??? 倭寇的滔天罪行，給中國人民造成了嚴重的災難。被激憤的中國人民紛紛組織起來，進行抗倭的自衛鬥爭嘉靖三十一年（1552年），倭寇入侵南彙縣，閔電等募集千人抗擊。同年倭寇進犯鬆江，營州商人孫鏜捐資助軍餉，還派人回家鄉動員子侄前來參加抗倭鬥爭。當時有“吳中倚鏜若長城”的說法。嘉靖三十四年（1555年），由苗、漢、壯、瑤等族人民組成的抗倭軍隊，在明朝愛國將領的領導下，於王江涇（嘉興北）大破倭寇，斬敵2000人，這是嘉靖年間抗倭鬥爭中的一次巨大勝利，被稱為“自有倭患以來，此為戰功第一”。嘉靖三十七年（1558年），倭寇進犯定海，城中居民誓死抵抗，倭寇轉攻長樂，城牆崩壞幾十米，居民數千人列柵拒戰，拚死防守。同年，倭寇襲擊揚州，各地來揚州經商的商人數百人參加守城作戰，郜姓商人射死倭寇首領，揚州城得以保全。
??? 抗倭鬥爭中湧現出了戚繼光為代表的愛國將領，他們依靠人民的力量，在抗倭鬥爭中屢建戰功，終於取得了抗倭鬥爭的勝利。
??? 戚繼光在嘉靖中，任都指揮僉事，在山東備倭。他曾用“封侯非我意，但願海波平”的詩句表達自己消除倭患的決心和誌向。嘉靖三十四年（1555年），戚繼光從山東調到浙江抗倭，他看到衛所官軍毫無作戰能力，而人民卻英勇抗戰，於是召募以義烏農民和礦工為主的3000新軍加以訓練，組成戚家軍。戚家軍紀律嚴明，戰鬥力旺盛。戚繼光注意到倭寇的倭刀、長槍、重矢等武器的特點，創造了新的陣法鴛鴦陣，使長短兵器相互配合，大大提高了戰鬥力，在抗倭戰鬥中，屢建奇功，使戚家軍名聞天下。
??? 嘉靖四十年（1561年），倭寇幾千人襲擊浙江台州、桃渚、圻頭等地，戚繼光率部隊在人民群眾的配合支持下，先後九戰九捷，殲滅大量倭寇，取得了決定性的勝利。盧鏜、牛天錫也在寧波、溫州大敗倭寇。浙東的倭寇被全部掃除。第二年，倭寇大舉進犯福建，從溫州來的倭寇與福寧、連江的倭寇一起攻陷壽寧、政和、寧德，自廣東南澳來的倭寇與福清、長樂等地的倭寇攻陷玄鍾所，並延及龍延、鬆溪、大田、古田、莆田。倭寇在距寧德5公裏的橫嶼，憑險固守，官軍與倭寇相持一年多。新來的倭寇又在牛田，興化築營固守，互為聲援，使福建頻頻告急。戚繼光又率軍進入福建剿寇。戚繼光攻下橫嶼，斬首2600。又乘勝攻下牛田，搗毀倭寇巢穴。倭寇逃向興化，戚繼光乘勝追擊，連夜作戰，連克60營，斬首無數。戚家軍進入興化城，受到了人民的熱烈歡迎。戚繼光回師福清，又殲滅登陸的倭寇200人。同時明朝將領劉灦也屢敗倭寇，盤踞在福建境內的倭寇幾乎被全部消滅。
??? 戚繼光返回浙江後，倭寇又大肆劫掠福建沿海。嘉靖四十一年底攻陷興化府城，在城中燒殺奸淫掠奪，無惡不作，盤踞兩個多月才棄空城退出，經岐頭攻陷平海衛（今莆田縣平海），以此為巢，四出騷擾。福建再次麵臨倭患的威脅。明朝調新任福建總兵俞大猷和先期援閩的廣東總兵劉顯與戚繼光一道抗擊閩倭。
??? 嘉靖四十二年（1563年）四月，戚家軍再次進入福建。在攻擊平海衛倭寇的戰鬥中，戚家軍為中軍，擔任正麵進攻，俞大猷為右軍，劉顯為左軍，從兩翼配合攻擊。二十一日，戚家軍以胡守仁部為前導分兵三路，以火器打亂了倭賊前鋒騎兵，乘勢發動猛攻，俞、劉二部從兩翼投入戰鬥。倭寇三麵受敵，狼狽竄回老巢。三路明軍乘勝追擊，將敵人圍困於巢中，並借風火攻，蕩平了倭巢。此戰隻用了四五個小時，殲倭2000多人，解救被擄男女3000多人，明軍收複興化城。平海衛之戰後，戚繼光又率部消滅了原侵擾政和、壽寧的倭寇。嘉靖四十三年（1564年），又相繼大敗倭寇於仙遊城下、同安王倉坪和漳浦蔡不嶺，斬獲頗多。其後戚繼光又在福寧大敗倭寇，並與俞大猷一起最後掃清了福建境內的倭寇。餘倭逃往廣東。至此，福建倭患基本平定。