正懼怕海瑞嚴峻剛直，中外官員多次推薦，最終也不任用。萬曆十二年冬天，張居正已死，吏部擬用為左通政，皇帝向來器重海瑞名，給他以前職。明年正月，召為南京右金都禦史，在道上改為南京吏部右侍郎，海瑞當時年已72歲了。上疏言衰老垂死，願意效仿古人屍諫的意思，大略說：“陛下勵精圖治，而治平教化不至的原因，在於對貪官汙吏刑罰太輕。諸臣都不能說到其原因，反而借待士有禮的說法，大家交口而文其非。待士有禮，而平民百姓則有什麼罪呢？”因而舉明太祖刑法剝人皮裝上草製成皮囊以及洪武三十年定律枉法達八十貫判處絞刑的規定，說現在應當用這樣的方法懲治貪汙。其他謀劃時政，言語極為切實。隻有勸皇帝用暴虐刑法，當時評議認為是錯誤的。禦史梅鵑柞彈劾海瑞。皇帝雖然認為海瑞言論有過失，然而清楚海瑞的忠誠，為此免去梅鵑柞俸祿。? ?
皇帝屢次要召用海瑞，主持國事的閣臣暗中阻止，於是任命為南京右都禦史。諸司向來苟且怠慢，海瑞身體力行矯正弊端。有的禦史偶爾陳列戲樂，海瑞要按明太祖法規給予杖刑。百官恐懼不安，都怕受其苦。提學禦史房寰恐怕被舉發糾正要先告狀，給事中鍾宇淳又從中慫恿，房寰再次上疏誹謗誣蔑海瑞。海瑞也多次上疏請求退休，皇帝下詔慰留不允許。萬曆十五年，死於任上。?