她非常反對我用法庭、監獄、特務和酷刑等非常手段震懾臣僚和儒士，誅除異己。她主張對下屬不能過於苛刻，不能求全責備，而要仁厚以待之，可她並不理解我對權力那種患得患失的心態。
宋濂的孫子被查出與胡惟庸案有聯係，我氣得要將宋濂連坐處死。
我對待官員的舉措，很多地方讓馬皇後無法理解。她曾經不止一次地與我私下交流，為什麼一個人做了皇帝就容不下那些手無寸鐵的飽學儒士？難道這就是所謂皇帝的權威？我也曾經試圖向她做出解釋，但她始終無法理解。理性與情感哪個更甚，這或許是男人與女人最大的區別。
這一天，當我在禦膳房坐定，望著眼前滿滿一桌素菜，缺酒少肉，又看見自己的皇後愁雲滿麵，涕淚漣漣地坐在旁邊，我便問皇後到底發生了什麼事。她抹去眼角的淚痕，悲憤失聲：“妾已用皇上的酒肉祭祀神靈，請求保佑宋先生，以使太子稍盡敬師之心。”
第二天，我下令赦免宋濂死刑，改判流放茂州。
事情剛剛了結，我的親侄子朱文正又來給我惹禍。我這個人最不能容忍的事，就是來自身邊人的背叛。朱文正部下隨從有五十多人被我挑斷了腳筋，剁掉了手指，砍去了雙腳。當我審問朱文正的時候，得到消息的馬皇後匆匆趕到身邊，一改往日不幹政的作風。
她苦苦勸說：“陛下，不能聽信讒言，濫殺無辜。即使這孩子犯了錯，也該看在他年輕的份上，饒他一次！想想渡江以來，取太平，攻集慶，堅守洪都八十多天，擋住了陳友諒的兵鋒，看在他所取得的這些功勞的分上，你也應該饒他一次！”
我免了朱文正一死，將他下獄囚禁，但他內心不平，在獄中大發牢騷。我對此非常憤怒，下令要將其處死。
馬皇後又來勸諫：“這個孩子我清楚，就是性子剛烈些，說話不檢點，謀反是肯定不會的。”
說實話，在當時也隻有馬皇後的話我能聽進去一些，也隻有她敢於一而再再而三地在我麵前唱反調，勸阻我。我最後將朱文正謫發老家，讓他看守朱家先人的墳墓。
洪武元年（1368）三月，我命儒臣朱升修《女誡》，下令後妃不準參與朝政。我這麼做，當然不是針對馬皇後。沒有人會想到，我這麼做也是馬皇後給我的建議。動亂中起家，富貴中相處，既不能借天子之威殘害忠良，更不能恃後宮之寵結黨營私。戒女禍，是我定下的後宮鐵律，不容有絲毫讓步。
當了皇帝後，為了報答馬皇後的恩情，我曾經多次提出要給她的宗族親戚封官賞爵。結果馬皇後的表現很讓我感動，她當即予以回絕：“爵祿私外家，非法。”
在私底下，馬皇後經常勸諫我：“無論是身邊的親人，還是外人，如果真有賢才，就應當加以重用；如果將官職授予那些平庸之輩，必將導致恃寵致敗。鑒於前朝外戚幹政覆敗的教訓，對於我的那些親戚，陛下隻要給些賞賜，使其安居樂業，就足夠了。”
馬皇後對我說過的每一句話，我都讓史官們一字一句地記錄下來，以傳於後人。
馬皇後生性節儉，她經常對我說，她厭惡那些看起來華美的服飾，也不需要用那些東西來裝扮自己。
其實作為一個女人，有誰沒有愛美之心呢？戰爭時期，沒有條件穿得好一些，可如今的她已經貴為皇後，沒有必要再那麼儉樸。她之所以如此，不過是想以此母儀後宮，也是對我的諫勸和提醒。比如她經常會說：“陛下，應當為天地愛惜物力啊！”
她的身上總是穿著洗過很多次的衣服，我勸過她很多次，出席一些重要場合，不妨穿得華麗一些。當初我的軍隊攻下元大都，將士們把搜羅來的奇珍異寶都拿了來，馬皇後見了就說：“元朝皇帝雖然擁有這些天下奇珍，但是他卻不能做一個長久的帝王，照我的意思，皇帝的寶貝並不是這些東西，還有比這些更珍貴的寶貝。”
我明白她的意思，便應和道：“朕曉得了。皇後是想告訴朕，做皇帝的隻有得到治國賢才，才算是得到寶貝嗎？”她馬上笑逐顏開道：“這的確是我的意思，看來陛下也是這麼想的。我同陛下都出身貧寒，辛辛苦苦地走到今天，一個做了皇帝，一個做了皇後，可我們都不能忘了自己從哪裏來。驕傲放縱的行為往往滋生於奢侈，而危亡的禍患也往往藏匿於微小的事物。所以妾身隻希望陛下能夠得到治國賢才，輔佐你共同治理天下。”
洪武十五年（1382）八月，京城異常酷熱，可對我來說，這卻是一個愁風苦雨的日子。之所以如此，是因為一個人的離開。這個人不是別人，正是我的馬皇後。事情來得過於突然，就在不久前，馬皇後身體突然出現氣息不勻、驟然疼痛的症狀。剛開始我並沒有放在心上，可是隨著她的疼痛加劇，經常會出現昏厥，我這才意識到問題的嚴重性，讓太醫們終日守在坤寧宮。
馬皇後生病期間，我根本無心上朝，為她請來了最好的禦醫，我親自給她送飯，親手喂藥。大臣們見我一天到晚愁眉不展，紛紛獻策，建議為馬皇後做法事祈禱。馬皇後自知難以痊愈，堅決不肯醫治。她對我說：“死生命也。禱祀何益？且醫何能活人。使服藥不效，得無以妾故而罪諸醫乎？”馬皇後明白，人總有一死，禱祀和醫藥都無能為力，她是不希望因為醫治無效而連累了那些醫生。
我問她，在這個世界上還有什麼難以割舍之事。她拉著我的手說：“願陛下求賢納諫，慎終如始。子孫皆賢，臣民得所而已。”到了生命的盡頭，她心中所係仍是我的興國大業，這份感情也隻有真正共患難的結發夫妻才能體會得到。
患難與共的妻子就這樣與我陰陽兩隔，怎不令人悲痛？回憶往事，我不止一次地當眾慟哭，沒有人能夠感受得到我心中的這份痛楚。在別人看來，他們眼中那個殺人如麻的冷酷皇帝應該不會有悲傷落淚的時刻。