為了撈足油水，他們在秋糧征收中可謂挖空心思。比如說他們對每石秋糧征收水腳錢、車腳錢、口食錢各一百文；按照規定，以錢折糧是不用再包裝的，可那些糧庫官員仍然加征辨驗錢、蒲簍錢、竹簍錢各一百文，甚至還要征收水路運輸沿江神佛的香火錢一百文。各項征費累計九百文，差不多等於一石秋糧折款的一半以上。
實行以鈔折糧的本意是為了降低運費，減輕糧農負擔，可是一項好經就這樣被歪嘴和尚念歪了。每每有官員向我彙報這些問題，都會讓我憤怒拍案：“害民如此，罪可宥乎（如此坑害老百姓，還指望我饒恕他們的罪過嗎）？”
洪武十七年（1384），這五個州府全部免除夏稅秋糧，沒有一粒糧食被提交給國庫。當地官田名下的幾十萬畝田地，也實行減半征收。讓我感到困惑的是，征收的糧食都跑到哪裏去了？是用於填補曆年虧空，還是上下級官僚層層瓜分了？
右審刑吳庸等辦案人員認定的結果是，當地官吏張欽等人勾結戶部侍郎郭桓等，將其作弊私分。這是在京城附近地區，發生在我眼皮子底下的事情，那些稍微遠一點兒的地區——浙西地區，帝國版圖中最為豐饒富裕的地區，暴露出來的問題更為嚴重。
郭桓案中所盜賣的官糧究竟達到多少石呢？我粗略地統計為700萬石，再加上其他各項，共損失精糧總數達到2400多萬石。
這樣驚人的浪費與損失讓我既憤怒又心疼。我認為，自古以來，貪贓枉法之人，沒有比郭桓這幫人更過分的。我下令查清此事。首先，戶部所收贓款肯定是從布政司來的，那就把布政司的官員也抓來，問他贓款自何處而來。然後，布政司必然會供出贓款來自府，那再把府官也抓來；如果府官說贓款來自州縣，那就接著把州縣官抓來。追根究底，從哪兒來的賄賂，就查到哪兒，一查到底，逼著官員如實退賠。
郭桓、王誌等京官貪汙受賄是禍源所在，地方官科斂罪責難逃，蘇州糧長們濫收費用的事情更是板上釘釘。至於地方官府浮誇出來的虛假產值，我也就不再去刨根究底了。
同時，郭桓案造成的損失，我派人去各地追贓。此時此刻，各地官員為了自己的身家性命，想盡一切辦法去填補倉庫的虧空。例如大名府開州州判劉汝霖，明明知道本州官吏羅從禮手中寄存有17000貫贓款，卻發了一個通知，要求老百姓各家各戶攤派，包賠贓款。由此可以知曉，地方官吏並沒有吐出贓款，而是將虧空又再次轉嫁到了老百姓的頭上。
折收秋糧，府州縣官不收糧食，要百姓折銀票交納，每石米折鈔二貫，他們巧立名色，另外索取“水腳錢”100文，“車腳錢”300文，“口食錢”100文。管倉庫的衙役又要“辨驗錢”100文，“蒲簍錢”100文，“竹簍錢”100文，沿江“神佛錢”100文。也就是說，正額2000文，竟有額外索取900文，多收了將近一半。如果從源頭算起，每石米的價值不過500文，官吏們竟然收了將近3000文，多收了六倍。
這讓我忍無可忍，我便發了一道文：許多地方官員借此機會在全縣範圍內科斂百姓，等於加征了一道稅。收稅的總額之中，大約上繳百分之一就足以補償贓款，其餘部分便落入自己的腰包。原來收藏的贓款自然還是自己的。要求各地年高有德之民赴京麵奏，揭發地方官的犯罪事實，我要嚴厲懲處那些涉案官員和牽連案件的富民。
郭桓等人幾年之內連貪汙帶盜賣再加上摻水毀掉的官糧，給朝廷造成了2400多萬石糧食的損失，而這相當於當時整個國家一年的收入。這麼肆無忌憚地胡來，我焉有不怒之理。如果再不出手，任由事態這麼發展下去，後果將變得不堪設想。
我成立了以右審刑吳庸為核心的郭桓案專案組，不光要查，而且要一查到底。
現在這個案子已經不是郭桓和幾個主犯們的問題，而是我要將這個案子的牽連度擴展到什麼程度。郭桓隻是個戶部侍郎，在我剛剛處理完胡惟庸，又剛剛增設了錦衣衛的大背景下，郭恒竟敢以身試法，貪汙如此巨額的國家財產，實在是沒把我這個皇帝放在眼裏。
在嚴格的追查之下，我很快發現，六部的所有官員幾乎都成了郭桓的同案犯，當然這個結果也是我事先早已料到的，其中涉案官員包括兵部侍郎王誌、禮部尚書趙瑁、刑部尚書王惠迪、工部侍郎麥至德等。
兵部侍郎王誌職務犯罪獲得贓款總額是22萬貫。事情敗露後，我親自提審了王誌，我問：“誰借你那麼大的膽子，貪汙受賄那麼多？”
王誌回答：“財利迷其心，雖君親亦忘之。”
我問他：“現在你將成為階下囚或者刀下鬼，還有什麼想法？”王誌的回答與所有臨行的貪官如出一轍：“臣臨刑方覺悔不及矣！”當時的六部，每個部除了尚書一人，侍郎兩人，所有的辦事官員都遭到了我的清洗。
我除了處理涉案的中央官員，地方的經辦官員也未能幸免。糧食是由省裏送來的，往下查，就是各個府縣；府縣再往下，就是那些所謂的富戶、糧長，這些人也大多被殺。古語雲“法不責眾”，可我朱元璋就偏偏不信這一套，我下令：凡是牽涉到的人，殺無赦！
在郭桓案中，從六部各個侍郎往下，到地方各級官吏，牽涉此案而死者，達數萬人之多。由郭桓案引發的大清洗，使得大明體製內人人自危。他們雖然不敢指責我這個皇帝有什麼過錯，但是對於那些告發此案的禦史和審理此案的審判官們，卻表現得群情激憤，議論鼎沸。
我不斷擴充自己手中的黑名單人數，而那些進入黑名單的官員，大部分是負責審理此案的一批審判官員。比如說，負責此案的主審法官吳庸，就成了最後一個因郭桓案被殺的官員，而且死得極慘，是磔刑，也就是將身上的肉一片片地割下來。我用他的死來平息眾怒。辦完了這兩件事，我隨即下旨，大赦天下。