熱血沸騰的朱之瑜，從此正式成為南明的謀士。一邊賣力幹活，一邊拒絕南明的官位，以一個平民百姓的身份，拋棄舒適的生活，為抗清複明，甘願曆經艱難。
而他幹得最重要的活兒就是為魯王政權籌錢。不但把自己多年積攢的家產都捐出來，更乘風踏浪，遠赴海外籌款。從此開始，朱之瑜便踏上了一條艱難的道路，多次往返在海洋上，從朝鮮、日本到東南亞。期間也曾作為魯王的特使，聯絡各地抗清力量。十幾年的人生，基本都在海上動蕩。
期間生命危險更遇到好幾次。一次半路遇到清軍戰船，一幹人等慘遭俘虜，清兵鋼刀架在脖子上，逼朱之瑜投降，結果朱之瑜麵不改色，反而談笑風生，甚至給麵前的清兵講忠孝之道。這一番風采，就連敵人也大為歎服。清軍主將劉文高敬佩不已，當場將朱之瑜釋放。
而比起這些淡定的表現外，便是朱之瑜優良的工作成果。他先後把多支零散的抗清力量，團結在南明政權旗下，更為海外籌款，找到了一個重要落腳點：安南會安。
會安，即今天越南會安市，明末的時候，這裏是華商雲集之地。通過艱難的奔走，朱之瑜多次成功籌措餉銀，源源不斷送回國內。同時也以會安為基地，發展抗清力量。這個小小的港口，一度成為海外明朝遺民的大本營。朱之瑜在這裏的十二年，工作十分成功。
但沉重的打擊，卻接踵而至。先是永曆五年，清軍悍然發動了對舟山群島的大規模進攻。魯王政權兵敗如山倒，朱之瑜的三位授業恩師：張肯堂、吳鍾巒、朱永佑都先後死節殉難。聞聽噩耗的朱之瑜悲憤不已，從此不再過中秋節，以示對老師故友的紀念。
而在經過五年近乎絕望的等待後，朱之瑜終於等來了一封遲到三年的書信：這是舟山群島淪陷後，魯王給他的信。信中告訴他，魯王一行已寄身於永曆政權大將鄭成功處，讀到這裏的朱之瑜，仿佛看到雲開月明，以他自己文集裏的話說，當時喜得淚流滿麵。
但繼續讀下去，便是巨大的委屈填滿心頭：對孤守海外的朱之瑜，魯王破口大罵，說朱之瑜隻顧自己過小日子。這無理的指責，令這位曆經苦難的忠臣，再也無法忍耐，當場揮毫潑墨，為魯王寫下一封披肝瀝膽的回信——上監國魯王謝恩疏。
在這封書信中，朱之瑜敘述了自己海外十二年的生活，更寫盡了自己拳拳之心。為此把自己一直恪守的規矩也破了：接受了永曆王朝的官職，正式成為明朝官員。不為榮華富貴，隻為向所有人證明：從此之後，我的命運便與大明緊緊捆綁。
得到消息的朱之瑜，便準備動身回國。萬沒想到，意外又發生了。安南國王阮福瀕打起小聰明，想收攬朱之瑜為自己所？用。
他一小聰明，朱之瑜的禍事就到了，先把朱之瑜強行帶入安南官府，而且每天都去殺朱之瑜的鄰居。誰知朱之瑜不就範。阮福瀕又來軟的，說你隻要做官，就給你造豪華府邸，把你妻妾全接來。朱之瑜朗聲大笑：我離開家鄉十三年了，哪有什麼小妾。阮福瀕最後又試探了下，派大臣寫了一個“確”字，這下朱之瑜更豪情大發，揮筆寫下一幅《堅確賦》，表達了自己擯棄榮華富貴的信念。阮福瀕終於服了：你真是高人，走吧。
五十多天的囚徒遭遇，史稱“供役之難”。朱之瑜以其高貴的品質，令凶殘的敵人心悅誠服。期間的朱之瑜每天都堅持寫日記，取名為《安南供役記事》。梁啟超說：這好比一場突然的颶風，卻折射了朱之瑜至誠愛國的高尚人格。
永曆十二年秋，曆經坎坷的朱之瑜，成為鄭成功軍中一位文士。他奔走十多年的抗清大業，這時已呈現出最燦爛的曙光：鄭成功以麾下十餘萬大軍，發動了對清朝東南地區的大規模討伐。目標是攻克南京，光複大明東南半壁。
作戰計劃啟動，朱之瑜熱情高漲，他再度出使日本，尋求日本幕府的支持。雖然碰了一鼻子灰，卻有個小插曲：日本學者安東守約，主動給朱之瑜寫信，恭恭敬敬求教各類學問。閱信的朱之瑜欣喜不已，立刻欣然回信，收下了這位日本學生。或許連他自己都沒想到，這件不起眼的小事，竟深深影響了後半生。
但他的老本行抗清大業，很快急劇逆轉。眼光一向準的朱之瑜，再次發現鄭成功不靠譜。以朱之瑜的評價，雖然他英勇過人，但他有兩大毛病，一是剛愎自用，二是優柔寡斷。於是戰局迅速惡化，七月份清軍反撲，鄭成功兵敗如山倒。損失慘重後敗退廈門，而後永曆政權失陷，鄭成功困守廈門，抗清的大業，在劃過這抹最燦爛光輝後，終於還是無情地熄滅了。
看得通透的朱之瑜，也終於心灰意冷。永曆十四年春，六十一歲的朱之瑜，做出了一個新的人生抉擇：再度漂泊海外，不仕清朝。
而漂泊的目的地，就是之前他已經去過六次的日本。
由於多次造訪日本，雖然沒辦成事，但朱之瑜的名號，在日本早就傳開。這次抵達日本後，不但受到熱情接待，還破了日本的老規矩：德川幕府嚴禁外國人在日本定居。先前已拜朱之瑜為師的安東守約，是柳川藩主立花忠茂的近侍。有他上下奔走，終於創造奇跡，朱之瑜獲準在長崎租屋定居。日本鎖國令以來，他是唯一獲得破例的外國人。
傳道在東洋
初到日本的朱之瑜，受到了極多的關照。特別是新學生安東守約，除了常登門求教，還把自己一半的俸祿都慷慨贈送。靠這些幫助，朱之瑜的生活，總算安頓下來。
但朱之瑜的內心，卻極度痛苦：永曆皇帝朱由榔在昆明殉難。鄭成功雖然光複台灣，再造抗清根據地，但旋即也英年早逝。抗清的大局，越發不可為。