劉備倒是很識時務，他是第一個寫信讚成取消州牧製，帶頭承認馬寧的長安朝廷的統治地位。
和劉備一樣表態支持取消州牧製的大有人在，比如和益州牧劉焉勢同水火的漢中太守張魯，兄弟幾人把持交州各郡的南越世家交趾太守士燮等人。
而更多的諸侯，尤其是那些已經自稱州牧的，比如袁紹，袁術，劉焉，公孫瓚之流都是拒不表態支持，也不派使者赴長安覲見，更遑論向獻帝進貢了，儼然已經是開始軍閥割據的架勢了。
馬寧對所有表示善意的都予以積極的回應，不久，長安朝廷頒布了詔書，任命陶謙為徐州刺史，領左將軍。
曹操為兗州刺史，領右將軍；劉表為荊州刺史，領後將軍；馬騰為涼州刺史，領前將軍；徐晃為並州刺史，領衛將軍。
徐榮為度遼將軍，李傕為京兆尹，郭汜為左馮翎，樊稠為右扶風，劉備為豫州刺史，士燮為交州刺史，張魯為益州刺史。
當然這些刺史的任命有些是需要自己去爭取地盤的，朝廷隻是給了一個大義的名分，至於那些沒有積極回應的人，馬寧可不會顧及他們的想法。
不管關東諸侯都有什麼不同的想法，最起碼現在沒有人能從軍事層麵上威脅到馬寧，馬寧充分的利用了他們彼此之間的關係互為牽製，所以馬寧可以放心大膽地在長安大展拳腳了。
首先就是讓飽受戰亂之苦的關中三輔和荒無人煙的河南恢複生產和人口，賈詡將並涼地區實行多年的屯田製度照搬過來，開始進行大規模的屯田，這些地區的土地都很肥沃，隻是缺少開發而已。
其次，馬寧大力鼓勵工商業的發展，加強關中、西域和關東地區的貿易往來，尤其是鼓勵關中地區的財閥和貴族加入邊境貿易之中，要知道董卓將洛陽的富戶可都遷到了長安，長安已經成為整個大漢富戶最集中的城市了。
第三，馬寧在自己的控製區域興修水利，改良道路，這些工程都需要大量的勞力，其中很大一部分由匈奴仆從軍抓來的奴隸來承擔，剩下不足的勞動力，則由地方政府征召民夫來補充。
並涼和關中地區相對比關東各地，還算戰亂較少，災荒較輕的地區，有不少關東流民從關東各州郡遷徙而來，除了去屯田的，還有不少富餘的勞動力正好參加這些基礎工程建設。
最後也是最重要的，就是馬寧對大漢護國軍的重新整編，無論是軍服製式，還是部隊編製，馬寧都進行了修整，在護國軍中早已成熟的書記官製度也被馬寧推廣開來。
部隊編製方麵，在原來的團一級編製之上，增加了師一級編製，這是周朝之時就有的編製，畢竟護國軍現在的規模擴大了很多，二三十萬大軍，如果還是以團為最高編製，就不利於指揮作戰了。
師一級編製的長官暫以中郎將為職銜，團一級編製的長官為校尉，營一級編製的長官為都尉，以此類推。每一個師編製五個團，每個團編製五個營。
除了護國軍之外，長安城還有一支單獨的中央禁軍，這支中央禁軍一直掌握在宦官手中，規模不大，隻有兩千人，現在馬寧也將它收編，交由李肅管理。
原先並涼二州以及司隸校尉部各郡國的郡國兵，則統一改編為城衛軍，繼續負責各地的治安，除此之外，邊塞各郡縣開始成立新的邊防軍，以代替以前的軍戶製度。