鄭成功的兒子鄭經繼續經營台灣，改東都為東寧。依陳永華之議，移植明朝中央官製，對內雖仍奉已死的明永曆帝之正朔，與中國內陸清王朝之順治、康熙各朝互不統屬，對外則自稱“東寧王國”，始有開國長治之想，經營成效斐然。後因降將施琅師法鄭成功當年進攻荷蘭人故技，攻克澎湖島，因此孫子鄭克塽於1683年降清，為免台灣民眾起反抗之心，鄭氏在台諸墳悉數遭清王朝掘起遷葬中國內陸。1684年4月，台灣（時為台灣府）正式納入大清帝國版圖，隸屬福建省，下設台灣縣，鳳山縣與諸羅縣，總計鄭氏政權在台灣隻有短短二十幾年的時間而已。
名留青史
鄭成功接收父親的兵力，成員多是盜賊出身，於是鄭成功一直是“強人統治”，“嚴刑峻法”，極少接受屬下的意見。然而他的文人背景卻也能讓他以德服眾，同時也有助於他對商業方麵的經營，創造出勝過他父親的局麵。因鄭成功為漢和混血，日本人亦視之為大和英雄，如今日本平戶（今長崎縣平戶市）海濱尚有“兒誕石”，相傳鄭成功即在此出生。日本作家近鬆門左衛門曾寫了一部名為《國姓爺合戰》的淨琉璃劇，風靡一時。台灣日治時期，日人拆除為數不少的漢人廟宇。但位於台南，清代設立祭拜鄭成功的延平郡王祠所幸被保存。並另在旁興建和風建築“開山神社”，亦供奉鄭氏，形成雙廟格局。直至戰後，開山神社遭拆除，延平郡王祠則將原先閩式建築整修為北方朝廷式。
中國把鄭成功看作從荷蘭人手上收複台灣的民族英雄，日本則把鄭成功看成第一個日裔子孫經營台灣的例子，而台灣則把鄭成功看成漢人脫離中國統治，移民台灣，建立新天地的典範。