清入關前沒有內閣的名稱。但是皇太極統治下的大清已初具內閣性質的內三院。天聰十年三月，皇太極改文館為內國史院、內秘書院、內弘文院。從文館到內三院，雖任職者均為大學士、學士，但分工更明確了，有的負責編考曆史，有的起草敕諭及注釋古今政事得失，還有的向皇帝進講。崇德以後內三院的大學士、學士們對皇太極的決策有了更大的影響。
皇太極的統治還繼續利用了八旗這個軍政合一的組織。他使八旗通過變革越發充滿生機。一是對滿洲八旗不斷補充新的成員，二是完善和擴大蒙古八旗、漢軍八旗。努爾哈赤時的滿洲被稱為“佛滿洲”，即舊滿洲。皇太極對黑龍江等地多次用兵，帶來大批少數民族加入滿洲共同體，被稱為“伊徹滿洲”，即新滿洲。皇太極把新滿洲編入八旗。崇德五年一次就把征索倫俘獲的新滿洲壯丁並家小五千六百七十三人編為牛錄，隸於八旗了。同時把征庫爾喀俘獲的新滿洲壯丁四十二人補充了各旗披甲的缺額。滿洲八旗之外，蒙古八旗早於漢軍八旗建立。崇德年間漢軍八旗發展最快。崇德二年，照滿洲例，漢軍分為兩旗，四年擴大為四旗，每旗設牛錄章京十八人，固山額真一人，梅勒章京二人，甲喇章京四人，但內部仍分正黃鑲黃兩旗，正白鑲白兩旗，正紅鑲紅兩旗，正藍鑲藍兩旗。崇德七年六月正式完成了漢軍八旗的建製。皇太極說：“我國出則為兵，入則為民，耕戰二事，未嚐偏廢。”這種擴大滿洲八旗和建立蒙古八旗與漢軍八旗，既增強了清朝的武裝力量，也對滿蒙漢的廣大人民實行了深一層的控製。尤其是為了奪取全中國統治權，皇太極創立的漢軍八旗有重要意義。
坐鎮指揮
皇太極是位傑出的軍事家和統帥。他稱帝之後，或親自領兵，或坐鎮指揮，其軍事活動，是他帝業的重要組成部分。這時他親自領兵打的第一個大仗是征朝鮮。自從十年前與朝鮮結為兄弟以來，朝鮮仍與明朝藕斷絲連，對後金要求政治上尊重，經濟上開市貿易，軍事上借兵等都尋找借口不肯應允。皇太極每有勝利，都不厭其詳地告訴朝鮮，極力想把朝鮮從明朝一邊拉過來，但收效甚微。皇太極登帝位的典禮上，最令人掃興的是朝鮮使臣不拜，這使皇太極非常惱怒，促成了征伐朝鮮戰爭的爆發。
崇德元年十一月十九日，皇太極以“朝鮮敗盟逆命”為由，決定發兵討伐。十二月一日，大兵會於盛京(今沈陽)，部署了濟爾哈朗留守盛京，阿濟格駐牛莊，阿巴泰駐噶海城。第二天征朝鮮的大兵出發，代善、多爾袞、多鐸、嶽讬、豪格、杜度等隨征。全軍分左右兩翼，右翼由往東京(遼陽)大路，至渾河岸排列，左翼由往撫順大路排列。上午十時，皇太極大駕起行。朝鮮國王李倧預料“朝夕被兵”，寄希望於明朝支援，實際落空了。清軍於十二月十日渡鴨綠江，十三日抵安洲，來勢凶猛。李倧召大臣問：“寇已深矣，將如之何？”大臣有的主張抵抗，有的提出逃走。李倧舉棋不定。聽說清軍已過鬆都，隻得奔向四十裏外的南漢山城。朝鮮京城哭聲震天，南漢山城也被清軍包圍了。三十日清軍入朝鮮京城。第二年正月初四日，清軍北渡漢江，距王京二十裏駐營。初七日，清軍戰勝朝鮮全羅、忠清兩道援軍，但是66歲的額駙揚古利被朝鮮一敗卒擊中身亡。李倧“勢窮情迫”，稱臣請罪。皇太極要求嚴懲朝鮮挑起釁端的大臣，同時造船發兵攻入江華島，獲朝鮮王妃、王子及閣臣等人。二十八日，李倧獻出兩禍首。同一天皇太極提出：必須去掉明國年號，斷絕與明交往，獻出明國所與誥命冊印；國王親自來謁，以長子並另一子為質，諸大臣也以子弟為質，將來立其質子為嗣；從今以後一應文移，奉大清國正朔，所有節日俱行貢獻之禮。使臣往來均遵照明國舊例；有事征伐明國，調兵數目、日期，一切不誤，並當即備齊鳥槍、弓箭手及兵船五十艘，助攻皮島；大軍撤還時，歡送，俘獲之人逃回執送本主；以後每年進貢一次，黃金百兩，白銀千兩及皮張紙席等物均有定數。三十日李倧親至皇太極麵前伏地請罪。舉行受降儀式後，當即留下其長子及次子為質，其餘被俘妻子家口二百餘人遣送還京。二月初二日，皇太極自朝鮮班師。從此清朝代替明朝把朝鮮變成了藩屬。朝鮮對清朝由以前的兄弟之稱，更執藩臣之禮。不久阿濟格領兵攻克皮島，斬明將沈世魁等，徹底解除了清朝攻向關內的後顧之憂。
皇太極對明朝的軍事行動仍因山海關的阻隔，分成為入口之戰和關外之戰。崇德年間一共發動了三次入口之戰，每次作戰都分出一部分兵力在關外，以為牽製。崇德元年五月派阿濟格等領兵出戰，六月二十七日分路入邊，相會於延慶州，這是第一次入口之戰。此戰於九月八日阿濟格奏捷，其軍直入長城，過保定，至安州，克十二城，凡五十六戰皆捷，俘人畜十七萬九千八百二十，生擒總兵巢丕昌。明兵部尚書張鳳翼、總督梁廷棟擁兵不敢出擊，清軍得以飽掠而歸。崇德三年八、九月，清朝發動第二次入口之戰，派多爾袞為奉命大將軍，嶽讬為揚武大將軍，分統左右翼伐明。皇太極親自領兵向山海關作牽製。嶽讬自密雲東北牆子嶺口毀牆而入，多爾袞自董家口東山關西牆缺處入，這是一次關內的大規模軍事行動。崇德四年三月多爾袞奏報，兩翼兵會於通州河西，由北邊過燕京，自涿州分八道南下，京西千裏之內六府俱被蹂躪，至山西界而還，複至臨清州，渡運河，攻破山東濟南府，克城敗敵，俘人口二十五萬餘。右翼杜度奏報其軍從燕京西至山西，南至山東，克城敗敵，俘人口二十萬四千餘。兩翼俱從遷安回，出青山關，四月凱旋。清軍最大的損失是揚威大將軍嶽讬死於軍中。但是明朝損失更大，著名的抗清人物孫承宗、盧象昇皆戰死。原來明朝的兵部尚韋楊嗣昌主張對清媾和，還說清軍不會南下，他們沒有火器，等等，實際完全不是那麼一回事。崇禎皇帝不但宣布了京師戒嚴，而且非常憂慮，以致在農民軍和清軍都攻上來的時候，寧肯暫時放鬆對農民軍的圍剿，而把主要力量調到抗清戰場上。
清軍第三次入口前，明清在鬆錦一帶展開了薩爾滸之戰以後的第二次大決戰。明朝看出了隻有在東北戰場上打敗清軍才能阻止他們發動關內外的一切進攻。而皇太極更清楚，隻有從山海關進攻北京，才能滅亡明朝，或建立如遼、金、元那樣的國家。所以在鬆錦有這樣一場大決戰並非偶然。自從大淩河之戰以後，祖大壽回到明朝就駐守在錦州。吳三桂是大壽之甥，時為副將，祖、吳在遼東擁有強大實力，是明朝倚重的軍事集團。清軍打不敗他，皇太極就用高官厚祿拉攏他的子孫。崇德三年為配合清軍入口之戰，皇太極親自領兵攻向寧遠、錦州，祖大壽在中後所，打敗多鐸的軍隊，皇太極到中後所，要求祖大壽來見，被拒絕。第二年皇太極又領兵圍攻鬆山，旁及連山、塔山、杏山，崇禎召祖大壽救援，皇太極卻要他來投降，也沒有成功。祖大壽堅守錦州，清軍屢攻不克。從崇德六年起，濟爾哈朗開始令諸軍包圍錦州。前此因清軍威脅，明朝已調洪承疇入衛京師，至是正式任命洪承疇為兵部尚書兼副都禦史總督薊遼軍務，這是準備決戰的重要一步。洪氏十月出山海關，調集曹變蛟、王廷臣、自廣恩、馬科、吳三桂、楊國柱、王樸、唐通八總兵，十三萬軍隊，東來決戰。當時祖大壽駐錦州，以鬆山、杏山、塔山三城為犄角。
崇德五年三月清兵修義州城。過去清軍分出一部分入關，現在全力用於鬆錦決戰。特別是明兵的增援，促使清朝不但把孔、耿、尚的軍隊調來助圍錦州，漢軍固山額真石廷柱甚至認為“明必與我並力一戰”，我軍換防都不必換了。崇德六年八月，皇太極見形勢危急，事關重大，親自領兵進戰，不顧鼻子出血，十五日起程，三日後方止。有人建議“徐行”，皇太極說：“朕如有翼可飛，當即飛去，何可徐行也！”經過六天急行軍到了鬆山。皇太極親征，大大鼓舞了清軍的士氣。他部署清軍自烏忻河南至海，橫截大路，綿亙駐營，再在高橋設伏，圍追堵截，處處有備。明兵雖號稱十三萬，能戰者隻有白、馬、吳三總兵所部。洪承疇不願急戰，但崇禎及兵部尚書陳新甲、職方郎中張若麒等皆輕躁促戰，洪氏被迫進兵，初獲小勝。皇太極采取大包圍的攻勢，挖深濠困住了明軍，洪承疇正欲決一勝負，而諸將以無餉，議回寧遠取糧。洪承疇看出：“戰亦死，不戰亦死；若戰，或可冀幸萬一。”但部將各懷異誌。還沒等下令打，王樸已畏敵先逃，於是各帥爭馳，敗如山倒。逃兵半路被清軍伏擊，追擊，明十三萬兵，被斬就有五萬。隻有曹變蛟、王廷臣突圍入鬆山城，洪承疇與巡撫邱民仰在鬆山堅守。鬆山城內兵不過萬，外失救援，孤立絕望。洪承疇幾次欲突圍而出，皆失敗。到第二年正月，副將夏承德以其子夏舒為質，密約清軍為內應，二月十八日清軍入鬆山，生擒洪承疇。三月初八日，錦州城內的祖大壽也以孤立無援被圍一年後投降。四月，清軍又攻克塔山、杏山，並毀二城。至此，鬆錦決戰以清軍勝利告終。經過鬆錦決戰，明朝軍隊精銳傷亡殆盡。清朝人說，薩爾滸之戰是“王基開”，而鬆錦之戰是“帝業定”。皇太極為大清奠定了一代基業。
沈陽辭世
皇太極在50歲時，因他心愛的宸妃之死，身體立刻變得虛弱了。皇太極一生娶了十五位妻子，而他最喜歡的是天聰八年娶的博爾濟吉特氏，崇德元年封她為關雎宮宸妃。這位妻子賢淑文靜，皇太極和她頗恩愛，婚後曾生一子，皇太極高興至極，為此發布了大清第一道大赦令。這個兒子二歲而殤。崇德六年九月，皇太極正在鬆錦前線，忽聽宸妃病危，急忙趕回盛京，到時宸妃已死。皇太極悲不自勝。從此這位身體一直健壯的大清帝忽而昏迷，忽而減食，常常“聖躬違和”。當年十月初二日，他對諸王及他們的妻子兒女說：“山峻則崩，木高則折，年富則衰，此乃天特貽朕以憂也。”這流露出皇太極已為他年老體衰而不安了。崇德六年以後，皇太極因身體不好，曾發布過大赦令，也減少了處理日常事務的負擔，甚至做過祈禱。公元1643年8月9日，勞累一生的皇太極終於因病在沈陽清寧宮與世長辭，享年52歲。後葬於昭陵，即今沈陽北陵。廟號太宗，諡為文皇帝。