這三案鬧得滿城風雨，引起一係列的惡性連鎖反應。童妃案將弘光本人置於被懷疑的尷尬地位。人們疑心他是假的，怕童氏說出真相來，所以要殺人滅口。大悲案使閹黨如獲至寶，他們趁機將史可法等東林黨人列為大悲的同黨，想除之而後快。太子案的後果更其不可收拾，如果說腐敗透頂的弘光小朝廷的複滅是曆史的必然，那麼三疑案，特別是太子案就是一副加速其滅亡進程的催化劑。
弘光元年三月，雄據武昌的寧南侯左良玉，以太子案為借口，打著“清君側”的旗號率領大軍浮江東下，聲討馬士英、阮大铖。左良玉為什麼不早不晚，偏偏在這個時候發動兵變呢？這還得從左良玉本人說起。左良玉早年受東林黨人侯恂的提拔，由普通士兵晉升為將軍，所以他與東林黨人關係較好，從而與閹黨乃至弘光互相猜疑戒備。一些被馬、阮之流迫害的東林黨人，紛紛投到左良玉的保護傘下，從而更加深了雙方的對立情緒。馬、阮不敢與左良玉公開翻臉，暗裏卻經常克扣左軍糧餉軍需，並築板磯城暗防之。左良玉對此很是不滿，遂萌生反叛之心。恰在這時，朝內又發生了偽太子案。於是左良玉假為兵端，起兵發難，矛頭直指馬、阮二人。
與此同時，豫親王多鐸率領的一支強大清軍，在攻破潼關，進占西安，擊敗李自成之後，正以狂風暴雨之勢，橫掃中原，直撲江北，進抵淮河一線。在這敵情萬分嚴重之際，馬士英竟操縱弘光，命令史可法盡撤江北明軍來打左良玉。史可法急忙上疏懇切陳詞，指出清軍大舉南下，關係國家存亡，江北之兵千萬不可撤。他並且表示願意親赴左營，調停解決這場內部鬥爭。然而，馬士英等對左良玉既畏且恨，他們公然無恥地宣稱：“與其死於左，不如死於北”，“寧可叩北兵之馬，不可試南賊(左良玉)之刀。”露骨地表現了準備向清軍屈膝投降的漢奸麵目。他們已將黃得功部調來打左軍，還要調二劉入衛，連史可法本人也迫於君命難違，不得不率軍馳赴南京。本來十分脆弱的江北防線，就這樣未經一戰便稀裏嘩啦地散架了。
正巧此時，左良玉途中病死，其子左夢庚繼續向南京進兵，被黃得功部所擊敗。弘光帝又命史可法回守防地，不必入朝。史可法登上燕子磯頭，遙望鍾山與南京城垣，心頭百感交集，南向八拜，痛哭而返。
硝煙彌漫
弘光元年四月，清軍乘南明弘光政權內亂渡過淮河，每日推進50裏，情勢緊迫。史可法馳歸揚州，尚未吃飯，就聽得城中一片亂亂哄哄，說是許定國要引清軍來殺盡高傑舊部。十四日剛交五更，高營兵將便擁著高傑的妻兒斬關奪門而逃騾馬船隻搶劫一空。偌大一個揚州，頃刻之間成了不設防的城市。緊跟著，十五日清軍前哨部隊就到了揚州西北郊的斑竹園。史可法以“血書寸紙”馳報兵部請救，並急檄江北各處明軍來援，但此時兵部尚書的要職已被阮大铖所竊取，他正想借刀殺人，除掉心頭大患，又豈肯發兵!所以僅劉肇基等少數將領應命。
十八日清軍漸集城郊，一麵進行誘降，一麵等待紅衣大炮運到便行攻城。十九日，多鐸派降清明將李遇春到城下說降，史可法令義子史德威痛斥其“負國背恩”，遇春無恥地挑撥說：“公忠義聞於華夏，而獨不見信於朝，死何益也!”史可法大怒，下令射死這個漢奸，嚇得李遇春狼狽逃去。多鐸又遣人持書招降，史可法說：“吾為朝廷首輔，豈肯反麵事人!”命勇士追下城去，將來人扔進護城河中。多鐸知道史可法深得人心，決心招降他，讓他成為洪承疇第二，為清朝征服江南賣力。於是在二十日又五次遣人持書至，史可法一概不予拆封，當著來人的麵投之火中。由於揚州已被占壓倒優勢的清軍包圍，外援斷絕，史可法知孤城早晚必將陷落，決心城亡與亡，以身殉國。十九日史可法在城樓上寫了上奏朝廷的遺表；二十一日，再次作書與母親、嶽母、夫人訣別，這是史可法的絕筆了。
到了二十二日，多鐸見招降不成，開始架炮轟城。密集的炮彈將城牆上的雉堞擊毀了，史可法指揮軍民隨毀隨修複；城牆被轟缺口了，立即用盛土的草袋填補起來。敵人的炮火嚇壞了剛入援不久的甘肅鎮總兵李棲鳳、監軍副使高岐風兩個軟骨蟲，他們竟想劫持史可法一道去投降，史可法正色斥責說：“這裏就是我的死所，你們想圖富貴，請自便。”這兩個變節分子擁有四千餘人，它幾乎是一半的守城兵力，史可法當時既不可能用武力解決他們，又恐勉強留著發生內變，隻得聽之投敵。李、高率部投清後，守城的兵力更加單薄了。本來，多鐸連日屯兵堅城之下，軟硬兩手都不得逞，又“野無所掠”，攻城決心曾有所動搖，恰好此時李、高率部來降，盡告以城中實況；許定國這個漢奸更是力言：“揚城無援，更待數日可破。”於是，多鐸乃決心不惜一切代價，一舉攻下揚州。
四月二十五日，這是中國曆史上值得紀念的一天。這天一清早，清軍便在多門紅衣大炮的掩護下，用人海戰術向揚州城發動狂濤般的猛攻。史可法一麵令人持牌告諭市民：萬一城破，敵人問抗拒不降之罪，有史可法一人當之，決不連累全城百姓；麵禱告上蒼，下令開炮狠狠還擊。數百名清軍在反擊的炮彈下斃命了!多鐸氣得象頭狂怒的野獸，他親自督陣，用紅衣大炮猛烈轟城，炮聲隆隆如雷，硝煙遮天蔽日，城牆多處崩坍。而守城軍民卻前赴後繼，屹立城頭，寸步不退。清軍架起登城器械攻城了，城上軍民以飛蝗驟雨般的亂箭和擂石，將“蜂擁蟻聚”的敵人殲滅在城牆底下。清軍死了一批又一批，城下的屍體越聚越高，以至最後清軍竟靠踩著堆積的屍體，肉搏登城。
敵人潮水般的湧上城頭了!起先，史可法曾與總兵莊子固約好：萬一城破，就由莊子固將自己殺死，以免被俘。現在事到臨頭，莊子固卻怎麼也下不了手。史可法迅速拔刀自刎，刀刃剛接觸頸子，便被莊子固和參將許謹奪刀抱住，衣襟上已是頸血淋漓。史可法又叫義子史德威動刀，史德威也哭著不依。數十名將校幕僚擁著史可法向小東門突圍，而東門已被攻破；又折走南門，此時後麵追兵已至，許謹、莊子固等都中箭犧牲，義子史德威仍死命相隨，而前麵又來了一支清軍，史可法見事已至此，乃奮然大呼：“我就是史督師，快引我見你們主帥!”
清兵將史可法綁於多鐸麵前，多鐸敬重史可法，相待如賓，口中直呼先生：“現在先生已經盡了做臣子的忠心，不為叛國了。如果能為我收拾江南，定當不惜以重任相委。”史可法回答：“我身為朝廷大臣，豈肯苟且偷生作萬世罪人!我頭可斷，身不可辱，願速死，早從先帝於地下。”多鐸仍不死心，又說：“君不見洪承疇的榜樣麼?”史可法以蔑視的口吻回答說：“承疇身受先帝厚恩，而不能死節，實屬不忠之極，我怎能跟他學!”這時，楊遇蕃這個動搖分子也來給多鐸幫腔了，他勸史可法暫且不死，以救百姓。史可法厲聲怒斥這個膽小鬼，越說越動火。多鐸見親自誘降仍不成，惱羞成怒，馬上露出了征服者的凶殘嘴臉，他拔出佩刀便朝史可法砍來，史可法迎著刀鋒，巍然挺立不動。多鐸被這大無畏的氣概鎮住了，他倒退數步，連呼“好男子！”
多鐸又想玩弄誘降把戲，而史可法態度愈益嚴厲。多鐸絕望之餘，狠狠地說：“你既要做忠臣，我就成全你的名節!”史可法坦然回答說：“我早就下定了城亡與亡的決心，你可以將我碎屍萬段，但揚州百萬生靈，既屬於你，當示以寬，萬不可殺戮。”說罷，他慨然就義於南城樓上，時年44歲。史可法與揚州全城軍民的心連在一起，血流在一起，屍體也混在一起，至今揚州梅花嶺下葬釣乃是他生前服用過的衣冠——這位民族英雄的“衣冠垛”。
史可法在怒斥多鐸、壯烈殉國之時，全城軍民正與敵人進行著浴血巷戰。僅文武官員，壯烈犧牲的就達二百人以上，一時奮戰而死的軍民，多至無法統計。這是清軍進攻南明以來所遇到的第一次頑強抵抗，它開了後來嘉定、江陰全城奮起抗清的先聲。多鐸將全部仇恨都傾瀉到揚州百姓的身上，他下令屠城十日，在屠殺了全城數十萬人民之後，才行“封刀”。
在史可法犧牲後的二十天，多鐸進入南京，弘光逃走被俘，後與潞王朱常澇、所謂“北來太子”一道，斬於北京宣武門外的柴市，一場加速弘光小朝廷覆亡步伐的無聊官司，至此徹底了結。而在史可法犧牲後的一個星期，李自成為英王阿濟格所率清軍擊敗，在通山九宮山區被地主武裝殺害。一連串的重大事件，標誌著一個階段的結束，曆史又將展開新的一頁。史可法為國家民族鞠躬盡瘁的精神與寧死不屈的氣節，鼓舞和感召著江南人民的抗清鬥爭，“嗣三吳兵起，鹹日可法尚在，競借其聲相慰奮。”而農民軍將領們則與繼起的南明政權聯合起來，在更為廣闊的地域裏，進行了一場持續二十年之久的聲勢浩大的抗清鬥爭。
史可法的複書，受到清統治者的讚揚。清乾隆皇帝曾作禦批：“可法遣人報書，語多不屈，”“卒再一讀，惜可法之孤忠，之歎福王之慧，有如此臣而不信用，使權奸掣其肘而卒至淪亡也。”並將史公與宋代的文天祥相提並論。乾隆四十一年(1776年)即史可法就義一百三十年，乾隆帝賜其諡“公正”，並派人為史可法建祀立碑，題像賦詩，讚辭頗佳。“節秉清剛，心存於濟，危顛難救，正直不回。”史可法，這位明朝的孤臣赤子，在朝時未得重用，死於清軍之手，而死後卻獲得清朝皇帝的如此禮遇，可見其忠義之舉感人之深。
史可法曆經了神、光、熹、思及弘光五朝，以一介書生，受命於國家危難之秋。從政十七載，由推官逐步升為南京兵部尚書，直到南明首輔，官位至極，無不以其功德獲得提升。他一生廉直恭毅、平易近人、克己奉公。在民族危亡之時，不避艱難，屢次上疏諍諫，與高弘圖、薑曰廣協心戮力，同輔弘光，不為高官厚祿所誘。然弘光帝不思進取，昏庸至極，奸臣當道，災歉頻繁，民心已失，士氣墮落，南明政權已是風中之燭，無禦敵之力。以史可法為首的忠良力量單薄，孤掌難鳴，無法挽回亡國之勢。史公最終以身殉國，真可謂“數點梅花亡國淚，二分明月故臣心”，其氣浩然長存於天地之間。
時局類殘棋，楊柳城邊懸落日；衣冠一杯土，梅花冷豔伴孤忠。古城揚州，莊嚴肅穆的史公祠內，楹聯款款，道出了人們對明末忠相史可法的不盡哀思。“人生自古誰無死”，史可法憑借著明清之際的曆史舞台，演出了自己慷慨悲壯的最後一幕。從此，偉大祖國的曆史畫廊裏，又多了一位民族英雄的塑像。