壞消息一個個傳來，朱之瑜的心頭，也接連傷悲，客居日本後，每當想起故國淪喪，他常常夜深人靜的時候切齒流泣。兒子寫信給他，告知生活困頓，他回信諄諄教誨：說就算哪行也過不下去，餓死也不能做清朝的官。
他自己也打算這麼做。客居日本幾年裏，基本都是深居簡出。到了永曆十九年，手頭有了點積蓄，他打算買幾畝地，從此躬耕度日，不問世事。
但這時候的日本，卻恰好是個重大演變期。日本主流佛學思想日益衰退。明朝百花齊放的儒學思想廣泛傳播，湧現學派無數，先前為朱之瑜定居奔走的安東守約，就是其中的傑出人物。但這時的日本儒學，也有大困擾：學派多思想雜。有官方的朱子學，還有追捧春秋戰國時期孔孟思想的古學派。更有悄然崛起的陽明學派，都標榜自己是正統，互相更爭個沒完。而且這幫人水平也都有限，更盼著有正宗大師來解惑。盼星星盼月亮，盼來了朱之瑜。
日本幕府集團也有自己的算盤：儒學雖然好，但沒個主流思想，肯定不利於統治，更得有公認的大師級人物主持大局。朱之瑜，就是最好的人選。
所以朱之瑜能夠破例定居，除了安東守約等人的殷勤接待與奔走外，上述情景才是根由。
也正是這樣的背景，注定了朱之瑜的晚年絕不會平靜。他會卷入這場日本文化變革洪流，更將成為其中定海神針般的宗師人物。甚至，決定日本的曆史走向。
因此正當這年，朱之瑜正一心一意選購地皮的時候，一位重量級人物的邀約，改變了他隱居的決定：德川光國。他是日本統治者德川家綱的叔父，也是水戶藩主。
此人在當時也有一個大追求：推廣儒學。他自己的地盤水戶，更是儒學成風。但學校易建，老師難尋，對朱之瑜這樣一個至寶，自然也不放過。不但盛情邀請，更送他一個響亮名譽：國師。
對這隆重邀請，朱之瑜一開始沒什麼興趣，但德川光國十分誠懇，反複派人恭恭敬敬邀約。特別是使者小宅生順，也是日本儒學名流，和朱之瑜聊得很投緣，也終於勾起了朱之瑜的興趣：瞧瞧去！
朱之瑜這一瞧，就締造了日本文化史上經典一幕：德川光國以弟子禮節，恭恭敬敬侍奉朱之瑜講學。甚至為了表示尊敬，建議朱之瑜能再取個名號。這一建議，就勾起了朱之瑜的思鄉之情，他長歎一聲，為自己取了這個光耀日本史的稱呼：舜水先生。
舜水者，朱之瑜故鄉的河流名稱，一聲舜水，背後正是這位海外遺民，有家難歸的酸楚。這事傳開，全日本沸騰。各路名流蜂擁而至，紛紛一睹名師的風采。此後幾年，朱之瑜遊走在江戶和水戶兩地，講學傳道。後來就連各路諸侯，政界要人，都紛紛登門拜訪。特別是水戶地區，聽講的學生裏，竟還有白發蒼蒼的老者，場麵極其熱烈。
而朱之瑜也用自己的表現證明，他的宗師名號，著實名不虛傳。他的工作態度極其認真。雖說日本人的水平資質比明朝學生差太遠，但他毫不歧視，教學的每個環節，更是督導嚴？格。
最令日本學生們感慨的，就是朱之瑜的因材施教。比如學生安積覺耐心差，朱之瑜就對症下藥，特意給他一個作業本，讓他把每天的學業，學完後原原本本寫下來。學生服部其衷常耍小聰明，經常裝病曠課，但朱之瑜每次都諄諄善誘，一勸就是一整晚。這位頑劣的學生，從此態度大變，終生勤懇治學。如上美談，在日本各色史料中，一直津津樂道。
而且教書的朱之瑜，真拿學生們當親人，誰家裏出事，經濟有困難，他都慷慨幫助。他還很會做心理輔導，所謂“撫之如慈母，督之如嚴父。”正是他一直以來的光輝形象。
工作認真的朱之瑜，把他一生最光輝的學問——實學，毫無保留地傳授出來。這時的他，自身學問早已成熟，更大膽創新，自成一家。他開創的獨特思想體係，甚至超越了他所生活的時代。朱之瑜的實學思想，歸結下來有五條，而對當時日本影響最直接的，正是其代表哲學思想：踐履論。
踐履論，就是強調實踐。細解起來，一是認為儒家的“道”，存在於實際生活之中。求“道”要靠實踐中的學習領悟。而且任何一種“道”，更有實際的應用性。二是人的品格形成，也來自於實際生活行動，獲得崇高的道德，需要人後天勤奮的努力。
對當時日本來說，這思想的一大作用，就是包容性。日本幾大學派，各執一端不說，多年的學術爭論，鬥成一團混沌。朱之瑜一講學，這下混沌全開。朱之瑜既對幾大儒學流派的成就客觀認可，更逐一點出不足，提出全新思路。從此幾大學派求同存異，相互交流，變得十分團結。
而比起思想來，朱之瑜的政治觀點，更深遠影響了日本政治演進：革新論。
朱之瑜不但倡導仁政，而且對於仁政的內容，也做了大膽定義：不隻要求皇帝勤政愛民，更講究“利民”，也就是要把國家的經濟搞上去，從而富國強民。他更把商品經濟提到極高位置，即使與同時代西方“重商主義”思潮比，朱之瑜的觀念，也毫不遜色。
特別進步的是，在實現“利民”的問題上，朱之瑜更有創造，提出了“禮教”和“法治”並重：一個成熟的國家，道德教育和法製約束，是兩條腿走路，法律的進步與執行，更要以保護道德為根本目標。如此主張，即使放在現代社會，也是振聾發聵。
也正是這種革新思想的傳播，在未來的兩百年裏，仿佛一股洶湧的暗流，默默推動了日本社會的演進，甚至對於19世紀日本的明治維新也影響深遠。
而與“革新論”相輔相成的，便是朱之瑜獨特的經濟思想：致用論。