萬曆晚期東林黨的崛起，在後來的天啟、崇禎兩朝中扮演了重要角色，而在萬曆死後，隨著明光宗和明熹宗的即位，東林黨一度執掌大權，而他們做的第一件事，就是了結了朱翊鈞時代的一樁舊案——?平反張居正。
明朝天啟二年（1622年），經諸多大臣堅持，明王朝恢複了張居正的名聲，並給予撫恤。主持這件事的人，就是東林黨大佬，在萬曆五年張居正“奪情事件”中，因抨擊張居正而被打得死去活來的鄒元標。別人曾問他為什麼這樣，鄒元標的回答是：當年我批他，是盡我作為一個官員的本分，直到今天，我才知道他有多不容易。經過四十年的時間，他終於理解了張居正。
就事論事的禮部尚書
在張居正家人遭清算的時候，滿朝文武要麼跟風，要麼緘口不言。最早為張居正家小說話的，居然是張居正的敵人——?禮部尚書於慎行。
張居正當權時代，於慎行是出名的“倒張英雄”。禦史劉台因彈劾張居正獲罪，慘遭發配流放，人人跟躲瘟疫似的躲著，唯獨於慎行不懼，大搖大擺去看望劉台，甚至贈詩共勉。說起來，張居正還是於慎行的恩人，朱翊鈞剛登基時，於慎行隻是個二十七歲的翰林院修撰，被推薦做朱翊鈞的講官，有人認為他太年輕，是張居正力排眾議，給了他這個飛黃騰達的機？會。
所以後來張居正曾質問於慎行，說我對你有卓拔之恩，你為什麼要對我這樣。於慎行正色說：正是因為您對我有恩，所以我才要用這種方式規勸您，讓您不要犯錯誤。事後於慎行在張居正排擠下，不得不辭官回鄉，直到張居正過世後才得以複？職。
但他複職後做的第一件事，就是寫信給正趕往湖北抄張居正家的丘橓，信中對丘橓說，張居正雖然劣跡斑斑，但是為了國家日夜操勞，他遭人罵的許多事，都是為了國事得罪了人。他當權的時候，大家攝於他的權勢，不敢規勸他的錯誤，他倒台以後，大家又爭相指責他的錯誤，卻又不再提他的功勞。而且張居正的母親，已經八十多歲了，他的子孫們，也多是些文弱書生，即使張居正有罪，也不是他家人的罪過，您去湖北抄家，可一定要網開一麵啊。
練兵各有方的名將們
晚明的衰敗，一個表現就是軍備廢弛，從明朝中後期以來，士兵在作戰中貪生怕死，甚至在惡鬥中崩潰，都是許多軍人的常態。為了應付這種局麵，許多名將也有自己的？辦法。
比如馬林的父親——?嘉靖第一勇將馬芳，他的辦法就是設立督戰隊，全是由百步穿楊的神射騎兵組成，作戰的時候遊蕩在戰陣後，有發現主動跑的，二話不說就是一箭。
後來指揮抗倭援朝戰爭的遼東名將李成梁，他的辦法也是設督戰隊，不同的是他親自帶隊拿刀砍，有潰退的被他看見，上來當頭就是一刀。
然而按照明朝中後期文學家徐文長的記錄，最有辦法的還是抗倭名將戚繼光，他的方法就是敲鼓。他的戚家軍裏，按照不同的要求，編訂了不同的鼓點旋律，如果部隊出現潰退，就命令敲進軍鼓，鼓聲之中，士兵必然能夠重新振奮。
後來徐文長遊曆北方，在山西見到在此地任禦史的好友梅如楨，說起戚繼光的辦法，梅禦史好奇地問：“這辦法有沒有可能在我這裏推廣。”徐文長答，你學不來，那是人家平時苦練出來的。
血戰到底的明朝將軍
後人說起萬曆四十六年（1618年）開始的遼東戰爭，多說女真八旗神勇，明軍不堪一擊，然而從是年四月十八日，努爾哈赤以“七大恨”起兵開始，絕大多數的戰爭中，明軍同樣表現出了英勇頑強的一麵。
東州之戰中，總兵張成萌率領一萬大軍，最終全軍覆沒。清河之戰中，總兵鄒儲賢也率軍抗擊到最後，與城池玉石俱焚，所部數千兵馬全部殉難。在之後的薩爾滸之戰中，杜鬆和劉廷兩部同樣奮戰到最後。絕大多數的明軍，都盡到了自己保家衛國的職責。
然而戰敗的原因，薩爾滸之戰前總指揮楊鎬就曾奏報說，當時遼東地區兵馬缺額嚴重，能作戰的士兵隻有兩三萬人。而在薩爾滸戰後，繼任遼東經略熊廷弼也曾反思說，遼東地區的明軍，僅火器裝備這一項上，缺額就非常嚴重，許多軍隊雖然有火器，但是彈藥卻嚴重不足。遼東初期戰事的共同劇本，都是雙方對壘，明軍一度擊退敵人攻擊，但很快彈藥耗盡，明軍覆沒。準備不足加實力嚴重削弱，才是明軍失敗的真相。
最悲情的戰將盧象升
崇禎執政時代，在與農民軍作戰中功勞卓著的名將盧象升，曾經這樣形容過明朝政府軍的紀律敗壞程度：當時明朝政府軍，在戰鬥中最擅長幹的就是殺良冒功，不但經常屠殺老百姓冒充敵人首級領賞，甚至還經常挖老百姓家的墳墓，扒出新下葬的屍首，來冒充敵人的屍首。這樣的兵打仗自然不靠譜。
盧象升參加的第一場戰鬥中，他的部隊與農民軍一接觸，就全線崩潰，幸虧他當機立斷，立刻斬殺了幾個逃亡的士兵，並帶頭衝進敵陣，這才扭轉了戰局。盧象升自己回憶這場戰鬥也心有餘悸，他在給朋友的信裏憤憤不平地說：要不是我反應快，就被這群人害死了。
晚明與農民軍作戰的諸路將領裏，盧象升也是對農民軍本質看得最清楚的一個，就像他給崇禎的奏折裏說，所謂的這些反賊，要麼是沒飯吃的老百姓，要麼就是被拖欠“工資”的政府軍士兵。
這個累積斬殺農民軍數十萬的猛將，內心其實一直是非常憤懣的，就像他在奏折裏對崇禎說，“朝廷裏的這群言官，根本不懂軍事，也不了解前線的情況，張口就喜歡亂罵人，我們這些辛苦打仗的，就算有打仗的辦法，又怎麼能放開手腳幹活？呢？”