防軍營製雖以湘軍為藍本，但因各省督撫多自定營製餉章，故差異大，即一省之中亦有一定區別。如餉章一項，同治、光緒間四川省駐有川軍、楚軍、黔軍和東軍，楚軍口糧最優，每名月支銀四兩五錢，黔軍月支銀三兩九錢，東軍月支銀三兩三錢，川軍月支銀三兩。西北地區的防軍還有行餉坐餉之別，行餉較坐餉為優，行餉每名月支口糧四兩二錢，坐餉則三兩三錢。新疆大部分防軍在1881年將行餉改支坐餉，甘肅各路防軍自1895年河湟軍務平定後全部改行餉為坐餉。
防軍與綠營相比具有許多不同之處。（一）從其性質而言，綠營屬於清朝國軍，兵權統於兵部，集於皇帝，餉權歸於戶部；防軍雖在無形之中取得“國軍”地位，但它是糧餉取於公家而其用人權餉權歸於各省督撫的地方半私人性軍隊，故康有為有清末“一兵一卒一餉一糈朝廷皆拱手而待之督撫”的評說。（二）從其駐防特點和餉章而言，綠營最大缺點和導致其腐敗的重要原因之一是“差使太多而分汛皆畸零之數”，“口糧太少而應募皆老弱之人”。以湖南省為例，長沙協營額兵七百餘名，所轄十三州縣，衡州協營額兵四百餘名，所轄七縣，其間城池塘汛倉庫監獄及護餉解犯等事處處須兵，零星別散。口糧一項，綠營馬兵月支銀二兩，戰兵月支銀一兩五錢，守兵月支銀一兩，米則月各三鬥，此丁點口糧，即使照數滿發，猶不足以供事蓄之資，何況有的隻發七成八成。防軍則駐防集中而糧餉優厚。防軍或分防沿邊，或扼紮險要區域，或駐紮郡縣重鎮，化散為整，“合駐營盤，氣皆團結”。如四川省，同治、光緒間全省防軍共30餘營，除駐邊地各軍外，餘皆擇要塞如江口、嘉定、瀘州、重慶等處屯紮。防軍餉銀與綠營比相當優厚，除山東和湖南餉章逐漸減少外，其餘湖北、福建、浙江等十餘省防軍餉章均是四兩有奇，就是每年扣發兩個月，每人每月尚得銀三兩餘，綠營“戰兵馬兵之糧皆不及焉，守兵步兵更無論矣”。（三）從其靈活性而言，綠營兵有定額，馬步戰守各有兵籍，缺退有補，兵皆土著，駐防各有固定汛地，遇有征剿戰事，事畢各歸原汛，人數和駐地不輕易變動，固定較死。防軍則機動性大，隨變性多。防軍不是國家定額製兵，沒有固定人數，人數之多寡視各省不同情況而定，一省防軍人數也時有變動，如江西省防軍在1871年為6000餘人，1883年為7800餘人，1899年為8000人。防軍也無固定不變的汛地，如山西皇甫川、包頭一帶屯駐防軍在1877年前為卓勝軍，其後為曾國荃所部湘毅軍，1880年湘毅軍調防山海關一帶，該處又轉為張樹屏所部樹軍“擇要布置”。
防軍營製雖以湘軍為藍本，但因各省督撫多自定營製餉章，故差異大，即一省之中亦有一定區別。如餉章一項，同治、光緒間四川省駐有川軍、楚軍、黔軍和東軍，楚軍口糧最優，每名月支銀四兩五錢，黔軍月支銀三兩九錢，東軍月支銀三兩三錢，川軍月支銀三兩。西北地區的防軍還有行餉坐餉之別，行餉較坐餉為優，行餉每名月支口糧四兩二錢，坐餉則三兩三錢。新疆大部分防軍在1881年將行餉改支坐餉，甘肅各路防軍自1895年河湟軍務平定後全部改行餉為坐餉。
防軍與綠營相比具有許多不同之處。（一）從其性質而言，綠營屬於清朝國軍，兵權統於兵部，集於皇帝，餉權歸於戶部；防軍雖在無形之中取得“國軍”地位，但它是糧餉取於公家而其用人權餉權歸於各省督撫的地方半私人性軍隊，故康有為有清末“一兵一卒一餉一糈朝廷皆拱手而待之督撫”的評說。（二）從其駐防特點和餉章而言，綠營最大缺點和導致其腐敗的重要原因之一是“差使太多而分汛皆畸零之數”，“口糧太少而應募皆老弱之人”。以湖南省為例，長沙協營額兵七百餘名，所轄十三州縣，衡州協營額兵四百餘名，所轄七縣，其間城池塘汛倉庫監獄及護餉解犯等事處處須兵，零星別散。口糧一項，綠營馬兵月支銀二兩，戰兵月支銀一兩五錢，守兵月支銀一兩，米則月各三鬥，此丁點口糧，即使照數滿發，猶不足以供事蓄之資，何況有的隻發七成八成。防軍則駐防集中而糧餉優厚。防軍或分防沿邊，或扼紮險要區域，或駐紮郡縣重鎮，化散為整，“合駐營盤，氣皆團結”。如四川省，同治、光緒間全省防軍共30餘營，除駐邊地各軍外，餘皆擇要塞如江口、嘉定、瀘州、重慶等處屯紮。防軍餉銀與綠營比相當優厚，除山東和湖南餉章逐漸減少外，其餘湖北、福建、浙江等十餘省防軍餉章均是四兩有奇，就是每年扣發兩個月，每人每月尚得銀三兩餘，綠營“戰兵馬兵之糧皆不及焉，守兵步兵更無論矣”。（三）從其靈活性而言，綠營兵有定額，馬步戰守各有兵籍，缺退有補，兵皆土著，駐防各有固定汛地，遇有征剿戰事，事畢各歸原汛，人數和駐地不輕易變動，固定較死。防軍則機動性大，隨變性多。防軍不是國家定額製兵，沒有固定人數，人數之多寡視各省不同情況而定，一省防軍人數也時有變動，如江西省防軍在1871年為6000餘人，1883年為7800餘人，1899年為8000人。防軍也無固定不變的汛地，如山西皇甫川、包頭一帶屯駐防軍在1877年前為卓勝軍，其後為曾國荃所部湘毅軍，1880年湘毅軍調防山海關一帶，該處又轉為張樹屏所部樹軍“擇要布置”。
防軍因有不同於製兵的種種優點，故在初期有較強的戰鬥力，當時人評頌防軍“較之往日營兵何啻天壤之別”，“陸勇一枝勝於綠營數萬人”。防軍在無形之中替代製兵而成為“國軍”統治中國軍事舞台，“國家衛戍之責，遂專屬於防軍和練軍”。
二、從防軍到新軍和巡防營
19世紀80年代以後，由於清朝整個官製的腐敗和防軍本身製度的缺陷，防軍變得日趨頹敗，有“昔則瓦注，今則金注”之慨，“故當日患營兵之不足者，今又患營勇之不足矣”。甲午中日一役，清政府調派至東北山海關等地作戰的各路防軍不下10萬，但不堪一擊，徹底暴露其窳敗與“禦外侮不足”之真相，朝野上下俱受震驚，一時中外大臣交章爭獻練兵之策，認為非改變軍製而仿用列強軍製創練新軍則不足以固國防。於是張之洞練自強軍於吳淞，胡燏芬練定武軍於天津，均仿效德國兵製。不久張之洞由兩江調督兩湖，在湖北練洋槍隊，胡燏芬奉命辦理津蘆鐵路，袁世凱奉命接收定武軍，自擬營製餉章在天津小站編練新建陸軍，這些是中國按西法創練新軍之始。
建立新軍須裁汰舊軍，清政府初定的計劃將防軍、練軍和綠管裁七留三，最後定為將防軍裁三留七，將綠營裁七留三。1905年後清廷數次下令嚴催各省裁汰舊軍，“惟山東一省，經該撫李秉衡奏明，將製兵分限五年裁減五成，並將防營練勇分別裁減。此外各省或請將兵額酌減，或僅裁綠營二三成。所裁營勇更屬寥寥無幾”。1898年戶部統計，綠營40餘萬，防軍30餘萬，加上練軍，全國舊軍約80餘萬，歲需餉銀約3000餘萬兩。